壳呈卵圆形，壳顶突出，偏于前部，壳高约为壳长的3/4，壳长约为壳宽的两倍。小月面不明显，楯面被柳叶的黑褐色韧带包围。左右两壳坚硬而等大，壳前级圆形，腹缘较平，后缘略呈截形。壳在腹缘前后不能完全闭合，有缝隙，分别为斧足和水管伸出孔。铰合部宽大，左壳主齿4枚，右壳主齿3枚。生长纹粗密，呈同心圆排列，无放射肋。壳面黑褐色或灰色。壳内面深紫色，具珍珠光泽。种肌痕甚明显，外套窦痕深而大。和壳肌呈椭圆形，后闭壳肌呈桃形。

紫石房蛤的贝壳极坚厚，略呈椭圆形，壳长大于壳高，平均壳长为壳高的两倍。贝壳的前端为圆形，后端呈截状。壳顶突出，尖端小，左右壳顶接近。从壳顶到前端的距离为壳长的2/5。小月面不明显。贝壳表面黄褐色，无光泽(幼贝贝壳表面带紫色并具弱的放射光彩)，贝壳内面呈暗紫色。贝壳闭合时，前端有狭缝状的足伸出孔，后端有短宽的水管孔，能闭合的长度只占整个腹缘长度的1/5~2/5。紫石房蛤的铰合部宽大左壳有4枚主齿,右壳有3枚主齿和2枚前侧齿，都很发达。铰合齿质脆弱，开壳时极易脱落。外套窦深及贝壳中央，顶端成舌状，外套呈锯齿状。前闭壳肌痕上均有环行的肌纤维痕。