自唐王冰次注《素问》并厘订为二十四卷本后，沿袭至明代，马氏从《汉书·艺文志》说，乃复旧观，以九卷合九九八十一篇，每篇首解篇名，次分若干章节，然后分节注证，而不同于以前注家随旬注解之体例。马氏认为，凡《素问》引“经日者”，俱出于《灵枢》，故《灵枢》为先而《素问》后出。其注《素问》亦每多引征《灵枢》经义以为佐证。马氏长于针灸经脉，故对经脉腧穴证治之注证颇为详尽，为他注所不及。本书在其他方面的注疏亦能体承经旨，并非如汪昂所称“随文敷衍，有注犹之无注者”。