如上所述，从明治到第二次世界大战结束为止，由于政治原因，绳文人长期被视为是从日本列岛驱逐出去的原住民。这种看法必然产生了从古代到近代居住在日本支配区域的北边及冲绳群岛异民族以及把琉球人和虾夷人和现代阿依努视为绳文人直接的后裔的说法。

但是通过核DNA分析及y染色体和线粒体分析，现代琉球群岛冲绳人和阿伊努族人被视为绳文人直接后裔说法已经被证实。

绳文人是历史学家、民族学家和遗传学家最有争议的问题。对于研究而言，学者还无法确定绳文人的起源。而从分子人类学上认为绳文文化居民携带CD系单倍群分支系统是在日本诞生的，在形态学上来说绳文时代居民其实是没有分化出现在人类的黄种人，白种人，黑种人特征的智人，因此绳文时代人，在外貌特征上具有蒙古人种，尼格罗-澳大利亚人种，欧罗巴人种以上三个人种特点。

绳文文化与美洲土著文化和西伯利亚（阿尔泰和布里亚特）有一些相似之处。

绳文文化时代人是非常古老的居民，起源于旧石器时代的中亚。他们在3万6000年从北方的路线来到阿尔泰山脉经库页岛北海道迁入到日本本土。他们在身体上与欧洲人或中东人相似，很可能与旧石器时代的欧洲克罗马侬人类型有关。从基因上看，他们是不同的，与其他人没有密切的联系。但它们与北极人、欧洲人以及一些美洲土著人有一些共同的基因。

说到种族，绳文人可以说是他们自己的种族。欧洲人、中东人被称为高加索人种。绳文人也可以被归类为高加索人种。日本把他们看作是绳文文化种族，但与古代欧洲人和中东人的联系是不可否认的。有了现代科学，我们就有可能创造出绳文人的真实复制品。

2018年日本国立科学博物馆对北海道发现的日本绳文时代女性遗骨进行了全基因组测序，获取了和现代人同等水平的遗传信息，特别是成功获取了脸型、眼睛等面部情况相关的基因信息，然后依据这些基因特征复原了一名生活在约3800年前的女性绳文人相貌。这名女子眼睛呈茶色，头发卷曲，肤色较深。

日本国立科学博物馆与国立遗传学研究所、东京大学等组成的研究团队成功完成了绳文人的全基因组解读。由此可以推断绳文人是在3.8万～1.8万年前从大陆集团中分离出来的。在人类学研究中引入最新的基因组解析的趋势在世界上也被推进，已经诞生了改变传统观念的划时代成果。通过对绳文人基因组的完全解读，探寻日本人起源的研究有望加速。

绳文人是大约1.6万年前至3000年前生活在日本列岛上的人群。诞生于非洲大陆的人类在4万～5万年前进入东亚地区。据推测，部分人经过西南诸岛、朝鲜半岛、库页岛等迁往日本列岛。这些古人通过狩猎和采集生活，广泛分布于日本各地，人口达到巅峰26万，因绳文晚期环境恶化导致食物逐渐减少下降至8万多人(不包括北海道岛)，在此之后又有弥生人这一新的人类集团从大陆迁到日本，不断推进与绳文人的混血，还将稻作种植带到日本，使食物得到稳定，人口逐渐回升。

Brace（1990）说，Jōmon人与高加索人有许多共同的身体特征，但与现代欧洲人相比形成了一个独立的基因谱系

Brace等人的颅骨测量研究。（2001）显示了Jōmon人与史前和现代欧洲人，而不是与其他当代东亚人在形态上的关系。这项研究得出的结论是，Jōmon人是一个族群（Brace et al al称之为“欧亚人”）的后代，在晚更新世迁入欧亚北部（也包括美洲），这明显早于东亚现代核心人口的扩张

其他研究表明，Jōmon人不是一个同质群体，而是一个异质群体。根据Ishida等人。2009年，大部分Jōmon出现类似青铜时代的南西伯利亚。有证据表明，Jōmon保留了欧亚大陆西半部（欧洲）、中亚和或西伯利亚南部的旧石器时代人口的特征。另一方面，九州、四国和本州南部部分地区的绳文人群显示出与东亚（蒙古族）表型相似的特征。

根据Schmidt和Seguchi（2014）的“Jōmon文化和日本群岛的居民”一书，史前Jōmon人是西伯利亚（阿尔泰山脉地区）旧石器时代人口的后裔。其他被引用的学者指出了Jōmon与各种旧石器时代和青铜时代的西伯利亚人之间的相似之处。尽管如此，可能有多次移民进入日本

吉池医学院解剖学系的Tsunehiko Hanihara认为，绳文时代居民和现代阿伊努岛的居民很可能直接来自晚更新世圣代的原始蒙古人种。京都国际日本研究中心的人类学教授Akazawa Takeru（1996年）认为绳文人属于古蒙古人，这种古蒙古人种特征在中国早期山顶洞人中也有发现。

