当糖原磷酸化酶被磷酸化时会被激活；然而当糖原合酶被磷酸化时会被抑制。

在磷酸化酶激酶这种酶的作用下，糖原磷酸化酶从活性较小的b型被转化为活性大的a型。磷酸化酶激酶其自身在蛋白激酶A的作用下被激活，而在磷蛋白磷酸酶-1的作用下失活。

蛋白激酶A其自身在肾上腺素这种激素的作用下被激活：肾上腺素结合到受体蛋白上，后者激活腺苷酸环化酶。腺苷酸环化酶继而导致自ATP形成环腺苷酸的过程；两分子的环腺苷酸结合到蛋白激酶A的调节亚基上，调节亚基激活了蛋白激酶A的催化亚基从组装形式解离开来这一过程，催化亚基继而磷酸化其他蛋白质。

再谈到糖原磷酸化酶，活性较小的b型可在没有构象改变的情况下被自激活。5'-腺苷一磷酸是它的变构激活剂之一，而ATP则是一个抑制剂；这与磷酸果糖激酶所进行的调控相互辅助，帮助改变不断变动中的酶促速率以应对能量需求。

肾上腺素不仅激活了糖原磷酸化酶而且抑制了糖原合酶。这扩大化了激活糖原磷酸化酶的效应。对糖原合酶的抑制是由一个类似的机制完成的：其中蛋白激酶A作为磷酸化此酶的酶，使得糖原合酶的活性变低。这个体系也被称为协同的相互调节。请参考糖酵解以获得更多调控糖原生成的信息。

参见：胰岛素

胰岛素对肾上腺素有着拮抗效应。当胰岛素结合到G蛋白偶联受体上时，G蛋白中α亚基的GDP被替换为GTP并与处于抑制状态的β和γ亚基相解离开。α亚基结合到腺苷酸化合物上以抑制后者的活性。结果使得环腺苷酸的量减少，继而使得更少的蛋白激酶A被产生。因此，作为蛋白激酶A靶点之一的糖原合酶将会变成非磷酸化的形式，这种形式乃是糖原合酶的激活形式。活性的糖原合酶将会降低在一顿饱食之后血液中的葡萄糖水平。

钙离子或环腺苷酸（cAMP）作为第二信使，是负调控的一个例子。钙离子激活磷酸化酶激酶，后者继而激活糖原磷酸化酶并抑制糖原合酶。