纳米比亚航空的前身是成立于1946年的西南航空运输（South West Air Transport），后更名为西南航空（South West Airways）。1959年，西南航空与羚羊航空（Oryx Aviation）合并为Suidwes Lugdiens。1966年，位于鲸湾港的Namib Air成为Suidwes Lugdiens的子公司。1978年，Suidwes Lugdiens更名为Namib Air。1982年，政府获得了公司的大部分股权。1990年，纳米比亚独立后，Namib Air更名为纳米比亚航空（Air Namibia），同时开通了温得和克与法兰克福之间的定期航班，由波音747SP执飞。次年，开通伦敦航线。