红毛椴科的学名Petenaeaceae由模式属红毛椴属学名Petenaea的复合形式Petenae-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“红毛椴属”中的专名“红毛椴”加上“科”字构成。