1996年至1998年，自民党实际上没遭到反对势力。但在1998年民主党成立，而且势力日增，在2003年和2004年国会选举尤其可见。但自民党仍保持最大党地位，继续其执政。

2003年11月10日，保守新党在大选受挫，只赢得四席，党主席更在原区竞逐连任失败，保守新党因而并入自民党。前任日本首相小泉纯一郎来自自民党，他曾派自卫队前往伊拉克，也曾解散过众议院。自民党与保守的佛教政党公明党结盟，自民党仍是日本最大党，先驱新党（那时改名为先驱党）留在联盟内，直至2002年该党解散，组成绿之会。绿之会是环保政党，在国会没有议席，它非正式的支持政府，但最后也被解散，其后自民党和公明党组成了执政联盟。自民党从乡村的保守农民获得最多支持，也是官僚、有名集团企业和白领的政党。自民党经常受丑闻困扰，多为议员收受贿赂之事。

在戏剧化演变的2003年众议院选举，自民党赢了237席，日本民主党赢了177席。在2004年参议院选举，在改选议席中，自民党赢了49席，但日本民主党赢了50席，虽然最后自民党仍占参议院114席，但因改选失利，前干事长安倍晋三请辞，党主席小泉纯一郎只将他降职作为处分，并指派武部勤接任干事长之位。

自民党对国内政策态度保守，虽然绝大多数党领袖支持邮政民营化，但党内少数支持邮政国有、反对首相小泉的新自由经济政策，龟井派领袖龟井静香后来更和原众议院议长绵贯民辅及原国土厅长官龟井久兴离开自民党而另创国民新党。2006年9月20日，安倍晋三当选为自民党第21届总裁。

2007年7月，自民党在参议院选举中惨败，在此次参议院选举中仅获得37个席位，加上非改选议席，在参议院的议席总数由选举前的110席减至83席，自1955年建党以来首次失去了参议院第一大政党的地位。而与此同时，民主党由81席增至109席，成为参议院第一大政党。9月12日，在参议院选举失利后，备受争议的安倍晋三突然宣布同时辞去日本首相和自民党总裁之位。9月23日，自民党总裁选举结果揭晓，福田康夫在除了麻生派的支持下（麻生包围网），成功当选并接替辞职的安倍晋三。可惜福田内阁上任不久后便支持度低迷，而政府法案往往要利用众议院三分之二多数才可通过。在2008年9月1日，福田康夫宣布辞去自民党总裁职务，9月22日曾任自民党干事长的麻生太郎高票当选为总裁。可惜麻生内阁屡爆丑闻，在2009年连续输了五次地方选举，包括东京都议会选举，40年来首次失去东京都议会控制权。

在2009年8月30日举行的众议院选举中，自民党遭遇历史性惨败，议席由选前的300席急剧缩水至119席，减少60%。自民党总裁麻生太郎及党内主要干部均表示，将在选举结束后引咎辞职。尽管这是自民党自1993年短暂下野以来的第二次下野，但却是自民党从1955年成立后，首次失去国会第一大党的地位，也是首次因落败而下野。

自民党丧失政权后，逐渐分崩离析，截至2010年4月22日，已经先后有10名参议员、3名众议员共13名自民党国会议员宣布退出自民党，其中不乏与谢野馨、鸠山邦夫、藤井孝男等资深议员，而退出的成员分别成立了奋起日本、新党改革这两个新政党。

2012年12月17日，日本第46届国会众议院选举结果揭晓，最大在野党自民党取得压倒性胜利，单独赢得众议院480个议席中的294个席位，而执政的民主党遭遇惨败，仅获得57席。

根据这一结果，自民党时隔三年多后重新夺回政权，而民主党再次沦为在野党。日本首相、执政党民主党代表（党首）野田佳彦17日引咎辞去党首职务。自民党总裁安倍晋三再度就任首相。

2016年11月1日，日本自民党召开总务会，批准将党章中规定的“最多2届6年”的总裁任期延长为“最多3届9年”，并决定将在2017年3月5日召开的自民党大会上正式修改党章。

