光绪三年（1877年）丁丑科三甲进士。其世祖胡文静为明代进士，官至光禄卿，赠都御史，祖、父皆仕清廷。乾隆时名满天下的大诗人“稚威先生”胡天游，即其叔高祖。胡薇元中进士后，出任广西天河知县，后改官四川宁远西昌，调重庆涪陵。光绪廿六年（1900年）后调陕西，后任陕西兴安（今安康）、凤翔、同州（今大荔）知府等，“一岁而遍历三辅，古无是也。循声满关中”。辛亥（1911年）后，被革命党拘禁二十多日，为满清守臣节不屈，作绝命诗明志。放归后潜蜀中，居前贤百梅亭旧宅，自称“百梅亭长”，有《壶庵五种曲》、《梦痕馆诗话》、《岁寒居词话》及影响巨大的《公法导源》等多部著作传世。他晚年定居、著述、讲学于四川犍为（今四川犍为），该地即《蜀都赋》“西逾金堤，东越玉津”一句中所言之“玉津”，故胡氏书房名曰“玉津阁”，文集亦以此名之，胡薇元暮岁久居巴蜀，为各界所尊崇，大抵卒于1920年前后。