19世纪20年代，由于该校的立陶宛籍和波兰籍学生参加爱国运动，激起沙皇政府的不满，大批学生被捕，更换了校长，一些爱国的教授被解职，事态愈演愈烈，到1832年政府干脆下令关闭了维尔纽斯大学，但古老大学的光荣传统得以保留下来，学校作为先进的科学、创造和社会中心并没有在人们的心目中消失。

十月革命后，维尔纽斯大学才逐步得到恢复。当时，年轻的立陶宛特别需要专家，这给维尔纽斯大学的发展带来了机遇。学校在原有的基础上开设了一些新系、新专业和新教研室。教学质量有了明显的提高，师生数量增长很快。战后第一个十年，这所学校培养了3000多名专家，第二个十年增加到5000多名。战后几十年该校所培养的专家比它过去365年的毕业生总和还要多。现在该校有学生16 000多名，开设12个系：语文系、历史系、经济系、物理系、化学系、数学和信息学系、自然科学系、医学系、交通系、哲学系、法律系、考纳斯人文科学系以及国际关系和政治学院。还为外国留学生设立了预科。

语文系是该校最大的一个系，也是全立陶宛最大的语言文化中心。该系开设有立陶宛语言文学、俄罗斯语言文学、英语、德语、法语和古典语等专业。培养语言文学研究、编辑出版、旅游、档案方面的人才和大中学教师。许多毕业生已成为立陶宛的作家、诗人、学者和教育家。

历史系开设4个专业：历史学专业始建于学校成立初期，是该校最古老的一个专业；新闻专业主要是培养编辑记者；1949年开设了图书馆专业；1968年开设了心理学专业，包括教育心理学、社会心理学、劳动心理学和工程技术心理学。

经济系下设工业经济、经济控制论、贸易和财政等专业。工业经济专业主要讲授社会生产过程的综合分析、工业各部门生产基础、劳动的科学组织和管理等。经济控制论专业主要讲授运筹学、数理统计学等。

物理系所设的专业主要有无线电学、光谱学、理论物理学、量子电动力学和天体物理学等。该系教师所完成的科研成果已被译成多种文字在世界各地发表。

化学系开设的主要课程是分析化学、有机化学、物理化学、生物化学和高分子化合物化学等。该系还和医疗部门开展合作，研制治疗心血管病、风湿病的药品。

近年来，立陶宛高等教育的改革之风也吹进了维尔纽斯大学的校园，一些适应现代化的教学改革措施相继出台。过去，大学的教学计划和教学大纲完全由教育部统一制订，学校没有主动权。现在，学校和各系有权根据科技文化发展的最新成果和本校系的实际情况作出必要的调整、修改和补充，这样可以使学生学到的知识跟上现代科技发展的新形势。学校也在不断更新教育思想和改革教育方针。

首先，注意提高学生的整体素质，拓宽专业基础，改变以往狭窄的培养方式，优化课程结构，完善管理制度。减少了学生必修的课程和课时，更多地利用讨论会、实习、模拟生产、现场教学等生动活泼的方式启发学生的创造性思维。其次，充分重视学生的个性发展，树立促进学生个性发展的教育理念，将学生由被动接受传递的受体变为进行自觉学习的主体。第三，加强学生能力的培养。把偏向知识传授的教育转变为在传授知识的同时，注重学生能力的培养，并形成新的能力观和能力培养方式。过去，大学实行的是以上大课为主的传统教学模式。这种填鸭式的教学法，阻碍了学生独立思考和发挥创造性的能力。实行教学改革以后，减少了大课的数量，更多的时间让学生在图书馆、实验室自习，增强独立的学习和实践能力。

维尔纽斯大学是立陶宛最大的科研中心。校方一直强调教学必须与科研相结合，必须把科研工作纳入学校工作的议事日程。校方认为，现代科学技术日新月异地向前发展，以致旧的科研方法和工艺流程迅速老化，这种形势迫使专家学者每隔几年就要完全更新一次自己的知识。大学的任务不仅在于单纯地传授知识，大学教育必须同时是一种创造性活动。因此，学校的教育教学必须以大量的科学研究项目为依托，以高质量的科研成果为引导，帮助教师、学者从大量的信息中获取新的知识和资料，并用于教学和工作实践。应该把大学办成为每一位专家进行创造性劳动提供服务的基地。现在，学校建有天文台、植物园、计算机中心等。各系的实验室、办公室、校办企业都是用最新技术装备起来，在教学中广泛运用电子计算机技术。维尔纽斯大学的教师是一支潜力巨大的科研队伍。校方首先是充分调动这支科研队伍的积极性，鼓励他们竭尽全力开展科研活动。因为只有头脑经常闪烁着科学探索火花的教师才能使自己的学生燃起创造的激情。教师应该走在科研的前列。同时，校方对学生的科研也十分重视。学校制定了大学生科研活动纲要。各种大学生科研小组和科研协会的活动开展得十分红火。