2015年2月16日，日本自民党的制定了2015年运动方针草案。反映出了日本首相安倍晋三对修宪的积极态度，加强了相关主张。

2017年10月22日举行，日本众议院选举后，计票工作已经于23日结束。结果显示，日本首相安倍晋三领导的自民党在此次选举中获得胜利，自民党与公明党组成的执政联盟共获得310个议席，在野党则为155个。

截至2017年10月23日凌晨3时，日本第48届众议院选举的开票结果显示，执政的自民党和公明党共计获得312个议席，超过众议院三分之二议席。

2018年9月20日，安倍晋三再次当选自民党总裁，成功实现连任。

2019年7月22日，日本第25届参议院选举结果揭晓，自民党和公明党的执政联盟获得71个改选议席，超过半数。

2021年7月5日凌晨，据日本媒体公布的投票结果，日本自民党成为新一届东京都议会第一大政党。8月26日，日本自民党确定总裁选举将于9月29日举行。

2021年11月1日，日本第49届众议院选举465个议席的最终归属全部揭晓。自民党和公明党的执政联盟合计获得293席，超过了“绝对稳定多数”的261席，赢得了本次大选，并将继续联合执政。

2022年2月6日，日本自民党宪法修改实现总部当天在岐阜县举行了首次集会，并力争在2022年4至5月的长假结束前在47个都道府县举行对话集会。

2023年4月10日凌晨，日本统一地方选举前半段的41个道府县议会选举合计2260个议席敲定。按女性当选者的党派来看，自民党有68人。

当地时间2024年1月20日消息，共同社报道，日本自民党副总裁、自民党“麻生派”会长麻生太郎已基本确定意向，不会解散“麻生派”，并已将这一决定告知日本首相岸田文雄。另据《日本经济新闻》报道称，“麻生派”内部将根据计划在下周公布的自民党“政治革新本部”中期报告的内容进行讨论，并做出最终判断。

2024年1月23日，日本自民党的政治刷新总部（总部长为首相岸田文雄）召开全体会议，针对派系政治集资宴会收回扣问题，提交党改革中期报告，并获得通过。自民党改革中期报告允许派系改为政策集团。派系并未全面取消，而是允许作为分离了“金钱和人事”机能的“政策集团”继续存在。

2024年4月26日，日本媒体报道，日本自民党“森山派”（近未来政治研究会）决定于当天根据政治资金规正法程序向总务大臣提交政治团体解散申请书。

据日本媒体报道，2024年9月3日，日本执政党自民党“岸田派”提交了解散申请，自民党又一派阀将解散。

2024年4月28日，日本众议院进行3个补缺议席选举。根据当晚公布的投票速报，3个议席均由立宪民主党获得，首相岸田文雄所在的自民党悉数落败。

2024年7月7日，日本执政党自由民主党在东京都议会9个选区补选中仅斩获两个议席，这一结果令首相岸田文雄再受打击。一些自民党成员当天再次呼吁岸田下台。

2024年8月14日，日本首相岸田文雄在官邸召开记者会，正式宣布不参加9月的自民党总裁选举。岸田内阁将于秋季下台。共同社分析，自民党内部的“黑金”丑闻也让岸田失去了自民党内部的支持，岸田判断再度当选难度增大，因此放弃参选。

2024年8月19日，据日本富士新闻网报道，日本自民党已经敲定9月党总裁选举的日程，9月12日公示，27日投计票。报道称，此次选举周期长达15天，为史上最长，比三年前的上届选举多出3天。9月27日，日本自民党前干事长石破茂在举行的自民党总裁选举第二轮投票中胜出，当选自民党第28任总裁。

当地时间2024年10月28日，日本第50届众议院选举最终选举结果显示，自民党和公明党组成的执政联盟未获得过半数席位。

自民党本部（相当于中央委员会）有严密的组织制度，有明确的党纲、党章，分为决策机构（政务调查会）、批准机构（党的代表大会、参众两院议员总会、总务会和高干会议）、执行机构（正副总裁、正副干事长）。地方组织分为都道府县的支部联合会和市町村的支部二级，地方组织是相对自由的，可以作出在符合该党的党纲、党章以及宪法法律法规的要求的决议。吸收党员要符合该党的党纲党章要求，入党条件是赞同并支持该党的政策，在入党书上签名，即可称为党员，去留尊重个人自由。

