在发挥这些机能时，起关键作用的是“免疫系统”。（免疫系统不是一个特定的器官，而是人体内用来“与疾病斗争的体系”）。人在食物中毒、痢疾、感冒发热时大量出汗，痛苦不堪，但终究会康复。人体内不断有癌细胞生成，但并非所有人会患癌症病倒。这是因为人的免疫系统会像保护人身体的军队一样，击退病原体、癌细胞。

发炎反应是身体免疫系统的最前线，当有外物入侵时，会适时适量地释放出二十碳脂肪酸、组织胺等亲发炎物，诱使免疾系统中的巨噬细胞吞食病原体。同时，巨噬细胞会释放出白细胞介素−1的求救讯号，并经由血液循环系统刺激大脑的下视丘，以调升中枢神经系统所设定的体温，这就是身体受感染后的发烧现象。高温能促使免疫B细胞和T细胞的快速增生，同时，巨噬细胞在发烧的情况下，更加活化它的吞食并分解病原体的能力。当体温超过摄氏37度时，病原体在细胞中的增殖受到抑制，因此发烧也可说是保护人体免于病原体入侵的一种机制。由此可知，发烧、炎症、疼痛等不适症状，是免疫、神经、生理系统对病原体入侵所产生的综合性自然治愈反应。

现代医学只强调对症下药：发烧时用退烧药，发炎时用消炎药、止痛药，受感染时用抗生素。这样，患者也许感到暂时好转，可是这种治疗手法只是在抑制症状，但严重地扰乱人体中与生俱来的自然治愈力，只是拖延了疾病治愈的时程而已。当今世界还有一些“另类”的治疗方法被称作替代疗法（或自然疗法），这是指现代正统西方医学以外的一切疗法，包括传统医学（含中、印、中东等的传统医药）、针灸、指压、芳香疗法、辅助疗法或草药疗法、呼吸法（含中国气功）、太极与瑜伽等等。这些古老的医疗方法的作用正在于提升自然治愈力。

现代医学已经证明了人的大脑（神经系统）、免疫系统、内分泌系统三者紧密相关的事实，并称其为“三位一体”现象。即：人体产生不良反应时，脑分泌神经递质，影响内分泌系统（人体中分泌激素的系统）与免疫系统。免疫系统分泌出细胞因子，影响脑与内分泌系统。

免疫系统生成的细胞因子传到脑内，对人心情产生影响。相反，脑分泌的传导物质作用于内分泌系统，改变激素分泌强度，同时传到免疫系统，改变免疫系统机能强弱。免疫系统变弱，人的抵抗力随之变弱，人就容易得病。反之，人的抵抗力增强，可以保持健康或加速康复过程。 人生病主要是感染了外部的病菌、病毒等病原体，产生发烧、呕吐、腹痛、腹泻、肌肉疼痛等症状而生病。也会从身体内部产生癌细胞。癌细胞都来自于正常细胞，本来应该按寿命分裂到60~80次就死亡，但由于遗传因子发生变异，死亡契约被打破，一部分细胞存活下来变成异常细胞，并不断恶性增值，威胁人的生命。

人体通过神经（大脑）—内分泌—免疫而成为一个整体，在三位一体的相互协调共同作用下，保持人体的自然平衡和稳定。人体不断新陈代谢细胞更新产生的“无用垃圾”、细胞分裂的控制错误产生的癌细胞，以及体外侵入的病原体，都会破坏体内环境的平衡。内部产生异物，人体的免疫系统就会而被调动起来，发现那些坏死细胞、DNA及蛋白质生产次品、人体不断产生的异常细胞，并分解和处理它们。外部病原体侵入，人体皮肤就会疼痛肿胀引发炎症，同时产生组胺通知白细胞来消灭病原体。如果是细菌，白细胞中的嗜中性粒细胞会将其吞噬和分解；如果是病毒，白细胞中的巨嗜细胞就会通知淋巴细胞，由其中的B细胞生成叫“抗体”的特殊蛋白质抑制和分解病毒，由其中的T细胞增加毒型细胞消灭感染细胞和病毒。

如果免疫系统不能适度发挥作用（过强和过弱都不行），人就会生病。因此为了避免免疫系统不加区别的攻击所有细胞，促进其更加有效的发挥作用，脑与内分泌系统就必须不断地对他进行调节。当然，如果人为的“干预”或“破坏”了免疫系统正常发挥作用，就会延误治疗或使病情恶化。

