651年，阿拉伯帝国征服萨珊波斯。7世纪末前后花剌子模为阿拉伯哈里发阿卜杜勒·马利克所征服。

在对外征服和对被征服地进行统治时，阿拉伯统治者有一个信念，即认为他们力量的源泉在于伊斯兰教，被征服的民族如果信仰了伊斯兰教就不会反对阿拉伯人的统治了。于是，阿拉伯征服者强令被他们占领的中亚各族人民改变原来的宗教信仰，强迫当地居民接受新的宗教信仰——伊斯兰教，破坏被他们征服的各民族的文化和风俗习惯，用这种方法来巩固自己的统治。

在阿拉伯人远征中亚以前，中亚地区没有统一的宗教，主要有拜火教、摩尼教、基督教和佛教、萨满教和景教（东方基督教聂斯托里安教派）。阿拉伯人在其远征中亚的初期，为了增加税收，掠夺财富，并没有太多地号召人们信奉伊斯兰教。

从库泰巴时期起，阿拉伯人开始利用伊斯兰教和阿拉伯文化作为统治工具，企图建立较为长久的统治。在征服战争中，库泰巴摧毁了当地原有文化，“在被他征服的地区，都要强迫当地的民族信奉伊斯兰教，放弃原来的拜火教和佛教信仰”。他在拜火教神庙和佛教寺院的废墟上建立起清真寺，强迫当地人民放弃原来的拜火教或佛教，改信伊斯兰教。正如纳尔沙希所说：“布哈拉的居民每当穆斯林的军队来时，就改宗伊斯兰教，可是他们一走，又背叛了信仰。库泰拔三次使他们皈依伊斯兰教，而当他离开后，他们又三次都成了异教徒。”许多中亚土著民族为了逃税而入教。与此同时，几乎在中亚所有被征服的地方，当地的统治者都被保留下来，在哈里发最高权力下管理本地行政事务。这些贵族也都先后在形式上皈依了伊斯兰教。尽管当时收效不大，但是，他的这些活动为以后阿拉伯人对中亚的长久统治奠定了基础。

阿拉伯帝国在8世纪中期分裂后，花剌子模先后归属塔希尔王朝、萨法尔王朝、萨曼王朝和加兹尼王朝统治。1037年到1194年受塞尔柱帝国统治。在苏丹桑贾尔时闹独立，苏丹出兵捕统治者阿即斯之子，迫使其臣服。

花剌子模在库都不丁·摩诃末时从塞尔柱帝国手下独立。

1142年，西辽与塞尔柱帝国决战。塞尔柱土克曼人战败，西辽大将额布斯入侵花剌子模，逼迫其统治者阿即思称臣，每年进贡三万金巴里失。他的继承者阿尔斯兰在位时终生向耶律大石称臣纳贡。

花剌子模沙赫伊勒·阿尔斯兰死（1172年）后，他的两个儿子塔喀什和苏丹·沙赫争夺王位。塔喀什失势，企图从西辽那里寻求避难。西辽的摄政皇后耶律普速完为了驱逐苏丹·沙赫和帮助塔喀什复位，把率军入花剌子模辅助代理人的任务交给其夫。其夫完成了任务（1172年12月）。但是，尽管塔喀什把他获得的王位归功于西辽，但由于契丹人强征贡赋的苛刻条件，他随即又起来反抗，喀喇契丹人转变了他们的政策，支持他的兄弟苏丹·沙赫反对他。尽管他们未能够使苏丹·沙赫恢复花剌子模的王位，但事先借给他一支军队，苏丹·沙赫用这支军队南下去征了服霍拉桑（他于1178年夺取梅尔夫、萨拉赫斯和图斯）。于是，苏丹·沙赫统治了霍拉桑，直到1193年他去世。他死后，塔喀什把整个霍拉桑重新并入他的花剌子模版图（1193年）。

塔喀什成为霍拉桑的主人之后，就入侵伊刺克·阿只迷。该省是末代塞尔柱苏丹图格里勒三世的王室领地。在1194年3月19日发生在赖伊附近的一场决定性战役中，巴格达哈里发纳斯尔邀请塔喀什打败并杀死了图格里尔三世。这一胜利结束了土克曼人在波斯的统治，使伊刺克·阿只迷连同赖伊和哈马丹一起转归花剌子模沙赫。但不久因为土地占有问题哈里发和花剌子模沙赫逐渐闹翻，并交恶。

