是时，常惺任泰县光孝寺住持，以光孝寺寺产过丰，地方士绅学界常与为难，因此他发起地方人士礼请太虚大师莅寺讲经，以调和地方关系。庐山开会之後，芝峰又随侍大师到了泰县。《太虚大师年谱》民国十三年（一九二四年）七月记载∶

大师偕寂山、仁山、让之、守培、智光、晴峰、常惺、象贤（即芝峰）等，抵泰县光孝寺。时，大愚闭关于此；机警（大醒）始於是见大师。（七月）二十五日，大师开讲《维摩诘经》；八月十八日圆满。

这次大师讲经，芝峰担任记录。由于他思想敏捷，文笔流畅，记录稿呈大师审阅，大师深为满意。此後，大师的许多重要学术讲稿，都由芝峰记录整理发表。

是年秋天，芝峰回到温州，在普觉寺继续研究天台宗义，兼读法相宗经论，也常到图书馆阅读新知识的书籍。民国十四年（一九二五年）秋，回到他剃度出家的护国寺讲经，後来在寺中办「山家讲舍」，招收三十多名青年学僧，授以一般的佛学课程和国文，为地方培育初级僧才。

民国十六年（一九二七年）春，太虚大师应福建厦门南普陀寺之请，出任住持，兼任该寺於民国十四年（一九二五年）所创办的闽南佛学院院长。大师将院务委由蕙庭代理，以会觉、满智为佛学院教师。夏天，佛学院闹学潮，院务停顿。蕙庭解决不了，乃与学生代表传戒（新中国成立後的佛教领导任务巨赞），同到杭州向大师请示。大师乃函召芝峰赴厦门，整顿佛学院，继之大醒也奉大师之命到了佛学院，由大醒任佛学院事务主任，兼代理院长，芝峰任教务主任，二人同时兼任南普陀寺监院职务。闽南佛学院虽创办於民国十四年（一九二五年），但在芝峰、大醒到院之後，才逐渐发展为全国僧教育知名的学府，且蜚声於国际间。

闽南佛学院有学生甲乙两班，学生七、八十人，来自江、浙、皖、湘、豫、鲁、滇、黔、四川、台湾各地，堪称全国最优秀的僧青年。芝峰在院担任主讲，他才智过人，善於说法，把繁琐的佛学理论，以提纲挈领的方式，深入浅出的分析出来，使学生易於接受。他在院前後六年，先後讲过《宗派源流》、《印度佛学史》、《成唯识论》、《摄大乘论》、《阿毗达磨杂集论》、《解深密经》等，都是以法相唯识学为主的经典。民国二十年（一九三一年），第二期毕业後，又在院中成立研究部，亲任指导。闽南佛学院在那段时间中，所以能驰名海内外，成为全国僧青年所向往的学府，全是芝峰以其渊博的学识、无碍的辩才所号召。

民国十九年（一九三○年），毕业于武昌佛学院第二期的虞德元（後来的因明学家虞愚），考入厦门大学就读。由虞德元的居中联络，闽南佛学院有关文史哲学课程，多请厦大教授兼任，而芝峰也到厦大讲授《成唯识论》。

在厦门期间，他与大醒於民国十七年（一九二八年）三月间组织了「现代僧伽社」，发行《现代僧伽》半月刊。有一段时间，芝峰担任该刊编辑。後来，《现代僧伽》改为《现代佛教》，仍由芝峰担任编辑。民国十七、八年（一九二八、九年）间，是佛教危难重重的年代。冯玉祥在河南没收庙产，驱逐僧众；南京国民政府内政部又颁布「管理寺庙条例」，想以行政命令，管制佛教，中央大学教授邰爽秋也发起「庙产兴学运动」，南京市长刘纪文又在执行拆毁寺庙神象的命令。凡此种种，使有血性有抱负的僧徒如大醒、芝峰者，均以「头可断，身可毁，教不可灭」的决心，大声疾呼，以《现代僧伽》作为护教言论的代表。

