道光十年，出生在苏溪村一个先世藏书较多兼设书肆的家庭。自幼爱书嗜读，道光二十二年（1842），因捐纳海疆经费得叙国子监典籍。十六岁后因家藏书籍不敷阅读，不惜重金购买书籍。咸丰三年（1853），因捐纳本省军需升叙国子监典簿。咸丰六年（1856）举秀才。同治二年（1863）中壬戌科举人。至同治四年（1870）时，家中藏书总量达八万余卷，筑藏书楼一座，名为“万卷精华楼”。“万卷精华楼”藏经、史、子、集四部共四16类，达8万余卷，宋元精本有40多种，明版书最多。晚年恐其散佚，遂编著为《万卷精华楼藏书丛书》146卷和《苏溪渔隐读书谱》4卷。后多次赴京会试，因屡试不第，遂闭门整理藏书，编辑目录。先将家藏善本书“删芜录要，据书修目”，成《仁静堂书目》八卷。同治九年（1870）起，编著《目录学》一书，历时三载，成书二十卷，刊印九卷。耿文光兼通医道，治病不论贫富，有请必赴，广施药物，医治贫民。秉性好善乐施，曾多次捐银赈灾。光绪三年（1877）山西大旱，捐钱四百五十吊（合白银四百五十两），广济灾民。光绪五年（1879），开始编著《万卷精华楼藏书丛记》，简称《精华书目》，九历寒暑，四易其稿，终成一百四十六卷，分经、史、子、集四部四十五类，著录书籍2266种，达二百余万字。为继《四库全书总目提要》之后第一部大型综合性提要式书目。光绪十四年（1888），又编订《紫玉函书目》。光绪十五年（1889）以大挑二等，选委平遥县学训导。编著《苕溪渔隐读书语》，以相近年谱之形式，记述自己生平读书著述的经历与体会。所编各书合称《耿氏丛书》，计五种。