殿内北部供有多座灵塔和造像。殿内北部供有多座灵塔和造像。从东向西依次为二降神银塔、德钦希巴兰布（著名格西）灵塔、赤钦洛桑扎西（甘丹寺赤巴）灵塔、扎底钦久·强白崔真（著名格西）灵塔、赞布瓦·洛桑坚赞（第二十八任第司）灵塔、达孜米旺·阿旺曲丹（热振第一代活佛）、第一代扎底曲桑活佛灵塔、赤钦·丹巴绕杰（第二代热振活佛）灵塔。在众多的灵塔之间还供奉着第八世达赖（强白嘉措）、第十三世达赖（土登嘉措）、第二代和第九代热振活佛，以及吉扎仓一些著名的高僧、活佛造像。经堂的西、北部有5个佛殿：三世佛殿位于西侧，殿内供奉过去、现在、未来三世佛和八在菩萨像；马头金刚殿（达真拉康），内供吉扎仓创建人洛真仁钦亲塑的马头金刚像，以及依怙神、忿怒神等护法神像，梁柱和墙壁上还挂有许多狰狞的面具，极为恐怖；强巴佛殿内主供强巴佛、十一面观音等塑像；宗喀巴殿主供宗喀巴大师，还供有吉扎仓历代高僧塑像；妙音殿（甲失拉康）位于经堂东北角，主供妙音铜像。

吉扎仓二楼有两个佛殿：西侧是面容殿（协惹拉康），主供吉扎仓保护神马头金刚的面容：东侧为观音殿（坚热赛拉康），主供观音菩萨像。三楼还有一个尊胜殿（朗杰拉康），所供佛像现已不存。四楼中间为达赖来寺讲经进的卧室，两侧为扎仓堪布（住持）和其他管理人员的住房。

麦扎仓是色拉寺的早期建筑。始建于1419年，为寺庙创建人释迦也失所建。据说始建殿堂毁于雷击，后于公元1761年由贡钦·强曲彭巴重建。面积1620平方米。经堂中有长柱8根、短柱62根，主供释边牟尼铜像，列供于两侧的造像有未来佛、无量寿佛、药师佛、妙音菩萨、宗喀巴师徒三尊、第七世菩萨、第七世达赖、第三代策默林活佛（贡觉丹贝坚赞）、帕邦喀活佛等铜像。

经堂北侧有4个神殿：最西边是护法神殿（特乌拉康），主供护法神“特乌”，特乌置身殿堂内的神龛中，只显露出上半身，龛门雕刻飞云中起舞的一对人骨架，门两侧雕刻数十具骷髅；龛中的护法神环眼怒睁，巨口忿张；殿中供奉的六臂金刚、白依怙神、十三面牛头金刚、忿怒神等塑像也都威武可怖，整个殿堂充满神秘恐骇的气氛。护法神殿东侧依次为罗汉殿（乃登拉康）、释迦牟尼殿（祖拉康）和宗喀巴殿（宗喀拉康），殿内分别供有十六罗汉、释迦牟尼佛和宗喀巴大师塑像。

麦扎仓二楼有太阳神殿（尼玛拉康）、甘珠尔经殿（甘珠尔拉康）。甘珠尔拉康原藏有108部金粉书写的《甘姝尔》和其他经典，“文革”中散失；现殿内佛橱中供有千尊度母小铜像。三楼中间为达赖卧室，两侧为扎仓强崔的住室及办公场所。

阿巴扎仓是色拉寺的早期建筑，也是色拉寺的密宗扎仓，1419年由释迦也失创建，当时作为色拉寺的措钦大殿，1710年现措钦大殿建成后始改为扎仓。面积1517平方米。高三层，由经堂和4个佛殿组成。经堂有长柱4根、短柱42根，主供释迦也失塑像，两侧供有贡若坚村桑布、赤钦丹巴让吉、杰尊曲吉坚村、宗喀巴师徒三尊、第十三世达赖喇嘛等塑像。

经堂四壁遍绘壁画，有释迦牟尼传记、六庄严（即龙树、圣天、无著、世亲、陈那和法称）、密集金刚、西方有乐世界等题材。经堂北侧的罗汉殿（乃登拉康）供奉释迦牟尼、十八罗汉和四大天王、马头金刚（为慈悲观音的化身）、忿怒神（为佛在降魔除障时显现的“法身”）等塑像。罗汉殿的东侧是大威德殿（结几拉康），主供大威德塑像（格鲁派主修的护法神）。据说这尊神像是释迦也失特请后藏雕塑家夏艾哇塑的。塑像腹是装藏有热罗扎哇的一个拇指，塑完后释迦也失亲自主持了开光诵经仪式。大威德神像两侧共有吉祥天女、六臂依怙神、四臂依怙神、多闻天王、白梵天王等塑像。

