主办中共中央政治理论性综合刊物《红旗》的机关。1958年5月，根据毛泽东提议，八届五中全会决定：“由中央主办一个革命的、批判的、理论和实际相结合的杂志，定名为《红旗》，每半月出版一次”。同月，邓小平主持召开第一次编委会会议。1958年6月，《红旗》杂志创刊。《红旗》杂志编辑部的工作由总编辑、副总编辑和编辑委员会领导。陈伯达任总编辑。1966年3月，陈伯达成立学术批判小组，编委会实际解体。“文化大革命”开始后，1966年6月，红旗杂志社“文化革命小组”成立，具体领导红旗杂志社的编辑工作和“文化大革命”运动。光明日报社党的工作和人事关系划归红旗杂志社领导。关锋任组长。1967年8月，红旗杂志社“文化革命小组”改组为临时领导小组。1968年8月，临时领导小组解散，成立勤务组。姚文元与陈伯达共同负责红旗杂志社工作，实际编辑工作由姚文元主管。10月，工宣队和军宣队先后进驻红旗杂志社。1969年6月，红旗杂志社大批工作人员下放五七干校，只留12人的临时编辑小组负责编辑工作。1970年九届二中全会后，陈伯达被撤职。红旗杂志社组织临时编辑小组（后改为编辑小组），姚文元负责红旗杂志社工作。“文化大革命”结束后，1976年10月，中央派工作组进驻红旗杂志社。《红旗》编辑工作由中国科学院哲学社会科学部（后改为中国社会科学院）党组负责。1977年1月，中央任命王殊为《红旗》杂志总编辑。4月，经中央批准，中共红旗杂志社核心小组成立。1978年5月，中央任命熊复为《红旗》杂志总编辑。