1853年洪秀全已经开始在南京建立了政权，他邀请罗孝全去那里帮助传播宗教。经过多年曲折，1860年罗孝全到达南京，并在那里停留了一年多。在此期间，他受到热情的接待，还被封以爵位和重要的官职。在他的影响下，又有其他不少传教士到达那里。但是他最终发现，洪秀全的政权与基督教的差距太大，最后他又失望地离开。1866年罗孝全回到美国。

罗孝全，原名罗拔士，美籍基督教传教士，出生于美国田纳西州。1825年开始在美国南方传道，1833年成为牧师。1835年，组成罗孝全基金与中国传教会。

罗孝全于道光十八年（1838）来华。开始在澳门宣讲《基督新约》，向当地麻疯病人传道，为澳门当局禁止，并被驱逐出境。后到香港，在上环百步梯建立教堂，名叫“宏艺书塾”，这是香港的第一所教堂。道光二十四年，鸦片战争后，清廷被迫开放广州为通商口岸，罗孝全便随一批洋人涌进广州。

最初，他在广州十三行联兴街设立一座讲堂，传播《基督新约》。这座讲堂就是广州最早的一个浸信会。道光二十六年，十三行大火，浸信会被付诸一炬。于是他又在东石角建起了粤东礼拜堂，还买了艘紫洞艇画舫，在水上宣讲圣经。

罗孝全早在澳门时，就学会广州方言，书写汉字，改变自己的西方生活方式，甚至连自己的名字也改成中国的，使自己汉化起来。因此，他在广州传教的效果颇佳，不少广州市民愿参加教会，连番禺、南海、花县等地的群众也慕名而来听道受教。洪秀全也亲到广州拜访了他。

罗孝全发现洪秀全才识过人，能言善辩，十分喜欢。他们一见如故，共同生活了３个月。罗孝全向洪秀全讲解《圣经》，洪拜罗为师，这段经历对洪秀全的太平天国革命运动很有影响。但由于对宗教和搞农民运动认识上的差异，罗孝全终于不肯接受洪秀全参加洗礼的要求。洪秀全回花县，后来仿照基督教教义写成《原道救世歌》，宣传他的革命主张。

1847年，罗孝全在东石角的粤东礼拜堂被捣毁，那艘紫洞艇画舫也被破沉，他只得离开广州回国。回国后曾写了怀念洪秀全的文章。1853年5月，罗孝全收到一封署名为“愚弟洪秀全”写的邀请信，请他到太平天国占领区传教。罗孝全十分高兴，立即写信给马沙利（美驻华使节）要求批准他访问天国，但被这位公使以违背中立政策的借口加以拒绝。罗孝全不等回信就到了上海，于8月3日与戴作士结伴乘帆船驶向天京，但被清军拦截未能成行。麦莲取代马沙利为驻华公使后，决定访问天京，罗孝全希望随行，又未获准。

1853年，刘丽川率起义军占领上海县城，建立“大明国”，宣布接受太平天国领导。罗孝全曾进城拜望刘丽川，企图充当小刀会宗教老师，但未被刘丽川接受。

1858年底，洪秀全给额尔金的诏书中，又一次邀请罗孝全“上朝共联言”。罗孝全于1860年9月22日抵苏州。10月，由李秀成陪他至丹阳，再派专人护送他到天京。洪秀全把罗孝全视为“西洋同家人”，给以礼遇，安排罗孝全住干王府，并授予官职。初时罗孝全被封为接天义，又是通事官领袖，充当洪仁处理外交事务的翻译官。1861年2月26日，他被任洋务丞相，主管外交事务。

洪秀全与罗孝全再次见面，长时间辩论宗教问题。洪秀全给罗孝全“钦赐各项诏书”要他“细认”拜上帝教的主要文献，“醒信福祉”，相信洪秀全曾经上天。在福音的真理性上，洪对圣经提出异议，主张“约书不好些当去”，代之以洪氏自己写的新约书。而罗孝全则坚持基督福音的真理性，图谋使太平天国基督教化。洪秀全无法说服自己的洋人老师改宗拜上帝教，失望之余，二人关系疏远和冷却下来。

1861年底，太平天国对外政策转为强硬，洪秀全亲自接管外交。罗孝全对洪秀全与太平天国深感绝望，因为天王既不愿改造拜上帝会，又不愿向外国侵略者继续让步，于是这位牧师只得在1862年1月20日从干王府出走，登上英国兵舰离开天京。2月8日，他在《北华捷报》上发表文章，披露出走原因，其中对太平军进攻上海尤为痛恨，咒骂太平军“是一群强盗，必须受到外国人的剿杀。”从此，他从太平天国的同情者和支持者变为反对者。

罗孝全离开南京后又回到广州传教。于同治五年（1866）返美定居。主要著作有《洪秀全革命真相》、《罗孝全在天京的自述》、《小刀会首领刘丽川访问记》等。1871年在美国逝世。