自民党党章规定，总裁由自民党国会议员选举产生，任期3年，只能连任2次。2017年3月5日第84届党大会正式决定将党章中规定的连续“最多2届6年”的总裁任期改为“最多3届9年”。

日本自由民主党于1955年，由自由党与民主党整合而成，所以现有的派系亦是传承自旧有体系。

派系林立是自民党的特点，各派系都按每个成员的资历、当选次数、对派系的忠诚程度以及对派系的贡献大小排列派系成员名单，派系之间经过竞争后所获得的各种职位，基本上按名单顺序进行分配。在组织上，各派系都有自己的办事处、会计、执行机关和政策研究机构；定期或不定期召开会议；有各自的政治资金来源；在大选和总裁竞选时分别提出本派候选人。党内除有大派系之外，还有无派系成员。

自民党一向以来都派阀林立。截至2021年12月，自民党共有七大派系，分别为安倍派（前细田派、清和政策研究会）、麻生派（志公会）、茂木派（前竹下派、平成研究会）、岸田派（宏池会）、二阶派（志帅会）、石破派（水月会）、石原派（近未来政治研究会）。其中势力最大的系前首相安倍为会长的安倍派，有95名议员。排名第二和第三的派系分别为麻生派（53人）和茂木派（51人），其余依次为二阶派（44人）、岸田派（42人）、石破派（12人）和石原派（7人）。

清和政策研究会，会长为安倍晋三（2021-2022），前任会长细田博之。它是偏向政革的派阀，小泉纯一郎，安倍晋三和福田康夫都属于这派。2022年7月13日，该派系宣布，会长安倍晋三遇刺后，该派系将不新设会长，改为由原总务会长盐谷立等7人形成集体领导体制。截至2023年7月，该派系共有60名众议员和40名参议员。

当地时间2024年1月19日下午，该派系召开临时议员大会，宣布解散派系。

平成研究会，前身为竹下登的“经世会”。2021年11月25日，日本平成研究会通过会议决定，自民党干事长茂木敏充接任竹下亘职务，成为新会长，平成研究会的简称也随之改为“茂木派”。它的团结不靠共有政治理念，而是多数势力和猪肉桶政治。截至2023年8月，该派系共有33名众议员和21名参议员。

宏池会（岸田派），会长岸田文雄。它在众议院占29席，参议院占13席。这派曾由加藤纮一领导，直至2001年分裂。它较保守，也较针对首相小泉，所以比加藤领导的派阀较成功。这派历史上是最有声望的一派，很多成员都来自精英官僚的上层。 2008年5月13日，与谷垣派统一。而且2012年10月由于时任会长古贺诚支持安倍晋三出任新总裁，谷垣派再次分裂离开宏池派，2012年12月众议院选举派内元老，鸽派人物加藤纮一落选议员，该派影响力也不如前了。

据日本共同社报道，日本首相岸田文雄于2024年1月19日上午宣布，“为消除国民疑虑、挽回政治信任”，他将解散由其本人率领的“岸田派”。。

为公会（旧河野派，麻生派），前会长为河野洋平，前众议院议长。前属加藤派，在1990年代中分裂出来。它在众议院占20席，参议院占8席。它较针对小泉前首相，也较偏向改革。河野洋平引退之后，麻生为这派新首脑。麻生派有意与山东派合并。

志帅会（二阶派），会长为二阶俊博，它在众议院占27席，参议院占7席。多认为它是最右翼派阀。在对外关系方面主张日本需要进一步增加外交考虑，与亚洲的繁荣和发展共生存。当地时间2024年1月19日下午，该派系召开临时议员大会，宣布解散派系。

水月会（石破派），会长石破茂，它在众议院占19席，参议院占1席。2015年9月28日成立石破派。直指后安倍时代，该派阀议员大多数是反安倍或者对安倍政策不满者，而安倍总裁视石破茂为最大的竞争对手，所以一直把他封印在内阁中担任地方创生担当大臣，实际就是限制石破派的行动。

近未来政治研究会（石原派），会长为石原伸晃。它在众议院占13席，参议院占1席。在靖国神社问题方面主张应研究可以对战殁者表示哀悼、祈祷和平的设施。由于在部分政策反对安倍内阁，被边缘化。

