纳奈莫最早作为一个殖民者的贸易站点于19世纪早期出现。1849年，当时的哈得孙湾公司（Hudson's Bay Company）通过当地原住民获悉这里有大量的煤矿资源，于是在1853年，他们在今天的纳奈莫市中心建立了一个碉堡，这个碉堡至今仍作为这个城市的象征而保存着。接下来的几十年里，纳奈莫作为一个重要的煤矿资源产出地而迅速发展。1887年，一起煤矿爆炸造成148位矿工丧生，这是加拿大迄今为止除了1917年的哈利法克斯大爆炸(Halifax Explosion)外最严重的一起人为爆炸事故。20世纪40年代，木材开始取代煤矿成为了这里最主要的贸易资源。今天纳奈莫的重要产业包括渔业、木业以及各种的第三产业，例如旅游、交通等，而房地产业在最近几年也得到了相当快的发展。