嘉靖十三年（1533年），35岁的翁万达出任梧州知府。梧州是汉族与少数民族杂处的地方，边防要地，师旅众多，翁万达治理梧州4年，声绩大著，被誉为“治行第一”。期间，镇守两广的咸宁侯仇鸾，纵悍卒横行，翁万达不惮权贵，拘缚其为首分子十余人投之于狱。翁万达治梧声名远播，受兵部尚书毛伯温极力荐举，任命为广西副使。

嘉靖十七年（1538年），安南国（今越南）莫登庸父子篡位称制，勾结广西土官反叛朝廷，明世宗朱厚熜命两广总兵仇鸾、兵部尚书毛伯温率部征安南。征南号令传出后，兵部、礼部意见不一，翁万达提出以“重兵威慑，抚剿兼施，迫其乞降”的策略，被毛伯温和两广总督张经接受，转呈中央，成为朝廷的国策。翁万达遂被推荐为征南副使，成为征南大本营决策层中的智囊以及广西一路前线的指挥官。在征南一役中，翁万达先平定与莫登庸互为呼应的少数民族上层（土司）的叛乱，并实行策反，兵不刃血迫使莫登庸乞降。两广总督张经大称之：“翁君神算也。”班师论功，翁万达功居第一，毛伯温上奏，朱厚熜大喜，于嘉靖二十年（1541年）擢升其任四川按察使。次年，先后转任陕西左、右布政使。

由于安南一役受知于朱厚熜，翁万达开始步步荣升，由四川按察使、陕西布政使，一跃而为右副都御史（明设都察院，专司察劾，副都御史和佥都御史、监察御史均为副职），巡抚陕西，不久又被擢升为兵部右侍郎，兼右佥都御史，总督宣、大、偏、保军务，即三边总督。最后还被任命为兵部尚书。这中间，还曾半载两迁。由于练达夷情，深谙边务。翁万达率领明军赢得了多次胜利，包括：铁裹门鏖兵、鹁鸽峪血战、阳和退顽敌、曹家庄大捷等。

同时，翁万达嫉奸锄暴。宣府总兵部永、副总兵姜爽与豪宗恶少盘居城中，多方盘剥致万军茹苦。翁万达上书弹劾，直至罢其官，撤其职。大同和川王府奉国将军充灼等通敌谋反，约为内应。翁万达发觉后，一面秘密地按名捕获反者，一面发兵埋伏于各关隘，迎击如约进犯的敌兵，终大获全胜。

翁万达督边六载，主要对手是蒙古鞑靼部的俺答汗。其时，俺答虽“势方张，控弦数十万”，但总不敢大规模进犯。边关一度出现了升平景象。

曹家庄大捷后，朱厚熜授予翁万达兵部尚书之职。不久，又召其回京“入掌本兵”，主持兵部大事。嘉靖二十八年（1549年）翁万达的父亲去世，他遂于年底南归奔丧。按明制，大臣遇丧事，可守丧三年，称“终制（终三年之制）”或“终丧（终三年之丧）”。俺答汗得知翁万达离开边关，即兴兵犯境。在他归乡后，大同失守。朱厚熜不顾“终制”，急诏翁万达返抵边关，掌其督抚重任。翁万达因丧期未满，又加之背疽发作，所以匆忙修书，派义子翁从云携带《乞恩陈情终制疏》上京，请求“待三年服阕而后起用”。翁从云至河间府地界遇盗，失落表疏；尚未抵京，而俺答已从古北口“溃墙南下，直薄都城”。朱厚熜又连下两道金牌，催促翁万达起程。翁万达命侄翁思远带《题知起程疏》先行赴京。由于翁万达家处“岭海极南之地，去京万里，虽间道兼程，犹必历四十一日”才抵京到鸿胪寺报到。

当朱厚熜在急等翁万达抵京时，权贵严嵩上疏，谓翁万达“盘桓久顿，未知至日”，“谋武盈朝，何必翁某，”仇鸾则更是“衔宿怨，谗言构于帝”，结果翁万达被降职派往边关，经略紫荆诸关。越年，翁万达因背疽发作，故乘“京察”，呈上《再辞免重任恳乞陈情疏》，终引起朱厚熜的反感，遂免其职，接着又以翁万达的《谢疏》有讹字为由，将其“削籍为民”。于是，翁万达“冒暑买车，微服就道，人亦不知其曾为尚书”。

嘉靖三十一年（1552年），55岁的翁万达约同友人抵闽游武夷山，途经三河，被当地山川形胜所吸引，顺便为自己选择了墓地。在福建清流县途中，背疽疾发，急忙回归，至上杭县，于十一月十三日（1552年11月28日）卒于舟中。此前，朱厚熜又感到防边重任非万达莫属，于是年十月十三日（1552年10月30日）颁诏，曾第三次起复其为兵部尚书，但为时已晚。翁万达卒后二日，遗体运抵家乡，又四日诏命才临门。《明史》说其“未闻命而先卒”，即指此。死后葬于大埔三河镇。隆庆（1567年－1572年）年间，明穆宗追赠太子少保，谥号“襄敏”。

