大豆蛋白酶抑制剂主要具有抑制蛋白酶、胰凝乳蛋白酶对蛋白质的分解作用。并对肠道产生直接的刺激导致食用者出现中毒反应。蛋白酶抑制剂还可以降低蛋白质的利用率，影响人体对蛋白质的消化吸收，甚至导致胰脏肿大和抑制食用者的生长发育。