婴幼儿的脑组织发育较快，在生后半年内重量可增长85%，一年可增长135%。这就需要颅骨与之匹配，也要迅速地扩大。如果颅缝过早地闭合，不但会限制脑的发育，而且狭小的颅骨也会压迫脑组织，引起各种脑功能障碍。患儿可因颅骨闭合部位的不同，头的外型也有所不同。如果颅骨的矢状缝，也就是前后骨缝过早闭合就可使孩子的头向前后方向生长，外型像小船，医学上称为舟状头畸形。这种孩子容易有癫痫发作。少数人可有语言和运动的发育迟缓。如果冠状缝，也就是是指左右骨缝闭合过早，就可造成头前后径变短，成为所谓短头畸形。由于脑组织受压，病人常常会出现头痛呕吐等颅内压力过高的症状。有的患儿还可伴有眼睛突出或斜视，严重者可造成视神经萎缩，使孩子视力下降或失明。如果矢状缝和冠状缝都过早地闭合，就可造成尖头畸形，脑组织在各个方向的生长都受到限制，患儿可出现舟状头畸形和短头畸形所共有的临床症状。颅缝骨化症是先天性脑发育异常或智力落后的一种原因，还是一种结果，目前还有一些争论。但可以肯定颅缝骨化症的孩子智力均落后于同龄儿童。