簇虫虫体一般较大，长蠕虫状，有些种类长达10毫米，肉眼可见；有些种类只有几微米。大多数簇虫（如真簇亚目中的有头簇虫）身体分为几个主要部分，比较狭小的前部称为前节，比较宽的后部称为后节，后节有1个胞核。前节往往具有锚状的前钩或有其他的突出物，这些结构称为外节。有些种类以外节附着在寄主体腔内壁，营固着生活，而另一些种类则可以自由活动。比较原始的裂簇虫的身体结构很简单，虽有少数种类的虫体前端可具有吸盘状的结构，但没有分节或其他比较复杂的构造。还有些种类具有一种作用未明的波动膜。

簇虫的结构分内质和外质。外质通常分三层，即胞外膜、外中层和肌丝层。在肌原细胞层里，还有伸缩纤维或肌丝。外质的下面是内质，内质除具胞核外，在比较成熟的虫体中还有1个核仁。