胡惟庸当了丞相后，飞扬跋扈，独掌生杀大权。他竟敢拆阅呈给皇帝的奏折，径自处理，对不利自己的奏折隐匿不报；他还时常不奏报朱元璋，独断专行官员的生杀升黜大事。他还在朝廷中不断培植私人势力，并拉拢军界。功臣吉安侯陆仲亨和平渡侯费聚，都因受到朱元璋的谴责，与胡惟庸密相往还，胡惟庸又和御史大夫陈宁结为死党，于是他的门下出现了一个文臣武将齐集的小集团。朱元璋为此深感不安，皇权与相权产生了激烈的冲突。

洪武十三年（1380），朱元璋以“擅权枉法”的罪状杀了胡惟庸，屠灭三族，连坐其党羽，诛戮了一万五千多人。以后又几兴大狱，使“胡惟庸狱”不断牵连扩大，到洪武二十三年（1390），功臣太师李善长等人也以与胡惟庸“交通谋反”被赐死，自缢，家属七十余人全部被杀。著名儒臣、文学家宋濂只因受孙子连累，全家被贬到四川，他也病死于途中。此案延续了10年之久，前后被杀的几十家王公贵族，共30000多人。朱元璋兴犹未已，亲自罗列被杀诸臣的罪状，作《奸党录》，布告天下。

蓝玉，濠州定远（今属安徽）人，开平王常遇春的妻弟。洪武十四年封永昌侯。二十年拜为大将军，屯蓟州。洪武二十一年（1388），蓝玉率大军十五万出塞追击蒙古军队，直至捕鱼儿海，俘获七万七千余人，大胜而回。因其战功赫赫，被封为凉国公。但蓝玉为人骄横，霸占民田、广蓄庄奴，有许多义子仗势欺人，且总兵多年，麾下骁将十数人，威望很高。他还私自占有了元朝皇帝的妃子（这是一种大逆的事情）。北征以后更甚，曾天晚回师夜经喜峰关，城门不开，遂毁关而入。他与冯胜、傅友德，这两个大将一起去征云南，回来以后，他们两个人都被封为太师，蓝玉自己被封为太傅，蓝玉为此常有怨言，又有次他大言道：“我不能当太师吗？”，蓝玉不甘心居于冯胜和傅友德之下，于是上奏皇帝请求封自己为太师，皇帝不答应，蓝玉害怕了，悄悄告诉自己的亲信道：“皇帝这是在怀疑我了。”于是蓝玉谋反。这时候，鹤庆侯张翼、普定侯陈桓、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、都督黄恪、吏部尚书詹徽、侍郎傅友文和各武臣曾经都当过蓝玉的部将，蓝玉于是派遣自己的亲信集结他们，在凌晨聚在宅子里谋议，集合士兵和各家的家奴，等到时机一到，即可造反。已经约定好了，但被锦衣卫指挥将领蒋献控告蓝玉“谋反”，皇帝命令群臣搜寻证据，证据确凿，蓝玉后被处以磔刑，夷其三族。不但蓝玉全家被杀，受此案株连被杀的高官，仅列入《逆臣录》的就有一公，十三侯，二伯，25000人。

该案与胡惟庸案合称为胡蓝之狱，两案受株连被杀者有45000 余人。同年九月，皇帝下诏书：“胡惟庸、蓝玉的党羽，除了已经被官府捉拿，其他没有被发现的，就不追究他们的责任了。”

而在“胡蓝之狱”后，明太祖意尚未足，过了年余，颍国公傅友德，奏请给怀远田千亩，非但不准，反将他赐死。定远侯王弼，居家叹道：“皇上春秋日高，喜怒不测，我辈恐无噍类了。”为这一语，又奉诏赐死。宋国公冯胜，在府第外筑稻场，埋甔地下，架板为廊，加以碌碡，取有鞺鞳声，走马为乐。有怨家入告明太祖，讦胜家居不法，稻场下密藏兵器，意图谋变云云。明太祖遂召胜入，赐酒食慰谕道：“卿可安心！悠悠众口，朕何至无端轻信？”言下，甚是欢颜。胜以为无虞，尽量宴饮，谁知饮毕还第，即于是夜暴病，害得七孔流血，数刻即亡。

总计明朝开国功臣，武将只有徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人，保全身名，死皆封王。但徐、常、李、邓四公，都死在胡蓝党狱以前，沐英留镇云南，在外无事，得以考终。汤和聪明，见明太祖疑忌功臣，便告老还乡，绝口不谈国事，所以享年七十岁。

纵观“胡蓝之狱”，不难发现，大抵属于“冤案”。对于胡惟庸一案，史学家吴晗有一个著名的文章叫《胡惟庸档案考》，认定胡惟庸案是一个冤案。云奇这个人告变子虚乌有，从清朝就说没有这个事，叫“凿空说鬼”。倘若说胡惟庸家里刀枪林立，能登上城墙就能看得见吗？况且如此大事，他又焉能如此大意。胡惟庸究竟为什么而死，《明史》记载，他受到朱元璋的宠爱好几年，自己一个人独揽丞相大权，随便提拔人和处罚人，很多人奔走于他的门下，给他送的金银财宝，不计其数。有的时候，很多事情他不让皇帝知道。

