中枢神经系统脑囊虫占囊虫病的80%，囊虫可寄居于大脑实质内、脑室内、蛛网膜下腔等部位，引起癫痫、颅内压增高等临床症状。脑囊虫分为：脑实质型、脑室型、蛛网膜下腔型和混合型四种。

脑实质内囊虫占脑囊虫的大多数，囊虫寄居在白质与灰质交界处，少数可在白质深部或软膜下，呈弥散型或单发。此类囊虫以癫痫发作为主要症状，少数病例囊虫集聚成团，或形成囊性占位或硬膜下腔积液。CT是诊断脑实质内囊虫的最佳影像技术，平扫结合对比剂增强，再结合病史和血清学检查，多可在术前确诊。CT平扫单发囊虫为圆形或椭圆形低密度区，增强扫描呈环状增强伴周围水肿带，有时可见到高密度头节。多发脑实质囊虫数目不一，由几个、几十个到几百个甚至更多。CT平扫呈多结节状低密度影，或略高密度灶，增强扫描则为多发环形或结节状增强灶。囊虫死亡后虫体钙化，CT平扫可以看到多个点状钙化影。MRI对脑实质囊虫显示率高，T1加权像呈2～8mm大小的囊状低信号，囊内常见小点状影（头节）附在一侧囊壁上。T2加权像可见到囊壁及周围的水肿带，但确定钙化不如CT。