1604年和1605年萨缪尔·德·尚普兰考察过肯尼贝克河。1607年英国在新英格兰设立的第一个殖民点位于其河口。英国殖民者在北美洲建造的第一艘海船是在肯尼贝克河上下水的。

从那时起至今数百条木制的和钢铁的船只在肯尼贝克河上，尤其被被誉为“船城”的巴斯，下水。今天在肯尼贝克河上唯一还存在的造船厂是为美国海军造船的巴斯钢铁。

在工业化之前肯尼贝克河内有许多洄游鱼类，尤其是大西洋鲑。但是水力发电站的建造缩短了这些鱼的洄游路程。近年来就是否拆除这些大坝的问题在当地有很多争议。1999年爱德华兹水坝被拆除后河内的洄游活动明显增长。

肯尼贝克河流域的总面积为15,200平方公里，出口的平均年排水量近200亿升，平均流量为每秒258立方米。美国政府在肯尼贝克河上维持三个闸口。