紫琅书院始建于清朝初期，乾隆十二年（1747年）通州知州董权文于城西北隅选址建书院，因经费无着而中辍。乾隆三十一年（1766年）知州沈雯募筹经费，复加规划，整葺堂宇，焕然一新。设前后讲堂各三楹，面临清池，旁列号舍，有亭有楼，厨房、浴室等都设置完备。这所书院命名为紫琅书院。

紫琅书院始聘浙西名进士吴坦为师，后又遵苏郡平江条例为章程，学额由60人扩大至120人。嘉庆十六年（1811年）、道光十年（1830年）、道光二十三年（1843年）和同治十一年（1872年）通州知州俱重修紫琅书院。光绪二十八年（1902年）通州筹建高等小学，经两江总督核准，以紫琅书院为校址，书院始废。沈雯建书院屋舍时，便设学田，供诸生膏火之费，后书院的学田屡有增加，至书院废设时，计有民田401.7亩，田租年收入778银元，有沙田、粮田1万多亩，另有存款钱999.4万文，银元4866.93元，取息为书院经费。清同治七年（1868年），知州梁悦馨在通州四甲镇（今属江苏省南通市海门区）建东渐书院，至清末停设时有学田161亩，田租年收入220.5银元。