根据Schmidt和Seguchi（2013）的绳文文化和日本群岛的聚居的一项研究，指出史前绳文人是西伯利亚（阿尔泰山脉地区）旧石器时代人口的后裔。其他被引用的学者指出，绳文人与西伯利亚不同的旧石器时代和青铜时代的人有相似之处。然而，有可能多次迁徙到日本的周一时期 最近在2019年进行的一项DNA研究表明，单倍型D-M55的携带率约为70%，单倍型C1a1的携带率约为30%。只有在古代和现代日语中才发现一种特定的日文-日文分支。没有发现其他种群携带这种特定的分支，这支持了绳文种群的不同位置。

MtDNA单倍子群绳文人的特征是单倍子群M7a和N9b的存在。2004年和2007年发表的研究表明，现代日语中M7a和N9b的组合频率在主流日语中为12~15%到17%。 据估计，M7a与M7b'c有一个最新的共同祖先，M7a'c的成员主要分布在日本（包括绳文人）、东亚其他地区和东南亚，距今33500年（95%CI 26300<->42000）。

根据Schmidt和Seguchi（2013）的“Jōmon文化和日本群岛的聚居”，史前绳文人是西伯利亚（阿尔泰山脉地区）旧石器时代人口的后裔。其他被引用的学者指出，杰蒙人与西伯利亚不同的旧石器时代和青铜时代的人有相似之处。然而，有可能多次迁徙到日本的周一时期 最近在2019年进行的一项DNA研究表明，单倍型D-M55的携带率约为70%，单倍型C1a1的携带率约为30%。只有在古代和现代日语中才发现一种特定的日文-日文分支。没有发现其他种群携带这种特定的分支，这支持了绳文种群的不同位置 MtDNA单倍子群绳文人的特征是单倍子群M7a和N9b的存在。

绳文人与美洲人关系

芝加哥大学人类学博物馆的研究人员从世界各地搜集了近1万个古人类头骨化石，用计算机对其头骨结构进行了仔细的研究和分析，结果发现美洲人祖先的头骨结构和一个居住在日本的史前人种最为接近。这个名叫绳文种族生活在距今数万年以前，后来发展成为了阿伊努人。

负责此项研究工作之一的洛林·布雷斯介绍说，从对头骨的研究以及其他证据来看，绳文人很可能是在距今约1.5万年前通过白令海峡所在的地区进入美洲大陆的。当时，由于北半球的大部分地区都被冰雪覆盖，海平面比低数百英尺，如今的白令海峡当时只是一片干涸的大陆架，徒步就可以穿过这里，从亚洲进入美洲。

这项研究还表明，美洲的许多印第安部落，包括切罗基族、苏族等都有绳文人种的特征。不过，美洲人并不都是绳文人的后代。在距今约3000至4000年前，一些中国人、蒙古人和东南亚人也穿过白令海峡登上美洲大陆。不同的是，那时白令海峡已成了名副其实的海峡，所以这些早期的移民都是划着船渡过白令海峡的，他们的后代有爱斯基摩人和阿留申人。

绳文人与韩国的关系

作为大阪市立东洋陶瓷美术馆名誉馆长伊藤郁太郎的见解，建筑师长浜浩明表示，“从1969年到1971年，在东三洞贝冢的下层发现了尖底、圆底无文陶器。这些陶器与北松浦半岛的泉福寺洞穴、福井洞穴等发现的隆起线文土器相似，也包括北松浦半岛的黑曜石和大形石斧。除此之外，庆尚南道真岩里、咸镜北道西浦项贝冢等地方也发现了此类动物”，绳文人从7000年前开始前往无人朝鲜半岛，一直进入半岛北部。另外，从朝鲜半岛南部的烟台岛贝冢发现的古人骨（公元前4000年）与绳文人的特征有很多方面一致，与现代韩国人形态不像，最初开始住在半岛的是绳文人根据考古学的推论，由形态人类学证实了，另外，长滨还提到，朝鲜半岛的栉文土器文化陶器是九州曾畑式土器（绳文前期）本身。

绳文人的语言

现在还不知道绳文时代使用了什么语言。建议使用的语言有：阿伊努语、通古斯语、南岛语、古西伯利亚语已经灭绝的语言

虽然最受支持的观点是将阿伊努语等同于绳文语，但这一观点并非毫无疑问，因为根据研究日本绳文时代的中西部至少有四个部落讲通古斯语，九州和冲绳至少有三个部落是南岛语，不知道是否还有其他部落也有不同的语言。