朱元璋处死了胡惟庸，而且决定从此不再设立丞相。那胡案与宰相制度又有什么内在联系呢？实际上，朱元璋对于胡惟庸最恨的就是他的专权。早在洪武十一年，朱元璋就已经采取了措施，他曾下旨，以后再上奏书，不许再关白中书省。因为在此之前，凡是各地的奏章送给皇帝都要关白中书省，即给皇帝报告有一份，同时要给中书省丞相送一份。这引起了希望独揽大权的朱元璋的强烈不满。于是，就有了洪武十三年借机除掉胡惟庸的事。但除掉胡惟庸只是手段，目的则是要撤消丞相制度。并且将撤消丞相制度这件事写到《祖训》里头，说，以后不许立丞相，如果有建议立丞相的人，一定要严惩六部，在丞相撤消以后，直接对皇帝负责。六个部，没有一个丞相在从中有一层管理系统，直接对皇帝负责。和废除丞相制度同时，朱元璋下令解散原来的大都督府，把大都督府改变为五军都督府，中、左、右、前、后，五军都督府。一个大都督统领天下兵马，权力太大，我把它变成五个都督，一个要造反，还有四个可以制约。胡惟庸案的结果是废除了丞相制度。丞相制度在中国历史上延续久远，中书省撤消以后，就改变了中国将近2000年的丞相制度。明、清两朝没有丞相，而所谓的“宰相”也只是有宰相之名而无宰相之实的空名而已。

再说蓝玉一案，众多的高级将领束手待擒，毫无反抗的余地，如果他们是有密谋，串联好的，或者早想造反，不可能如此束手待擒。造反是假，要除掉这些悍将是真。洪武末年，很多公、侯全已经杀，没有人再带兵打仗了，这个蓝玉是朝廷倚重的对象，为什么朱元璋到了晚年了还要杀掉蓝玉？这牵扯到洪武二十五年四月二十五，太子朱标的去世。在“家天下”的封建王朝中，朱元璋打天下，而坐天下的则是自己的子嗣后代。太子一死，皇太孙要继承皇位，面对的将是一群如狼似虎的骄兵悍将，所以他必须要给将来的小皇帝铺平道路。所以蓝玉必死。

但封建社会皇帝的圣旨就是法律，皇帝钦点则没有“冤案”。

朱元璋是中国封建社会惟一贫民出身的皇帝。称帝前，朱元璋和他那帮出生入死的朋友们，不分彼此，平起平坐；称帝后，政体却要求把朱元璋神圣化，这些人突然之间要在朱元璋面前拜倒称臣，这种巨变，他们不适应。另外，他们在平定天下后成为新贵，占有大量的良田美宅，政治上经济上都极力扩张，与朱元璋的统治集团的利益不可避免地发生尖锐冲突。朱元璋屡兴大狱，其根本目的是为了巩固自己的统治，绝不是简单地处置几个不忠的大臣。

朱元璋从一个贫穷百姓一跃跻身于帝王之列，其弱子幼孙能否坐稳江山，是他考虑得最多的问题。当他大开杀戒时，文弱儒雅的太子朱标曾劝谏他不要滥杀无辜，以免伤了君臣和气。他当时没有作声。第二天，他把一根棘杖丢在地上，让朱标去检。朱标看到上面都是刺，面露难色。这时，朱元璋拿起棘杖，用利剑削去上面的刺，交给朱标说：“你怕刺不敢拿，我替你把这些刺削掉，再交给你岂不更好！我杀的都是奸恶之人，把内部整顿好了，你才能当个家。”所以说，朱元璋兴起大狱的直接目的则是为后继之君计，防止文臣武将专权，扫清子嗣统治的政治障碍。其收权立威的方式虽与汉高祖刘邦、宋太祖赵匡胤不同，但性质无异。

胡惟庸案和蓝玉案，和重典治国、对贪官污吏的杀戮和惩治是两个概念，两个问题。前者是为了集权，后者是为了澄清吏治，整治官僚队伍。但是两种类型的案子，都使用了非常残暴的手段，这反映了朱元璋治国的一个特点。朱元璋对于这些个功臣，这些开国元勋的杀戮，要远远严酷于当年的汉高祖。朱元璋实行重典治国，他一严惩贪官污吏，第二实行集权，它的结果可以归纳为几条：第一，他建立了纲纪，整顿了官僚队伍，实现了政令通达，建设了一个有效率的政府。第二，他改变了元朝以来的混乱秩序，使老百姓得到了休息，使明初的经济得到了恢复和比较大的发展。第三，他留下了一套专制制度，这个制度帮助朱家皇朝维持了277年的统治。

洪武十三年，胡惟庸用谎言称自己家中的井出现了甘泉，于是请朱元璋到家里来观看朱元璋答应了。朱元璋驾出皇宫，到皇宫附近的胡惟庸家去。忽然路上有一个人，骑着马冲过来了，拦住车驾，说不出话来。卫士遂把他抓到地上打，把那人胳膊都打断了，胳膊还指着胡惟庸的家。朱元璋感到有问题，一定是那儿发生了对我不利的情况。于是朱元璋登上城墙，看到胡惟庸家里刀槊林立。这个被打的人叫做“云奇”，这就是所谓的“云奇告变”。