一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神爱丽丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、天琴座奥路菲、南十字星古拉特、神盾座扬、奥利安座渣加等五位亡灵圣斗士。

正享受和平生活的星矢、紫龙、瞬和冰河收到爱丽丝送来的挑战书，他们重新穿上圣衣前往女神被困所在。到达圣域的星矢众人遭遇亡灵五人组，随即陷入艰苦鏖战。