布雷肯里奇36岁宣誓就任詹姆斯·布坎南政府的美国副总统，是迄今为止美国最年轻的副总统。在他成为唯一一个为逃避叛国罪指控而被迫逃离美国的副总统之前，布雷肯里奇实际上是一个相当受欢迎的副总统：肯塔基的立法机关对他印象深刻，在其副总统任期届满的一年半之前就把他选为美国参议员。

在混乱的1860年总统大选中败北后（当选者是亚伯拉罕·林肯），布雷肯里奇回到肯塔基，南北战争爆发时呼吁该州脱离联邦。但是肯塔基留在了联邦内，促使布雷肯里奇辞去参议员、加入南方联盟军队。但是由于肯塔基州没有加入南方邦联，他的新战友对这位前任参议员心存疑虑，并且立即指控他犯有叛国罪。战争快结束时，他设法逃到佛罗里达，在那里借了一条小船。布雷肯里奇运气不佳：船受到海盗攻击，当他划着独桅小艇逃走时，风暴刮走了桅杆，他沿着加勒比海岸漂浮了三个星期，然后漂到了古巴。（据说，在欢迎他的仪式上，古巴乐队吹奏了《星条旗永不落》和《扬基歌》——曲目的选择布雷肯里奇并不欣赏。）他最后逃到欧洲，拒绝回国，直到安德鲁·杰克逊总统于1868年下达了大赦令。但是一个世纪之后，肯塔基的联邦法官才正式撤销了对他的叛国指控。科罗拉多州的布雷肯里奇镇以他的名字命名——但内战爆发之后改变了拼写（Breckenridge），为的是与叛国者划清界限。