多年来，维尔纽斯大学十分注意科研与生产相结合，科研为国民经济服务。该校主动把工农业生产中的科学技术问题纳入自己的教学和研究范围。该校从20世纪70年代开始每年要为生产部门提供40~50个有关技术进步的成果，其中的一半是由物理系、化学系和数学系完成的，创造了巨大的经济效益。学校和企业注意改善关系。企业不是像过去那样只是坐等大学的科研成果，它们要与学校签订合同，负责大学开展科研的部分费用。这样做，可以使生产单位主动关心学校的科研和教学工作，而学校又可获得资金增加教学和科研设备，弥补国家拨款的不足。学校已经同维尔纽斯计算机厂、热力设备厂、立陶宛日用化学制品公司等单位签订了合同，学校可根据合同的具体要求制订科研计划和开设部分课程。学校还积极在大型企业中建立大学教研室和实验室，教师和学生在这里不仅可以进行科研和教学，而且可以把研究成果和所学到的知识立即应用到生产中去，收到了教育与生产、科研紧密结合的良好效果。

维尔纽斯大学已成为国际上有影响的学术中心之一，具有广泛紧密的国际联系，学术交流活动非常活跃。该校已同德国的格赖夫斯瓦尔德大学、马格德堡高等技术学校、爱尔福特医学科学院、波兰的克拉科夫大学、捷克的卡罗维大学等高等院校建立了合作交流关系。

2010年3月与211院校辽宁大学建立了友好合作关系，辽宁大学成为维尔纽斯大学与中国建立的第一个友好学校。近年来，随着中国和立陶宛两国高层互访的增加，中、立两国关系全面升温，双方在科技、文化、经贸等方面的广泛合作正全面深入展开。2000年9月，中国驻立陶宛使馆向维尔纽斯大学东方研究中心捐赠了一批图书资料和音像设备。维尔纽斯大学和中国的高等教育部门建立了广泛的联系，经常派专家到中国讲学。维尔纽斯大学已接受了数批中国公派和自费留学生。该校教育质量高、费用低、宽进严出的教育体制为这些留学生构建了一个接受良好教育的平台。总之，通过一系列国际化措施，维尔纽斯大学铺开了一张全球性的网络，把自己，也把立陶宛与世界其他部分联成一体，迎接21世纪的挑战。

2010年3月15日，立陶宛维尔纽斯大学副校长外特库斯先生（Rimantas Vaitkus）专程访问211高校辽宁大学，辽宁大学校长程伟、副校长穆怀中在辽宁大学沈阳蒲河校区贵宾室接见了立陶宛客人，双方就筹建孔子学院和建立友好合作关系进行了会谈。 会上，双方签署了友好合作的备忘录，建立了校际友好合作关系。辽宁大学程伟校长表示，两校通过国家汉办共同建立孔子学院，起点高，开局好，我们一定要把孔子学院建好。外特库斯副校长表示辽宁大学是维尔纽斯大学与中国建立的第一个友好学校，孔子学院的筹备工作已经开始顺利进行。穆怀中副校长与外特库斯副校长就两校要签署的孔子学院执行协议和补充协议进行了讨论，并达成了共识。执行协议将在两周之内函签生效。双方还确认了孔子学院揭牌仪式及相关准备工作和大致时间。 会谈后，外特库斯副校长还参观了辽宁大学图书馆、文科实训中心、留学生教学楼等，并对我国高校的建设给予高度评价。 汉语国际教学院院长文然、党总支书记崔莉，国际交流处处长曹立华等参加接见和会谈。

立陶宛ELTA新闻社6月11日报道，维尔纽斯大学在2022年QS世界大学排名中列第400位，创历史最好成绩。其中教学质量评级列第135位，学术声望评级上升27位列第400位，教职工评级列第434位。根据近年来QS世界大学排名，维尔纽斯大学在1500余所高等教育机构中排位较高，2014年首次评估列第601-650位。

维尔纽斯大学位于维尔纽斯市老城的主要街区，毗邻维尔纽斯大教堂广场和耸立在市中心的盖迪米诺城堡。登城堡鸟瞰，环抱大学的是古老的比列斯步行街和乳白色的总统府。大学的建筑富丽堂皇，是集哥特、巴洛克、文艺复兴和古典风格于一体的独特景观。

幽深狭窄的古老庭院、蜿蜒的走廊和拱门、精美的浮雕艺术、参天的古树、绿色的草坪……所有这一切无不营造出一种十分温馨和浪漫的情调，把人们带到那古老的年代。世事变迁，几代追求，名师荟萃，英才辈出。多少世纪以来，这所人文和自然科学综合教育的最高殿堂，为立陶宛造就了数以千计的作家、科学家、社会活动家等优秀人才。因此，它被称为培养立陶宛民族精英的摇篮。现在这里仅仅是大学的本部，大约1/5的学生在本部上课，校长办公室、图书馆也都设在这里，其他各系被安置在市郊新建的现代化大学城。

走进维尔纽斯大学，你仿佛踏入了一个钟灵毓秀的学术园。学府春色，玉垒浮云。无论是在花团锦簇的春天，浓荫蔽日的夏季，金风送爽的秋天，还是冰雪覆盖的隆冬，这里总是书声琅琅。在静谧的校园里徜徉，你不会想到它经历了怎样的沧桑，又怎样沿着开拓者的脚步走进了世界高等教育大军的行列。