他二人护教心切，热血沸腾，以犀利的笔锋，作慷慨刺激的言论。他们呼吁佛教徒一致团结，抵御外侮，也要求佛教内部进行改革，革除传统陋习，整肃腐败的僧徒。因此，一分八开版的《现代僧伽》刊物，对当时佛教发生了极大的震撼作用。这分刊物，对抵御外侮建立了功绩，但也开罪了许多顽固保守的诸山长老和居士名流。《现代僧伽》上的两句话∶「猪头长老、蛆虫居士」，最使保守的长老居士痛恨。

民国二十一年（一九三二年）年底，太虚大师任南普陀寺住持两届任满，辞退住持职位，由常惺继任。负责佛学院的芝峰和大醒，也以数年来烦累於无谓的纠纷，不愿再留，随同大师一并辞职。关於芝峰，大醒二人到佛学院的经过，以至于辞职的原因，在《太虚大师自传》二十一节，有一段扼要的记述∶

（民国十六年即一九二七年）闽院以蕙庭返江苏，仅由会觉、满智维持。夏初遂发生学潮，学僧中有慈航、谈玄、慧云、传戒、伊陀等，以一部分之过激行动，南寺闽院均陷危乱，乃派芝峰、大醒前往收拾。一方面调走为首滋闹的二人，一方面或遣或听离散，留院者已寥寥无几，遂重新招考新生续办。这学期学僧中，有心道、宝忍、默如、戒德、岫庐、又信、智严、竺摩、智藏、曼陀、灯霞、德超、等慈、普钦等。後来，芝峰主教务，大醒主事务，把闽院稳定下来，亦幻、寄尘、陈定模、虞愚等，亦曾任教学。院中并编发《现代僧伽》、《现代佛教》、《人海灯》等月刊。余民国十八年（一九二九年）至民国二十一年（一九三二年），冬间皆到南普陀度岁，对闽院加以整理充实，蔚成一时学风。鼓山佛学院、岭东佛学院，亦望风兴起。但余留闽时少，学院与代主寺务之转逢、转岸、觉斌等，不时发生摩擦、会泉、蔡吉堂、苏慧纯颇调停其间。余返厦时，即为一度和洽。至民国二十年（一九三一年）夏，由圆瑛、转岸、性愿联成一气，挑唆争斗，裂痕遂深。民国二十一年（一九三二年）冬，余以将满六年连任期，芝峰、大醒亦不愿再留闽院，遂推定次春请常惺法师继任。

上文中说院中曾发行《人海灯》月刊，有误。《人海灯》是附在当地报纸上的一分周刊，由芝峰主编，刊载通俗佛学文字，向社会上宣传佛教。当然，在芝峰离开厦门後，《人海灯》也就停刊了。

芝峰离开闽南佛学院，回到江南，先应请在苏州护国寺讲《维摩诘经》，又奉太虚大师之命，到武昌编辑《海潮音》月刊。这一段时间，《海潮音》由上海佛学书局发行，但仍在武昌佛学院编辑。《海潮音》是宣达太虚大师言论的刊物，不仅代表他个人的学术思想，也代表他革新佛教的主张。芝峰以其渊博的学识、犀利的文笔编辑海刊，可说是胜任愉快。芝峰自十四卷接编，在海刊中增加〈佛教春秋〉一栏，举凡佛教大事或重要时事，皆以佛教立场加以分析评论，甚受读者欢迎。

