其下设：调查局，情报局，人事局，后备役局，规划计划局，指挥控制与通信规划计划局，研究发展试验与鉴定局，反潜作战与海洋监视规划局，教育与训练局，医药与军医局，海洋与气象局，海洋研究署；海军器材司令部，海军情报司令部，海军保密大队司令部，海军电信司令部，海军教育与训练司令部，海军水雷作战司令部，海军作战试验与鉴定部队司令部，海军后备队司令部，海军新兵征集司令部，海军数据自动化司令部等，分别负责领导各方面的业务和技术工作。

海军作战部设正、副部长各1人，助理部长6人，助理副部长1人，均为军人。海军作战部长是美海军最高军事指挥官，上将军衔，是总统、国防部长和海军部长的首席顾问，也是武装部队政策委员会和参谋长联席会议成员之一；战争时期为海军总司令，负责向参谋长联席会议所属各战区总部和特种司令部提供训练有素、装备齐全的海军部队，并通过参谋长联席会议对海军实施联合指挥。作战部副部长，为海军作战部长的主要助手和顾问，上将军衔，负责领导各专业分工的助理部长和各局的日常工作，作战部长不在位时，代理部长职务。6名助理部长，均为中将军衔，分别是：计划、政策与作战助理部长，负责制定政策与计划，是海军部长和海军作战部长在国内军政事务和国外军援方面的主要顾问，并负责拟定作战计划，领导海军各兵种的战役战术训练；人力助理部长，通常兼任海军人事局局长，负责制订人员的补充、培养、分配和使用计划；后勤助理部长，负责海军作战部队和岸上机构的后勤支援；此外，还有负责空战、水面战、潜艇战的3名助理部长，分别负责空中、水面、潜艇作战部队的战备、训练、后勤支援和后备役部队的管理。助理副部长，也称海军行政主任，少将军衔，负责海军作战部的行政管理和与政府其他部门的联系，并兼管海军海洋研究局的工作。海军作战部的工作人员中也有部分文职人员。