阿巴扎仓二楼为僧房和无量光佛殿（温巴埋拉康），殿中供有无量光佛合金像、贡若坚村桑布包银灵塔、杰尊曲结坚村包银灵塔，还有一座拉藏汗（？～1717年，清代蒙古和硕特部贵族首领）出资修建的善逝塔。三楼主要作为达赖的卧室。

在色拉寺修建以前，宗喀巴大师在色拉寺所在地东边山腰上的色拉曲顶小寺里讲经说法，著述立说。并授记此处会形成一座弘扬中观思想的寺院，命令大慈法王释迦益西修建寺院。释迦益西（1352年—1435年）是宗喀巴的大弟子之一，是格鲁派时期的重要人物。1409年，他代替宗喀巴应明成祖帝召请赴北京，1414年第二次入朝，次年受封大国师，公元1434年，明宣宗封他为大慈法王（藏文绛钦曲结），从此被人尊称为绛钦曲结，他是最早在内地修建格鲁派寺院者，明朝与格鲁派建立关系也是从他开始的。

1419年，绛钦曲结在内乌宗首领南喀桑布的资助下修建了色拉寺。后来逐渐形成了三个扎仓和三十二个康村。占地面积为114964平方米，原定僧侣为5500人，实际达到过9000人。主要建筑有措钦大殿、吉扎仓、麦扎仓、阿巴扎仓及康村。早期建筑以麦扎仓和阿巴扎仓为中心，后经历代增修扩建，才具有已有的规模。色拉寺的建筑密而不挤，杂而不乱，因地制宜，主体突出，体现了格鲁派大寺院的特色风格。

色拉寺创建后的47年间，有四个扎仓（甲扎仓、仲顶扎仓、堆巴扎仓、麦巴扎仓），每个扎仓各有一名讲闻导师，获得了很大的发展。

宗喀巴及门弟子贡钦洛卓仁青僧格在哲蚌寺担任讲闻导师时，由于一些人嫉妒，进行诬蔑和歪曲，心情不舒畅，便来到色拉。许多弟子跟随，喇嘛弟子一齐驻锡色拉，坚持讲闻传授，又吸引许多弟子来聚。几年中，只有在蔡公塘、德庆、拉莫等地巡回辩经，无固定住所，因此又称切巴扎仓。

纽吾宗本班觉杰和纽吾东官员普尺班宗二人向贡钦弟子聂顿·班觉伦珠提出要求，建立守持贡钦主张的扎仓。 聂顿40岁时，第八绕迥火狗年（1466年）， 上述二宗本承担施主，新建切仓的大殿和供殿。自此，色拉寺有了固定地点传法。堆巴扎仓中只有波窝和贡如两个康村的僧人，甲扎仓全部和仲顶扎仓的一部并入切巴扎仓，僧众日益增多。至第十二绕迥木鸡年（1705年）间的240年中，色拉寺只有堆、麦、切三个扎仓。

康熙四十四年（1705年）， 固始丹增曲杰的孙子拉藏杀害第司桑结嘉措、掌管西藏地方政权后，拉藏汗另设了俱的佛事扎仓，夏天在羌塘、冬季在拉萨居住。色拉寺旧大殿因遭水患，扩大新建成了集会大殿，旧大殿中的大部分佛像、经书、佛塔搬进了新殿，将旧大殿献给拉藏汗，作为他私人的佛事扎仓之所。自此，色拉寺开始有了阿巴扎仓。

康熙五十六年（1717年），准噶尔蒙古次旺绕旦派遣大军进入西藏，杀死了拉藏汗，其跟随都基本上都受到惩治，一时混乱，阿巴扎仓在色拉不能立足，他崩离析。三年后，准噶尔军队被子赶出西藏，阿巴扎仓老僧洛桑群觉等三人，通过青海的次仁加台吉，向清朝唐熙皇帝上书呈服。降旨要关顾拉藏汗建立的佛事扎仓，七世达赖喇嘛格桑嘉措亦给予关怀和支持，第十二绕迥水虎年（公元1722年）， 阿巴扎仓得到修复，并一如既往仍可驻色拉原址。从此，可在阿巴扎仓修习密宗仪轨，讲闻习学。

