2013年1月，全国联盟党与联合共和党等结成朱比利联盟，肯雅塔作为该联盟总统候选人参选并赢得大选，成为肯尼亚第四任总统。

2013年11月28日宣誓就职。

2017年10月，乌胡鲁·肯雅塔以朱比利党总统候选人身份参选并当选连任，11月28日宣誓就职。

2021年2月27日，当选为东共体新任轮值主席。

2020年1月14日，肯尼亚总统肯雅塔在肯海港城市蒙巴萨宣布启动内阁改组，1名部长被免职，有2人新任政府部长，另有多名部长职位发生变动。

肯雅塔表示，未来政府工作重点将是增加农业收入、做好自然灾害的灾后恢复重建、打击腐败等，改组内阁是为了实现上述目标、完善政府服务。

2018年11月5日至10日，应中国国家主席习近平邀请，乌胡鲁·肯雅塔出席首届中国国际进口博览会。

2020年12月15日，肯尼亚总统肯雅塔在首都内罗毕会见了美军非洲司令部司令斯蒂芬·汤森。双方讨论了加强军事合作，但是双方并未有透露会谈的具体内容。

2021年7月2日，乌胡鲁·肯雅塔前往赞比亚首都卢萨卡，参加赞比亚前总统卡翁达的悼念仪式。

2021年10月14日，肯雅塔在白宫同美国总统约瑟夫·拜登举行会晤，双方就“努力捍卫民主和人权、促进和平与安全、加速经济增长以及应对气候变化”等话题进行讨论。

2021年11月14日，肯雅塔对埃塞俄比亚进行了为期不到一天的“闪电式访问”，以寻求在埃塞实现停火。肯雅塔当天与埃塞俄比亚总理阿比·艾哈迈德·阿里、总统萨赫勒-沃克·祖德，以及其他政界代表举行了会谈。

2022年1月6日，肯雅塔在蒙巴萨会见应邀访肯的中国国务委员兼外长王毅。

2012年，国际刑事法院以谋杀、强行驱逐、迫害等反人类罪名起诉肯雅塔和副总统威廉·鲁托，称其涉嫌制造2007年底到2008年初大选后发生的全国性暴力事件。该暴力事件导致1000多人死亡、约35万人无家可归。

2014年10月8日，肯雅塔以个人身份出席在荷兰海牙举行的针对其指控的听证会，成为世界上首位在国际刑事法院应诉的在任总统。刑事法院（ICC）以反人类罪名起诉肯雅塔，怀疑其参与制造2007年至2008年的肯尼亚危机，造成约1000多人死亡、数十万人流离失所。

2014年12月5号，设在荷兰海牙的国际刑事法院以缺少证据为由宣布撤销对肯尼亚总统乌胡鲁·肯雅塔的反人类罪指控。肯雅塔于12月7日在肯尼亚首都内罗毕发表讲话，为国际刑事法院撤销对自己的指控感到“高兴”，表示希望针对他副手的指控也早日撤销。

2016年8月27日—28日，在肯尼亚首都内罗毕举办的由日本主导的第六届非洲开发会议（TICAD）上，主持会议的肯尼亚总统肯雅塔当着日本首相安倍晋三的面误将“日本”说成“中国”。

2020年4月25日，肯尼亚总统肯雅塔在电视讲话中公开回应：英国科学家研究的疫苗要在肯尼亚试验是假消息。

稍早前，BBC记者报道称，牛津大学的科学家正在研究一种疫苗，如果他们在英国未获得早期快速结果，将在肯尼亚进行尝试。相关报道在肯尼亚引发舆论风暴，人们在社交媒体上痛斥这种行为。

2021年2月27日，肯雅塔出席了东非共同体首脑峰会，此次会议以线上的形式召开，这也是东共体首次以虚拟模式举办峰会。当天，肯雅塔在会上当选为东共体新任轮值主席。他表示将专注于加强与周边国家的伙伴关系，以增强东非共同体内部联系，并确保可持续地执行区域内的项目和计划。

2021年12月22日—23日，肯雅塔在中国驻肯尼亚大使周平剑的陪同下，先后视察中资企业投资建设的内罗毕环球贸易中心和机场进城快速路项目。

当地时间2022年1月6日，肯尼亚总统肯雅塔在蒙巴萨会见应邀访肯的国务委员兼外长王毅。