988年任皮亚琴察区主教，后来又提升到大主教职位。他是奥托三世(980～1002)幼年时的教父。996年教皇约翰十五世死，奥托令其堂弟布鲁诺继位，称格列高利五世。罗马豪门克雷申蒂家族趁奥托在德意志之际，在罗马鼓动骚乱。约翰自君士坦丁堡返回罗马，该家族建议若望继位为教皇，以便联合拜占庭反对奥托，得约翰同意，称约翰十六世。997年流亡中的格列高利绝罚克雷申蒂家族。次年奥托率军攻入意大利，实行恐怖统治，将克雷申蒂斩首，约翰同时被捕，据说根据皇帝的命令挖出他的双眼，割去鼻子、耳朵、舌头，令其到骑毛驴，押过罗马大街·······一说被关入监牢，不久失明，由於罗萨诺修道院院长圣尼卢斯(St. Nilus)的营救，若望得免一死。