十一届三中全会以来，中国民族宗教政策得到落实，不同教派掌管的寺庙都得到了相应的修复和新建，色拉大乘寺的修复和新建工作也连年都有进展。老年僧众生活有了保障，后半后无忧无虑，法行修炼的愿望得到满足；年轻的亦根据自己意愿，得到了努力读书写字、学习文化、闻思经典等好机会。

该寺有关五部大论的详细学习例规，同甘、哲二寺基本相同，但班级等次区分、数目、起名、年限等，节麦二扎仓各有一此不同的特点。

切、麦二扎仓虽各有班级十三个，但命名不同。如切扎仓：摄类学班三个，时间三年；波罗密多班五个，时间五年；中论班二个，时间每班二年共四年；律经班两个，时间各二年共四年；俱舍论班二个，时间各二年共四年；嘎让巴班一个，时间为二至三年。总共约需时22年。

色麦扎仓的十三个班给是：摄类学班一个，二年；波罗密多班六个，共七年；中论班二个，每班二年共四年；律经班二个，各二年共四年；俱舍斑二个，各二年共四年；虽未专设嘎让巴班，但已并入一班，时为一至二年。学习全过程总共需时23年至24年。

拉萨附近教徒7岁时出家受戒，刚入寺首先要默记大会与扎仓的各项诵经和法行，以及摄类学、现观庄严论、入中论等，需时二年。到10岁时，才正式开始学习五部大论，逐次学完十三个班级到出立格西名号时，约已23岁。到当格西时已30有余。从康区、安多、蒙古等远地大寺来学习的单个僧人，来到大寺为僧至当格西，约已43或44岁了。切、麦扎仓每六七年只增添个别拉让巴名额，平时两个扎仓各只有四位拉让巴。进入嘎让巴班，不等待两三年是不能出任格西拉让巴的。

格西拉让巴中有在传达室大召寺考试辩论期间达到分数标准者，即可进入上或下密院修持密宗仪轨，习学各种讲闻。几年后，担任几个朋格贵，三年的翁则喇嘛，三年的密院堪布，最少七年左右的卸任堪布，七年的东、北法主，再则是登上甘丹赤巴定座，任期七年。担任格西拉让巴，除了少数智慧过人者上，大多数在担任甘丹赤巴时已届花甲以上年龄，部分已超过70岁。

麦扎仓担任甘丹赤巴者：第十七任（米娘）多吉桑波，第二十二任（嘉绒）更顿旦巴塔杰，第三十六任（工布）旦增列协，第三十七任（崩热）更顿仁青，第四十五任（雄巴）崔成塔杰，第四十七任（崩热阳顶人）洛桑曲沛，第四十九任（雄巴）洛桑塔杰，第五十九任（太布）阿旺曲扎，第六十一任（擦多尔）第门林阿旺崔成，第六十三任（擦多尔）洛桑凯乔，第六十五任（崩热）更顿崔成，第六十八任（擦瓦）洛桑格列，第七十一任（工布）益西塔堆，第七十三任（擦多尔）策门林降白崔成，第七十四任（嘉绒）洛桑伦珠，第七十五任（擦瓦）隆多云旦嘉措，第八十三任（嘉绒）强近南喀，第八十四任（嘉绒）洛桑崔成，第八十七任（擦多尔）策门林洛桑旦白更参，共计十九位。

切扎仓担任甘丹赤巴者：第十五任（泽当）班禅索南扎巴，第二十八任（康村不清）更顿更参，第三十二任（藏巴）崔成群沛，第四十二任（擦瓦）洛桑顿月，第五十四任（桑洛）阿旺曲旦，第五十八任（桑洛）阿旺曲扎，第六十任（擦瓦）洛桑旦巴，第六十四任（斋窝）洛桑扎西，第六十六任（桑洛）阿旺念扎，第七十二任（藏巴）降白崔成，第八十六任（藏巴）洛桑更参，第九十一任（拉瓦）洛桑更参，第九十四任（藏巴）伦珠尊珠，第九十六任（哈尔东）土旦贡嘎，共计十四位。

此外，还有一批名声较大的持教圣人。其中，有些人结合讲、辩、著为佛事从生作了伟业，培养了无数有缘信徒，为维护祖国统一，加强民族团结，留下了卓著功绩。有此人驻锡寺院，一生教授佛典，培养了很多接班人。有些人精通经典后，不固定地支僻静处，修证教法，取得成就，树立了榜样。有些人学习经典、成为密宗的格西后，返回家乡，奉持、宏扬佛教，详细撰写贤哲传达室记及各寺庙的宗教历史。

