1997年帕克萨斯开始从政，当年3月他当选为维尔纽斯市议员，4月当选维尔纽斯市市长。1999年5月18日帕克萨斯出任立陶宛总理，同年10月27日，他因与总统及议会中的大多数成员在马热伊基亚伊石油公司控股权卖给美国一事上出现分歧而辞职。1999年12月他任中右派的自由同盟主席。2000年3月帕克萨斯再次当选维尔纽斯市市长，同年10月10日再次出任总理，2001年帕克萨斯与联合政府中新联盟在养老金政策、税收政策、天然气公司和动力公司私有化等问题上的分歧无法化解，而再次辞职。在2003年1月5日举行的总统选举中，他以54.94%的得票率当选为立陶宛新总统。2003年2月26日帕克萨斯宣誓就职，他是立陶宛自1990年恢复独立以来的第三任总统。2004年4月6日，帕克萨斯被立陶宛议会罢免。他是欧洲历史上第一位被弹劾罢免的总统。