主祀的清水祖师为福建安溪县移民的守护神，清水祖师传说甚多，又称麻章上人、乌面祖师、清水真人、落鼻祖师、蓬莱祖师和昭应大师；清水祖师传说诞生于宋朝福建永春县，俗姓陈名应也名昭，施医济药、为民祈雨救旱，乡民为了表达心中的感恩，在清水祖师所居住的蓬莱山石室建精舍，名为清水岩，成为安溪地方的守护神；据说每逢天灾巨变前，清水祖师便会落鼻示警，因此又有 “落鼻祖师” 尊称。

艋舺清水岩祖师庙不同于一般庙宇坐北朝南的风水，整体建筑为坐东朝西，南殿两侧龙虎墙上有砖刻图案；艋舺清水岩内存有翁有来、翁有麟敬立的石柱楹联： “为清水，为蓬莱，此地并分 法界；是金身，是铁面，入门便见真容” 以及前殿檐廊左墙上的砖雕为嘉庆22年的遗物，其他大多为同治6年以后所做；艋舺清水岩祖师庙原有三殿，后殿倒塌后现存为三开间两进两廊两护龙的殿宇建筑，前殿计开三门，屋顶用硬山翘脊，中门前立石鼓并有粗壮的蟠龙石柱一对构成入口檐廊；檐廊两侧山墙的砖雕图案上，额题嘉庆丁丑年桐月吉旦；正殿采用硬山翘脊屋顶，拜殿也有粗壮的蟠龙石柱一对，为同治7年戊辰(公元1868年所立，所有的建筑文物都代表着艋舺清水岩所经历过的历史岁月。