人得病后，被发热、发炎、疼痛、拉肚子等一系列症状所折磨。这些症状令人苦不堪言。而现代医学正是在探讨如何最快地消除这些症状的过程中发展起来的。其实这些症状是人疾病恢复必不可少的过程。发烧、炎症、疼痛正是向人体报告敌情、拉向战斗警报，免疫系统在得到报告后才开始消灭敌人的战斗。另外发烧、炎症还有促进血液汇集炎症部位，加快愈合的作用。发烧在抑制病菌繁殖的同时，也促进与疾病斗争的白细胞的增值。然而，现代医学通过药物强行给患者退烧，这样患者一时舒服了，却延误了真正的治疗。

过敏是人体为了排除人体内的动植物中微量物质所产生的反应。这本是免疫系统的正常机能，但机能过于亢奋便引起了过敏性疾病。最有代表性的过敏性疾病有过敏性鼻炎、支气管、哮喘、花粉症。过敏是不能药物根治的疾病，是淋巴细胞对异物的抗原反应，为了将抗原排出体外，通过细胞分泌组胺及前列腺素，从而产生打喷嚏、流鼻涕等反应。使用药物“人为”抑制组胺和前列腺素分泌，只能一时控制症状，不能解决过敏问题。

身体中大多数的蛋白质是用来支撑细胞和器官的，而骨骼、皮肤、肌腱，以至软骨组织等的坚韧度，都是由韧性强而呈纤维状的“胶原蛋白”所提供的。在皮肤深层和肌腱里的“成纤维细胞”，能不断地产生胶原蛋白，使皮肤组织变得更健康，也让肌腱与肌腱间更能紧密地结合在一起。当皮肤受到烫伤或肌腱受到外伤时，“成纤维细胞”会大量分泌胶原蛋白，把受到破坏和断裂的部分重新连接起来，是身体自愈力的一种机制。

身体受到外来病原体入侵时，受到感染的部分首先会引起发炎反应，这是身体因入侵者所发出的警讯，受到感染的细胞会释放出发炎反应物质，发炎反应物质会增加局部血管的通透性，因而产生红肿和疼痛的现象，让血液能大量注入受感染的地方。此外，发炎反应物质可通报中枢神经系统，使白血球能迅速派遣到受感染的部位以消灭入侵者，而嗜中性白血球、巨噬细胞及活化的淋巴球是主要防御细菌、病毒入侵的免疫细胞。

一旦病原体被清除后，发炎反应的讯息随即消除，跟着取而代之的是收拾因病原体入侵所造成的破坏，这就是所谓的“抗发炎”反应。这时，脂肪细胞会适时释放出“抗发炎”的二十碳脂肪酸以修补战场。严格说，发炎反应扮演着敌前侦察部队和善后工作的角色，也是身体自然治愈力呈现的一种机制。

由于内在基因变异和外在癌症诱导物的因素，使得人体中不断地产生癌细胞，可幸的是人体中的免疫系统可识别癌细胞并把它消灭。可是，当人体免疫力下降时，癌细胞便有机可乘，继续增生而成癌细胞肿瘤。在抵抗内生性的癌细胞时，免疫系统中的辅助型T细胞扮演非常关键性的角色。当辅助型T细胞侦察到癌细胞时，会释放出不同的细胞因子来激活巨噬细胞、自然杀手细胞和杀手T细胞，以围攻并歼灭癌细胞。

精神（心灵）、神经及免疫系统是自然治愈力发挥的基本三要素，若这三位一体的互动失去平衡，就很容易罹患内在或外在的病变。因此，保持希望的人会促进大脑活化，交感和副交感神经能保持均衡，强化的免疫系统会把病原体击退。反之，灰心和失望所形成的压力，会使大脑、交感和副交感神经系统失衡，致使免疫系统弱化而增加罹患疾病的风险。然而没有压力也不是好事，它使人生变得无生气。无目标的人生最后也会变成另一种压力，因此适度的操心与压力在人生中是不可或缺的，学习如何处理和舒解压力的方法，才是面对压力的最佳态度。

运动可提高体温，改善血液循环，因此定期做适度运动的人，可增强身体的免疫能力，不易受病原体感染。可是，过量运动反而会降低免疫力，容易罹患感染症。在运动时，脑组织中的下视丘会释出具镇静作用的化学传导物：脑内啡肽和多巴胺，可使运动者有兴奋的感觉，压力也可藉以消除，使身心得以轻松。这种化学传导物会使大脑产生成就感和陶醉感，这就是持续运动的原动力。对身体健康及自然治愈力的提升而言，交感与副交感神经系统的协调与平衡是必要的。

幽默和笑有促进免疫系统活性的效果，也同样可以抑制疼痛。保有期待和希望，以正面的态度对待日常发生的问题，以幽默和笑来调解工作上的紧张、愤怒、疲劳、混乱等情绪，可以活化人体的免疫能力，使自律神经系统得到平衡，进而提升身体的自然治愈力。