张廷玉《明史》卷一百九十八·列传第八十六·翁万达：

“（平安南役）是役也，万达功最，赏不逾常格”。

“（修长城）万达精心计，善钩校，墙堞近远，濠堑深广，曲尽其宜。寇乃不敢轻犯。墙内戍者得以暇耕牧，边费亦日省。初，客兵防秋，岁帑金一百五十余万，添发且数十万，其后减省几半”。

“（守疆）万达顺风鼓噪，扬沙蔽天。寇惊曰：翁太师至矣。是夜（闻名）东去。诸将追击。大胜。”

（综述）“万达事亲孝。父殁，负土成坟。好谈性命之学，与欧阳德、罗洪先、唐顺之、王畿、魏良政善。通古今，操笔顷刻万言。为人刚介坦直，勇于任事，履艰危，意气弥厉。临阵尝身先士卒，尤善御将士，得其死力。嘉靖中，边臣行事适机宜、建言中肯窾者，万达称首。”“赞曰：毛伯温能任翁万达、张岳，以成安南之功，不失为持重将。万达饬边备，整军实，其争复套，知彼知己，尤深识远虑云。”

叶春及·《翁襄敏安边记·序》：曾有躬出御虏，介而先驱若襄敏者耶？史臣谓嘉靖中边臣动合机宜，画中綮窾，惟公一人而已。

霍尚守《翁襄敏安边记·序》：“①嘉靖中套虏跳梁，边事孔棘，阃臣战守无策，屡获重谴。故边阃有命，莫不惴惴孤任使是惧。独翁襄敏公以雄才当之，功盖可纪云。”“②公开府宣大、偏保六载间，诸所注厝，悉具载焉。余观公安边之术，大都有十：选将校，抚士卒，固险要，饬守备，广库蓄，明赏罚，严诘边，谨侦谍，奖豪俊，急救援。经画布置，详密周悉。岂非折冲之宏谟，保障之长策哉。乃其匪躬自矢，见虏必赴，决胜若神。即《诗》所称：‘赫赫南仲，文武吉甫。’何以加焉。然公分部苍梧，身肩其事，首诛土酋之外构者，两江积寇以次剪平。寻募死士，间入莫氏伪都，尽获要领。机算既定，则请大司马帅诸军临之，莫氏震惧，束身归命者谁之力哉？西北之烈，何足以概公也。”

王锡爵《翁襄敏公神道碑》：“治行第一。”

何乔远《名山藏》：“万达言（阙），谈说时事，如倒囊出物。心灵敏健，遇事一思，便彻终。始家居，束修无少瑕玷，论者以方郭泰、徐穉云。”

郑莆样《刻东涯集书后》：“学闻至道，文率性成，笔引千钧，心雄万变。”

查继佐《罪惟录》：“余谓兵有三十声，威近袭远，此声之大者也。而当时录安南（阙两字）及此。使以刍杖远因交南，而交南之耳目应之，即不（阙四字）必登庸就欸，乃及藤峡等，是先难而后易也。何似先易（阙）难者亦易，所差岂寻杖哉。曳柴之计，与昔蒙马虎皮一例，是误之以形耳。”

冯奉初《潮州耆旧集·东涯集题辞》：“经世之文，非小儒所能及。”

翁万达虽然著述丰赡，诗、文、议、纪等各种文体充备，除了现能见到的书札集《稽愆集》、诗集《稽愆诗》，以及纪念集《东涯集》外，尚有见诸目录家著录的《总督奏议》、《三镇兵守议》、《平交纪略》和《思德堂集》，等。其中，翁万达好友兼亲家邹守愚将关于他所写的序、碑、记、议、论、说、疏、书、传、墓表、墓志铭、祭文编定为《东涯集》，凡17卷。其中篇幅最大的是奏疏，有10卷之多。《东涯集》最初的刻本为嘉靖乙卯邹刻本，此后多次重刻。另，据饶锷在《潮州艺文志》中所说，上述《总督奏议》、《三镇兵守议》二议，在明代时还有单行本。

1992年，上海古籍出版社曾出版有吴奎信、朱仲玉整理的《翁万达集》，该书结集了有现存可见的大部分翁万达各时期的作品，为研究翁万达的重要资料。

翁万达四岁时随父亲翁玉出海打鱼为生。翁万达，天天缠着要跟父亲去打鱼。传说，海中鱼虾将翁万达看成是白毛老虎，互相呼喊着逃开了。他父亲网网落空，只好返航。自此，凡是带翁万达跟着出海便打不到鱼；反之则鱼虾满载。翁玉终于得出晦气来自儿子的结论。

某次，父亲翁玉见翁万达不在，遂上船出海。正要下网，忽见船舱里钻出万达来。翁玉一时气急，顺势将翁万达抛进大海，随后后悔不迭，以为以致溺死亲子，不由眼泪直流。悲哀回家里，却见翁万达在床上睡觉。传说，翁万达掉进大海之后，南海龙王知道他是天上“白虎星”再世，日后要为明朝建功立业，便急命几名虾兵蟹将，护送“白虎星”回家。翁玉只认为是神明保佑，大难不死，必成大器。从此，便不再翁万达将当成晦气。

