韦尔纳曾就读于柏林工业大学土木工程专业和德国达姆施塔特工业大学，于1985年毕业。在日本工作研究地震安全一段时间后，返回德国作了工程顾问。于1990年在达姆施塔特工业大学担任教授一职。

自担任DLR主席以来，韦尔纳推动了欧洲在美国国家航空航天局（NASA）“猎户座”飞船项目中发挥的作用。在韦尔纳的努力下，ESA和NASA同意“猎户座”于2017年进行的飞行试验中使用欧洲的推进器和能源模块。

韦尔纳还推动了法国牵头的“阿里安”火箭项目，并促使DLR与美国内华达山脉公司签订协议，共同致力于“追梦者”号航天飞机的工作。

2015年7月，欧洲航天局（ESA）新任局长约翰·迪特里希·韦尔纳上任。这位德国航天局前任掌门直接掌握着44亿欧元的ESA年度预算，是ESA所有事务的总负责人。欧洲的新观测、气象、通讯和导航卫星，国际空间站的宇航员，火星、水星和木星任务以及让探测器悄无声息地在彗星上着陆，所有这一切都归韦尔纳管。