耀仙木科的学名Stilbaceae由模式属耀仙木属学名Stilbe的复合形式Stilb-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“耀仙木属”中的专名“耀仙木”加上“科”字构成。除归并入本科的挂钟树科等科之外，其他单纯的中文别名有密穗科、密穗草科、细密叶科等，详见耀仙木属条目的“词源”一节。