明世宗朱厚熜笃信道教，终日炼丹服药，某晚，正在品尝长生不老药间，突后官起火。朱厚熜闻报大惊，就在这时，浓烟滚滚、火光冲天忽闻空中有人大喊道：“兄皇勿忧，为弟来救驾。”朱厚熜闻声，见空中来者是关羽，朱厚熜觉得奇怪，遂问：“云长称朕为皇兄，莫非我是刘备再世，那三弟张飞在何处。”关羽答道：“三弟张飞，就是前三边总督翁万达。”朱厚熜一听，心头不禁一惊。关羽接着说：“即是翁万达贤。”说罢便腾云而去。朱厚熜听了关羽的这席话，很是后悔，连夜命一位大臣为钦差，即时奔赴揭阳宣召已被罢官的翁万达回京升用谁知这时翁万达正与友人在福建游山玩水解闷，不想骤染急病，背发大疽，不幸中途死在船中。当钦差带圣旨跨进揭阳蓬州所城尚书府大门时，翁万达已归天六日了。

传说，翁万达更有一事，亦为乡人所传诵者，顺及之。盖万达与潮州状元林大钦原为中表。当其为新进士时，一日与林大钦到翰林院参观，大钦谓：“尚有人询汝现居何官，但说是举人可也。”万达颇感奇怪，自思：明明为进士，如何以举人对。心甚不然。而不钦之意：以为进士未入翰苑，恐势利之人不加敬重；而举人还得再考，前程未可限量，故诸翰林不敢轻蔑耳。两人一进翰林院，众人见其与状元同来，皆礼而迎之。其时果有人询其官职，万达以“进士”对。其人一听顿现蔑视之态，背后并对诸翰林曰：“吾以为是何大官员，原来一个小小进士耳，劳动我等迎接。”适为万达听见，一时怒不可遏，乃曰：“海水虽阔，船头有时相撞。”不料其人曰：“撞是撞，但汝不得撞到翰林院。”万达一听，更为愤怒，即刻离座而去。迨后万达统军征摇，奏请诸翰林为押粮官，藉故一一杀之。此虽传说，却可为势利而蔑人者诫。事或未可全信，然而妄言妄听可也。

翁万达少年时在桑浦山龙泉岩一个幽僻去处读书，往返该处需要涉水过小沟。某天清晨，不知谁人搬来“土地之神”字样的石碑在沟中垫脚，翁万达不慎被碰鲜血。遂骂石碑道：“土地神，我贬你到北口外充军喝西北风去。”并把脚朝石碑一踢，据说这块石碑顿时飞去无踪。

后，翁万达成边塞重臣。某夜，一位白发苍苍的老兵忽进军帐，跪倒说道：“老朽本是广东潮州府揭阳县桑浦山土地神，三十多年前在龙泉岩坑沟被大人踢了一脚，贬到北口外充军，现请求解除军籍，复回桑浦山。”翁方达应允了，但提出：“你是土地之神，老虎属你管，你得派一只猛虎来替本总督擎旗打先锋，为国杀敌。”老兵（土地神）随即立即唤来一只老虎听总督差遣。从此，翁万达打仗时，总有猛虎擎旗打先锋。

关于翁万达罢官、起复以至逝于旅途各节，其莆田姻亲邹守愚所撰《翁公万达行状》及其《墓志铭》（薛应脐撰）、《神道碑》（王锡爵撰）、《明史》等都说得十分清楚。后人无端生造出如翁万达错斩十八翰林，惧帝加罪，藏于棺内，终至在三河坝遇暴雨被沙土堵住气孔，活活闷死于棺木之中等故事，只是传说而已。

翁万达墓位于梅州市大浦三河坝汇城虎星山，建于1551年，座西向东，占地面积2400平方米。于1957年开山造田时被毁坏，1986年由旅泰华侨陈宾出资重建。墓碑有“明赐进士出身资政大夫兵部尚书赐太子少保谥襄敏崇祀名宦乡贤东崖翁公墓”，墓前左右对称竖有石翁仲、石马、石虎、石羊，寓意千里扬威，是封建时代皇帝诏封有军功的大臣将士的一种殊荣。这些石像雕刻精美，是不可多得的石雕艺术品，但石翁仲的头部被不法分子盗走，其后人依照原造型做了修补。墓左是新建的翁衙书屋，内陈列翁万达生平事迹，墓右侧建有一凉亭，供游人歇息。

从墓前可见韩江、梅江和汀江蜿蜒流过，据说古代顺流而下的船只至此因江流曲折，不能扬帆而象下旗致哀，逆流而上的船只因水流喘急，船工要府身船舷奋力撑篙而象匍匐跪行，而夜间因三段水域都有船只灯火，故此墓人称“日受千夫拜，夜观万盏灯”。