绳文人的文化被称为“绳文文化”。它主要是以收集食物和狩猎为基础，但也有人认为绳文人早期从事农业。他们采集坚果和贝类，为狩猎、捕鱼等生活奠定了基础，还进行了一些种植。他们住在一个陶器坑里

绳文人使用的绳文陶器样式是一种“线状标记”样式，是绳文时期的名称贡献者。摩门文化第一阶段的陶器风格是通过在湿粘土表面印上绳索来装饰的，这种风格被普遍认为是东亚和世界上最古老的陶器之一。除了陶罐和陶罐外，绳文人还制作了许多高度程式化的雕像（狗ū）、粘土面具，石棒或棒和剑。

日本人与绳文人的关系

大和日本人大多是弥生人的后裔，也有绳文人的混血儿。据估计常染色体研究，日本本土绳文人祖先不到10%。另一项研究估计，来自东京的绳文祖先大约占12%，现代日本人主要是从弥生时代人后裔而来，弥生人在很大程度上取代了当地的绳文人

另一个基因组研究（Takahashi et al。2019年）进一步证实了现代日本人（大和人）主要来自弥生人人。对日本和现代日本样本的线粒体DNA分析表明，日本绳文时期的mtdna与古坟时期和江户时代时期的mtdna存在不连续性。这一发现意味着日本人的基因转化可能发生在古坟时代或之前

冲绳人与绳文人的关系

根据多项研究，琉球人与日本大和人相比，具有更多等位基因的琉球人和阿伊努人的等位基因数量更多，亚洲大陆群体的遗传贡献较小，这支持了K.Hanihara（1991）的二元结构模型，一种被广泛接受的理论，认为大和日本人和阿伊努人以及琉球人不同，而是来自于农业大陆人（主要来自朝鲜半岛）

在日本人口中，琉球人是沿着本州岛的两个单独的全基因组集群之一。根据不同的研究，琉球人的绳文人的祖先大约占50%-60%，据估计，形成混合琉球的混合事件至少在1100-1075年前发生，因此，从阿伊努人的角度来看，琉球人似乎在基因上与阿伊努人最为接近。

关于绳文人核dna研究

在全基因组核dna研究绳文人与东亚人的关系相对最近，而非洲、欧洲、澳美人种和美洲土著人关系较远。与人类基因组多样性小组（HGDP）群体的全基因组单核苷酸多态性数据的比较也显示了绳文人的独特地位，他所处的位置与所有现代东欧亚大陆人相距甚远。在东欧亚大陆地区，当将来自日本列岛的阿伊努人、大陆日本人和琉球人以及CHB28（中国人来自北方）与绳文人进行比较时，PC1将阿伊努人和绳文人从其他族群中分离出来。最接近绳文居民是阿伊努人，其次是琉球人，而日本本土人却与北方汉人类聚

2020年剑桥大学重解绳文人核dan分析

剑桥大学出版社于2020年发表了一份完整的基因组分析报告，首次分析了几个绳文人样本的完整基因组。研究发现，绳文人的遗传特征不同，与“基础亚洲人”（如田园洞人和和平文化古人）没有亲缘关系。这就反驳了少数学者提出的绳文人可能来自东南亚的假设

Jōmon人与Hòabìnhian人没有如之前所述的特殊关系（McColl等人，2018年）。遗传相似性测试没有显示Hòabìnhian或Jōmon彼此具有极高的遗传相似性。

- Boer等人，剑桥大学出版社

相反绳文人反而与旧石器时代的西伯利亚人，以及现代人在日本和鄂霍次克海周围的各种群体拥有相对多数的基因组

2020年5月绳文人基因组再分析更新：

绳文人样本《lkawazu》显示与‘基础亚洲人’没有密切的遗传联系，包括田园洞人和东南亚狩猎采集Hòabìnhian人。

特别是将来自老挝和马来西亚的东南亚Hòabinhian人与来自东亚的主要陆地东亚人和绳文人的遗址（Ikawazu）的比较表明，东亚人和绳文人的祖先与Hòabìnhian祖先的距离相等表明绳文人与Hòabìnhian人没有特殊关系这就推翻了先前建议绳文人来自于东南亚（McColl等人，2018年）。

此外，还发现了更多与旧石器时代西伯利亚南部有遗传联系的证据。长期以来提出的分离绳文人也是错误的，因为发现了绳文人的基因流入周围人群的证据：

早在7700年前的古代的亚洲北部西伯利亚人与绳文人有着共同的联系，旧石器时代盛行的北西伯利亚古代祖先，以其与欧洲相关而非亚洲相关的祖先关系密切以及对美洲土著祖先的影响而闻名（Raghavan等人，2014；Sikora等人，2019）。”

绳文人可能是来自于西伯利亚南部旧石器时代人口的后裔，并在3.5万至1.5万年前到达日本和鄂霍次克邦地区。