生物工程是二十一世纪的前沿科学，生物技术行业是二十一世纪的热门产业。为适应社会发展和市场需求，芜湖职业技术学院于2003年7月组建生物工程系，设置生物技术及应用、食品营养与检测、动物科学与技术、生物制药技术、动物疾病防治与检疫等五个专业，2013年7月更名为生物工程学院，在校生1100余人，各专业均具有鲜明的专业特色和培养方向。现有专兼职教师41人，其中专任教师高级职称16人，硕士生12人，在职研究生7人，博士生3人，国家特有工种高级考评员6人，考评员6人，“双师”结构教师17人。全院教师专业知识扎实，动手能力强，年龄结构合理，具有较强的奉献精神。院部拥有解剖、生理、养殖、食品检测、加工、原子荧光、色谱、发酵、生化分析等专业实验室；拥有蒙牛乳业马鞍山公司、雨润集团、伊利集团、正大集团、双汇集团、青岛啤酒马鞍山公司、卫岗乳业集团、黄池集团、芜湖生物药业园、北京资源集团、安泰农业发展有限公司等校内外实训、就业基地，具有良好的实习、实训条件，使广大同学做到理论联系实际，培养了学生较强的动手能力。