正常肠道粘膜屏障由机械屏障、化学屏障、免疫屏障与生物屏障共同构成。机械屏障是指完整的彼此紧密连接的肠粘膜上皮结构；肠粘膜屏障以机械屏障最为重要，其结构基础为完整的肠粘膜上皮细胞以及上皮细胞间的紧密连接。正常情况下肠粘膜上皮细胞、细胞间紧密连接与菌膜三者构成肠道的机械屏障，能有效阻止细菌及内毒素等有害物质透过肠粘膜进入血液。化学屏障由肠粘膜上皮分泌的粘液、消化液及肠腔内正常寄生菌产生的抑菌物质构成。免疫屏障由肠粘膜淋巴组织（包括肠系膜淋巴结、肝脏Kupper细胞）和肠道内浆细胞分泌型抗体(sIgA)构成。在胃肠粘膜中，25%为淋巴组织，它们通过细胞免疫和体液免疫作用，以防止致病性抗原对肌体的伤害。由肠道相关淋巴组织（GALT）产生的特异性分泌型免疫球蛋白（S-IgA）进入肠道能选择性地包被革兰氏阴性菌，形成抗原抗体复合物，阻碍细菌与上皮细胞受体相结合，同时刺激肠道粘液分泌并加速粘液层的流动，可有效地阻止细菌对肠粘膜的粘附。在创伤、感染、休克等应激状态下，GALT呈现选择性的抑制状态，S-IgA分泌减少，增加了细菌粘附机会进而发生易位。生物屏障即对外来菌株有定植抵抗作用的肠内正常寄生菌群。肠道常驻菌与宿主的微空间结构形成了一个相互依赖又相互作用的微生态系统。在通常情况下，肠道内微生物群构成一个对抗病原体的重要的保护屏障。当这个微生态菌群的稳定性遭到破坏后，肠道定植抵抗力大为降低，可导致肠道中潜在性病原体 (包括条件致病菌)的定植和入侵。