乾隆三年（1738年），他带头捐俸，购陆深旧宅东隅之地建立启蒙书院，培育幼童。乾隆十年、十一年，翁藻任江苏按府又曾驻上海。闲暇时常喜爱召集沪地诸生，讲释经书，丹黄文艺。他有志于研究学问，教书育人，积极筹措创建书院，不久调江西，计划暂时作罢。

乾隆十二年（1747年），翁藻又调任江苏，第二年与知县王健共议，将康熙年间籍入官产的原西人潘国光寓所（明潘恩世春堂旧址）修缮一新，改建为讲堂斋舍，名申江书院，为当时上海一重要讲学之所。翁藻延请兵部右侍郎衔凌如焕掌教，任第一任院长，并聘淡起行等执教，使读书子弟除以举为主外，兼学实用的学术。学院为朝廷培养了一批有用之材，如文史学家陆锡熊，乾嘉江南七子中的赵文哲、黄文莲等。