肇源镇境内地势平坦，东部地势较高，有丘陵；南部临松花江，多为江湾低洼地带；多泡泊、河川。

肇源镇属温带季风气候，冬季寒冷干燥；夏季由于太阳照射角度的增大，升温较快，降雨集中，光照时间长，雨热同季，加上受东南季风影响，气候温和、湿润；春季多偏南大风，降水较少，易出现旱情；秋季降温急剧，常有早霜危害。

肇源镇境内河道属松花江水系，有大小河流8条，长10.3千米，流域面积89.7平方千米，占全县总流域面积的0.43%。

肇源镇矿藏主要是石油和天然气，储量丰富；沿江有中砂，年可采量300万吨；有野生动物40余种，主要有东方白鹳、金雕、白鹤、丹顶鹤和大鸨等；药用植物有防风、甘草、柴胡等100余种。

2011年末，肇源镇辖区总人口24548人，总人口中，男性13084人，占53.3%；女性11464人，占46.7%；总人口中，以汉族为主，达22518人，占92%；有朝鲜、蒙古、回等20个少数民族，共2030人，占8%；2011年，人口出生率3.5‰，人口死亡率2‰，人口自然增长率1.5‰。

2017年，肇源镇总人口20631人。

2018年，肇源镇户籍人口23327人。

2011年，肇源镇农业总产值2.2亿元，农业耕地面积17.1万亩，人均6.9亩；粮食作物以玉米、水稻、大豆为主，经济作物为棚室果蔬；2011年，粮食总产量10.3万吨，棚室果蔬产量180万吨。

2011年，肇源镇财政总收入783万元，比上年增长14%；其中地方财政收入120万元，比上年增长12%；年末，金融机构各类存款余额1.2亿元。

2018年，肇源镇有工业企业8个，其中规模以上8个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市13个。

2011年末，肇源镇有文化站1个，村文化活动中心10个；农家书屋10个，图书室1个，藏书4万余册；有业余摄影、书法、美术及文学业余创作队伍成员180人；10个村小学均建有环形跑道，50%的村安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的38%；1966年建广播站，广播入户率100%，1994年有线电视用户入户，2011年末，有线电视用户6305户，入户率100%。

2011年，肇源镇有财政预算内教育经费98万元，比上年增长8%；预算内教育经费（包括城市教育费附加）占财政总支出的比例为9.8%，比上年提高了5个百分点。

2011年末，肇源镇有医院1个，病床25张，专业卫生人员35人，其中执业医师5人，执业助理医师10人，注册护士6人，新型农村合作医疗参合率100%。

2011年，肇源镇有农村最低生活保障户数730户，人数900人，支出123.1万元，比上年增长15%，月人均114元，比上年增长15%；农村五保集中供养93人，支出35.8万元，比上年增长10%；国家抚恤、补助各类优抚对象64人，抚恤事业费支出38.4万元，比上年增长9%；社会福利费10万元，比上年增长4%；年末参加新型农村养老保险7800人，参合率32%。

2011年末，肇源镇有移动、电信、联通信号塔10座，移动联通收费网点20余个，固定电话用户2361户，电话用户普及率30%；移动电话用户近万户，移动电话普及率90%；宽带接入用户1187户。

2011年，肇源镇境内有大广高速公路、明沈国道、林肇路过境；公路运输有通往市区、省城、肇东、松原，安达等线路；年客运总量2万人次，货运总量800万吨。