更新时间：2023-08-30 21:22
自治同盟是第三象限主要的星际国家，拥有长达几千年的历史，是个多种族的政权，服从于来自创建Founders（也就是变形人）的绝对统治。自治同盟致力于“给宇宙带来秩序”，高压控制着所有的成员国。
自治同盟的早期历史被记录在变形人Great Link中，以创建者的早期历史为开端。几千年前，变形人在星际游荡来发现了解其他的种族，增加他们关于银河系的知识。可是，无论变形人走到哪，他们总是被周围的人猜疑，仇恨，嫉妒。固体人们害怕变形人变形能力，拷打，追捕甚至猎杀他们，将变形人赶上绝路，只有好心的沃塔人（Vorta）收留了他们。
变形人被迫撤退到到Omarion星云的一颗流浪行星上，韬光养晦，最终成功的征服了周围的世界，再也不会受到固体人的支配。同时，他们送走了100位变形人婴儿来继续他们的探索，DS9的变形人治安官Odo就是他们其中的一位。
随着贝久虫洞的发现，第一象限和第三象限的贸易往来愈发频繁。最早是佛瑞吉(Ferengi)在商旅中打听到自治同盟的存在，很快佛瑞吉便与Karemma自治同盟成员之一有了直接的贸易往来。本杰明上校在假期野营时遭到自治同盟劫持，自治同盟从此便展开了长期计划，扰乱了第一象限的政治结构，瓦解了卡达西，乘机接管了他。随着自治同盟在卡达西的驻军增加，星际联邦提高了警觉，封锁离了贝久虫洞。自治同盟战争由此全面爆发。
创建者被当做是神，很少与成员接触。詹哈达作为部队的主力，负责巡逻，镇压和对外战争，是创建者基因科技的产物，成长速度极快，寿命也很短，身体机能完全依赖于叫做白药ketracel-white的稀有药品。作为督战和战地指挥官，沃塔负责分配这些药物。沃塔有时也负责指挥和管理，是自治同盟的顶梁柱。而Karemma等一些成员为自治同盟的经济发展提供了动力。
在自治同盟战争期间，自治同盟接纳了一些新成员，如卡达西，布林邦联。他们作为战场上的强大力量，给以联邦为首的联军造成了极大的打击。