番町政策研究所（山东派），会长为山东昭子（2015年）。它在众议院占8席，参议院占3席。在对外关系方面表示要致力于保持和发展与亚洲各国良好的政治关系。

据自民党消息，截止2015年10月，自民党内还有107个议员不属任何派阀。众院79名，参院28名

自民党历史上最著名的派阀是“木曜俱乐部”，由前首相田中角荣任会长。它在1970和1980年代特别强盛，但在1987年垮下。现今自民党内最大、最受欢迎、最反对改革的一派是旧桥本派，是田中派后代之一。宏池会也是强大和有声望的派阀，但随著1990年代初开始分裂，势力被削弱了。虽然各派阀都有其正式名称，日本媒体惯常以其现任会长名字称呼它们。

因为第24代日本自民党总裁谷垣祯一任期届满，不寻求连任。所以2012年9月26日举行日本自民党新总裁选举，前首相安倍晋三击败前防卫大臣石破茂，干事长石原伸晃，前官房长官町村信孝，政策调查会长代理林芳正。正式担任第25代日本自民党总裁一职，任期3年。2014年9月3日日本自民党总裁安倍晋三对自民党高层进行了新的人事调整。2015年9月8日，日本自民党总裁选举公示，现任总裁安倍晋三是唯一候选人，“无投票”连任，任期3年。2016年8月3日，安倍又一次调整自民党高层人事状况。2018年9月20日，安倍晋三再次当选自民党总裁，成功实现连任。2021年9月29日下午，日本自民党总裁选举进行投票、开票。在第二轮投票中，前外务大臣岸田文雄获得多数票，当选第27任自民党总裁。当地时间2021年11月4日中午，据NHK报道，日本自民党召开临时总务会，正式决定外相茂木敏充接替甘利明担任自民党干事长一职。

2017年8月3日，日本自民党总裁安倍晋三对自民党高层进行了新的人事调整。

当地时间2023年9月13日，日本首相岸田文雄进行了自民党高层人事调整。

自民党党总裁：石破茂

自民党最高顾问：麻生太郎（留任）

自民党党副总裁：菅义伟

自民党党干事长：森山裕

自民党党总务会长：铃木俊一

自民党党政务调查会长：小野寺五典

自民党党选举对策委员长：小泉进次郎

自民党党国会对策委员长：坂本哲志

2024年9月27日，石破茂当选日本自民党第28任总裁。

自民党机关报为《自由新报》，理论刊物为《自由民主》。

2022年8月31日，日本首相岸田文雄（自民党总裁）就世界和平统一家庭联合会（原统一教会）表示：“作为党的基本方针，将与之断绝关系”，并就该教会与自民党所属议员的关系引发国民的不信任表示道歉。

当地时间2023年12月19日消息，关于日本自民党派别被曝光的“政治黑金”问题，东京地方检察厅特别搜查部将于当天以涉嫌违反《政治资金规正法》对自民党安倍派和二阶派进行强制搜查。东京地方检察厅对自民党“安倍派”“二阶派”“岸田派”部分相关人员进行了起诉。

2024年1月25日，受日本自民党“黑金”丑闻影响，自民党“森山派”决定解散。截至2024年，自民党内6个派系已有4个解散。

自2023年11月曝光以来，日本执政党自民党的“政治集资宴会收回扣”丑闻（也被称“黑金”丑闻）不断发酵，岸田内阁近期支持率也降至新低。据共同网、NHK等日媒报道，2024年3月17日，日本自民党在东京召开第91届党大会，党总裁兼首相岸田文雄道歉，并承诺处罚违纪党员以及进行党内改革。

2024年4月1日，日本自民党公布了“黑金”丑闻事件处分对象名单，共计39人，均为原“安倍派”及原“二阶派”成员。

日本媒体2024年5月17日报道，由于日本执政党自由民主党丑闻频发，该党党员去年减少3万多人。

当地时间2024年7月8日，日本东京地方检察厅公布消息称，围绕自民党“政治黑金”事件，除了已被起诉的相关人员外，对其余42人不进行起诉。其中包括日本首相、自民党总裁岸田文雄，以及原二阶派前干事长二阶俊博等人。不起诉的理由为“没有嫌疑”或“嫌疑不充分”等。