然而，在十四卷的第七期，他刊出了一期「密教专号」，却因此引起外界的责难。原来在民国十五年（一九二六年）前後，广东潮州王弘愿居士，将日僧权田雷斧的《密宗纲要》译为中文，并曾东渡日本，受雷斧授他的阿　梨位，回国之後，开设讲习会，传授密法，开坛灌顶，数年间受其灌顶者数以千计。弘愿欲以白衣统率佛门四众，以「十不同」、「十殊胜」之说迷惑世人。海刊十三卷十二期，转载了香港某报李某致王弘愿的一封信。海刊在前面加标题曰∶「广东密教之波折」，末後加按语曰∶「王君向出家僧作师，行灌顶法，违法灭理，莫此为甚。」这一来，引起王弘愿的一位支持者赵士觐抗议，聘请律师致函海刊，要控诉海刊毁谤。为此，芝峰出了「密教专号」，除了声明海刊的立场与编者的态度外，并刊出几篇批评密教的文章，包括姚陶馥的〈护法痛言〉、周圆性的〈中国佛教密宗危矣〉、法舫法师的〈全系佛法上的密宗观〉、澹云法师的〈从显密问题上说到王弘愿之犯戒〉等，此刊一出，引起王弘愿的反击，引发诤论。

太虚大师对於王弘愿的邪说，早年亦尝撰文驳斥，但此时却劝芝峰严守中立态度，不要作露骨的反击，以免引起各方误会。唯芝峰个性坦率爽直，对太虚大师容忍邪说的态度不以为然，遂萌生退志，把海刊勉强编到十四卷九期，即辞去编务，离开武昌回浙东，由大醒接编。

芝峰到宁波慈溪金仙寺，与武昌佛学院第二期毕业的亦幻法师合作，成立「白湖讲舍」，招集学僧研究佛学，对于太虚大师的弘法事业，此後即采取若即若离的态度。民国二十三年（一九三四年），出任宁海延庆寺都监，综理寺务之外，不时应请到各地讲经。民国二十四年（一九三五年）四月，应太虚大师函召，到了汉口，在正信会讲《楞伽经》。大师很希望芝峰能留在武汉，与法舫共同主持设在武昌佛学院的「世苑图书馆」，指导研究部学生。但芝峰於讲经圆满後，仍回到浙东。

民国二十六年（一九三七年）抗战爆发，芝峰到上海，寄居於静安寺，从事著述。时，太虚大师随政府入川。民国二十八年（一九三九年）又到云南，整顿滇省佛教，常以人手不足为虑，每念及芝峰、大醒均留在沦陷区，不胜感慨。是年，大师组织中国佛教国际访问团，曾一再约芝峰参加，芝峰以其他因缘为辞，大师颇为失望。

抗日战争期间，芝峰除偶回浙东外，经常寄居於上海静安寺，对佛教前途颇抱悲观态度。民国三十二年（一九四三年），闽南佛学院毕业的东初法师，任镇江焦山定慧寺监院。定慧寺办有焦山佛学院，东初请芝峰到焦山讲学，除讲授佛学外，并著力翻译工作。他译出了日文版的《禅学讲话》，上海《普慧大藏经》中所收的南传佛教经典，系根据日文版翻译，其中有一部分即出於芝峰的手笔。

民国三十四年（一九四五年）抗战胜利，太虚大师负责整理中国佛教。民国三十五年（一九四六年），借焦山佛学院的地址设备，设立中国佛教整理委员会「会务人员训练班」，集合九省三市的优秀比丘一百二十馀人，施以行政训练。大师特命芝峰担任班主任。这时，芝峰对於中国佛教复兴的工作，又燃起新的希望，尽力於训练班的工作。同时，他与东初及一位法律顾问，草拟中国佛教会的会章和各种规章。

观宗研究社是「观宗学社」的前身，初成立时规模较小。民国七年（一九一八年），谛闲应北京名流居士之请，到北京讲《圆觉经》，南返之际，护法居士叶恭绰、蒯若木等，赠送他一笔丰厚的程仪，谛闲法师以此款把观宗研究社改组为观宗学社，成为一个颇负盛名的僧教育机构。常惺、仁山、虚、戒尘、显荫、宝静、芝峰等，都是这段时间在社受教的学僧。