色拉寺内藏有大量的文物佛像、唐卡、经书、法器、供器等，极为珍贵。据《明史》记载：释迦也失在明永乐十四年（公元1416年）从北京返藏时，皇帝御赐有“佛经、佛像、法杖、僧衣、绮帛、金银器”，其中有明成祖赐的《大藏经》（用朱刻印）108函和檀香木雕刻的十八罗汉、四大天王；有释迦也失的彩色缂丝像，像长109厘米、宽64厘米，加上边框通长180厘米、宽90厘米，身着袈裟，头戴五方佛帽，端坐法床，头顶华盖，虽经500多年，仍色泽鲜艳，现藏西藏博物馆；有普布觉阿旺降央塑的三师徒塑像、侧耳细听的文殊菩萨像和拉藏汗的慈尊佛像；在措钦大殿土其拉康内藏有200余函用金汁抄写《甘珠尔》和《丹珠尔》经典；在结扎仓内有一副铜钹刻有“二龙戏珠”图案，并有“大明宣德加金银造”款字样，殿内四壁挂满了各种式样的盔甲、弓箭、盾牌、帽子等，据说这些兵器是叶蕃第9代赞普（布带贡甲）时期的，能够“镇魔避邪”。此外，色拉寺还有上万件西藏制作的金铜佛像、印度传来的黄铜佛像、佛教经典、壁画、唐卡、法器等。

在措钦大殿的另一个佛殿土其拉康内，保存着200余函用金汗手沙的甘珠尔、丹珠尔经书。在吉扎仓的岗叔康佛殿内，珍藏首一副铜钹，钹上刻有“二龙戏珠”的图案，并有“大明宣德加金银造”款字样。此外，在吉扎仓的旦增拉康内，四周墙壁上挂满各种式样的盔甲、弓箭、盾牌、帽子等。相传这些乃是西藏第九代藏王时的兵器，能够“镇魔辟邪”。除以上文物外，据说寺内还珍藏着明朝皇帝赐给的十八尊檀香木雕刻的罗汉等。

关于色拉寺寺名来源有两种说法：一说该寺在奠基兴建时下了一场较猛的冰雹，冰雹藏语发音为“色拉”，故该寺建成后取名为“色拉寺”，意为“冰雹寺”；一说该寺兴建在一片野蔷薇花盛开的地方，故取名“色拉寺”，野蔷薇藏语发音也为“色拉”。寺院全称为“色拉大乘寺”。

色拉寺有一个盛大的节日叫“色拉崩钦”，意为色拉寺独有的金刚杵加持节。据传在公元15世纪末，由印度传来一个金刚杵，人称飞来杵，后由结巴扎仓堪布于藏历12月27日迎入丹增护法神殿中供奉。过去，按习惯每到12月27日清晨，结巴扎仓的“执法者”骑上快马将金刚杵送往布达拉宫呈给达赖喇嘛，达赖喇嘛对金刚杵加持后，再快马送回色拉寺。这时，结巴扎仓堪布升座，手持金刚杵给全寺僧众及前来朝拜的信众击头加持，以表佛、菩萨及护法神的护佑。每年这天来色拉寺等待击头加持的信徒数以万计。

最著名的塑像则是马头明王金刚像。在四层吉札仓的护法神殿里面，进大殿直走，过一排小殿，最里面就是。当地人会把头伸进一个小神龛里面，用头触那个雕像的基座。

永乐皇帝赐予释迦也失、1410年用朱砂刊印的108函北京版藏文《甘珠尔》（现有105函）最为珍贵，它不仅制作精美，而且是第一部用雕版印刷术印制的藏文大藏经。

在色拉寺东北方的晒佛台，可以要看鸟瞰整个色拉寺。每年雪顿节，都在这里举行晒佛仪式。

辩经，是一种佛学知识的讨论，也可以说是喇嘛们的一种学习方式。色拉寺的僧人们每天有一次辩经活动。这是一种富于挑战性的辩论，辩论者往往借助于各种手势来增强辩论的力度，他们或击掌催促对方尽快回答问题，或拉动佛珠表示借助佛的力量来战胜对方。

作为拉萨三大寺庙之一，色拉寺可能不如哲蚌寺宏大多彩，但这里的辩经活动绝对是非常有特色的。