1914年（一说1915年），23岁的翁俊明从台北医学院毕业，到马偕医院实习，很快就升任外科医长。他仍常与同志共同活动。这时，孙中山正在策动再次讨袁。他和在台同志将2600元捐款交王传薪赴广州，仍未果，只好将这笔钱用在台湾为祖国宣传设书坊之经费。

1914年，罗福星受绞刑；次年爆发“西来庵事件”，株连甚广，许多民众被屠杀，数以万计。翁俊明等警觉，革命事更难，于是决心回祖国。他带着新婚妻子，回到厦门，于山仔顶开设“俊明医院”，不久王传薪也到厦门。

这时，日本在厦门有领事馆，常将在台湾的大批流氓送来此地惹是非，想将厦门弄得跟台湾一样成为殖民地。

翁俊明与王传薪特为此居中调解，免除台湾不良分子与厦门人之纷争。

1917至1920年，翁俊明除行医之外，致力中药西化研究，以科学方法研究汉药，他甚至发明了香原油（1920年）。

1921年，翁俊明任浙江樟脑总局局长，趁赴日工作之便，资助台湾旅日抗日志士。

翁俊明在日本一个月，讲学阐扬“神农本草”的精义，及分析“当归”等汉药之心得。日本学术界想赠予博士学位，他坚辞不受。回国后，他制造香原油，广为流传，甚受欢迎。对台湾志士之金援，源源不绝。

1925年，翁俊明转赴上海设俊明医院，一方面继续他的化工事业，并创办了中华医事专科学校，为中国医药史上名校之一。他又经营书局、船务，为革命事业筹款。

1927年，国民革命军北伐。翁俊明在化学上致力，和杜聪明始终互有联系。虽然两人研究方向不一样，但都以人类有益为职志，对台湾光复事也抱着同样的志业。台湾这时许多同志办《台湾民报》，各处奔走演讲，翁俊明都一再资助。

1930年，翁俊明在厦门创办中华医学校。1933年，又创办厦门美术学校，始终不懈支持台湾抗日志士。

1937年，全民族抗战爆发，翁俊明撤退至香港。1939年主动联系国民党中央组织部港澳支部，为统一台湾抗日革命力量尽力。翁俊明以“打倒倭寇，收复台湾，归宗祖国，还我自由”为信念，以行医掩护对敌工作，吸收台湾志士在港秘密组织“健行社”、“思宗会”，甚至到上海、南京、华北等沦陷区设点。也到四川与留渝台湾志士刘启光、林忠、李万居、宋斐如、郭天乙等接触。

1940年9月，翁俊明被任命为国民党台湾党部筹备主任，积极于香港、澳门、厦门、上海展开工作。

由于沿海为沧陷区，最初1942年台湾党部设于广东韶关，为训练基地。12月训练班结束，学生60人毕业，分散各地展开工作。

台湾革命同盟会，最初为主席团制，谢南光、李友邦、张邦杰3人为主席。第二届取消，改为常务委员，各地设分会。李友邦于金华、闽南、闽西；谢南光于福建崇安，另有于柯台山、陈友钦、刘启光、蒋渭水等参加。

这时台湾革命同盟总部设于福建漳州，翁俊明为执行委员会主任委员，林忠、郭天乙、丘念台、谢东闵为委员。有完整的内部组织，开始沦陷区组训工作。这时，已吸收台籍党员689名。组织隶属国民党中央组织部台湾党部。翁俊明眼见胜利可期，先增设台湾建设设计委员会，在各地区设宣传队，并刊印刊物。组织分布很广，除了福建、曲江、广州、汕头、厦门、上海，甚至包括西南川、青、黔、桂地区。各地都有抗日志士，不畏苦难，风尘仆仆各处奔波，联络台胞。

此时日军由于在太平洋、南洋、中国大陆各地，恣意扩张侵略，已成强弩之末，败相日显。国际间却冒出“战后共管台湾论”。台湾革命同盟会为纪念马关条约签约48周年，于1943年4月17日特别发表宣言驳斥国际谬论。这一年11月21日至28日，举行第二次代表大会。会期中欣闻中、美、英开罗会议决定“台湾战后归还中国”，即致电蒋介石同表振奋。

翁俊明正期待抗战接近尾声，台湾光复指日可待，1943年11月18日却被下毒身亡，时年52岁。身后，家无长物，十分萧条，同志设法为之下葬。

翁俊明一生致力于反抗日本的殖民统治，最后不幸为日本殖民者所害（中国新闻网评）。

翁俊明的老同学、老战友杜聪明在84岁时为翁俊明赋诗，最后一句“立功立德永勋业”正是对他一生作的最佳批注。