塔喀什之子阿拉丁·摩诃末继位（1200-1220年在位）。他使花剌子模国达到了鼎盛，在他统治期间花剌子模国成为中亚的主要帝国。他的第一次扩张行动是从古尔王朝手中夺取阿富汗地区。

当摩诃末的前两代沙赫们正在阿姆河下游创建花剌子模帝国时，另一支强大的穆斯林势力正在阿富汗境内崛起。直到当时，阿富汗一直是属于突厥人的加兹尼王朝统治，该王朝还拥有印度的旁遮普。大约在1150年，苏里阿富汗人中的一个氏族起兵反抗盘踞在赫拉特和巴米扬之间的古尔山区的加兹尼苏丹们。是年，古尔王朝首领贾汗·索兹掠夺其首都加兹尼，1173年贾汗·索兹的继承者吉亚斯·丁长久地占领了该城。加兹尼王朝的苏丹们逃到旁遮普的拉合尔避难，把阿富汗地区让给了古尔王朝。在古尔王朝著名的统治者希哈布·丁·摩诃末统治期间（1163-1206年在位），古尔王朝向东发动了一次有影响的扩张。希哈布·丁·摩诃末废黜了旁遮普的末代加兹尼王朝统治者们，吞并该省（1186年），从印度王公们手中夺取恒河流域（1192-1203年）。这些是当他受到与他同名的花剌子模沙赫摩诃末的进攻时，他在相反方向所取得的成就。

两个摩诃末之间的第一次战斗发生在阿姆河畔，古尔王朝获胜，他们前往掠夺花剌子模本土（1200年）。花剌子模的摩诃末向他的宗主，即喀喇契丹的古儿汗求援，古儿汗派一位名叫塔延古·塔拉兹的大将和他的另一个封臣，撒马尔罕的喀拉汗王朝王子奥斯曼·伊本·伊卜拉欣一起领兵前往援助。幸亏有这些援军，花剌子模沙赫在赫托拉斯普才打败了古尔王朝，并把他们赶出花剌子模（1204年）。喀喇契丹人紧追古尔的摩诃末，并在巴尔赫以西的安德克霍给予他一次灾难性的打击（1204年9-10月）。这次胜利最终表明了花剌子模人对古尔王朝的绝对优势。但是，直到古尔王朝的摩诃末死（1206年3月13日）后，花剌子模的摩诃末才从古尔王朝手中夺取了赫拉特和古尔山区（1206年12月）。

1215年，花剌子模沙赫夺取加兹尼城，完成了对阿富汗地区的征服。

花剌子模的摩诃末把他对古尔王朝的胜利归功于他的宗主、喀喇契丹的古儿汗。但是，他的感恩之情是短暂的。当其权力到达顶峰之后，他这位穆斯林皇帝（因为大约在此时他采用了苏丹称号）和波斯三分之二地区的君主，不能容忍继续充当这些异教徒契丹人的封臣和纳贡臣。喀拉汗王朝的撒马尔罕王奥斯曼（1200-1212年）也是喀喇契丹人的封臣，他也有这种情绪。花剌子模的摩诃末在与奥斯曼达成了一项协议之后，于1207年占领布哈拉和撒马尔罕，并取代喀喇契丹成为该地区宗主。于是，花剌子模帝国囊括了整个河中。据志费尼记述，1210年，喀喇契丹人进入撒马尔罕发起反攻，但是，在一次战斗中，花剌子模人俘虏了塔延古将军，这次战斗或者是发生在费尔干纳安集延附近的伊拉米什草原，或者是发生在怛逻斯草原。

摩诃末在撒马尔罕王、喀拉汗王朝的奥斯曼的合作下击溃了喀喇契丹人，奥斯曼把对古儿汗的效忠转来效忠于摩诃末。但是仅仅两年，奥斯曼就对对花剌子模人的这种服从感到厌倦了，起来反叛。摩诃末向撒马尔罕进军，占领并洗劫了该城，处死了奥斯曼（1212年）。于是，统治着突厥斯坦达两个多世纪的喀拉汗王朝统治家族的最后一位代表也不复存在了。

最后，花剌子模的摩诃末于1217年骑着马作了一次穿越波斯的凯旋旅行，途中，他接受了阿塔卑（波斯各省内独立和世袭的突厥总督）们的效忠，特别是法尔斯的萨尔古尔王朝众人的效忠。他一直来到阿巴斯王朝领地伊拉克阿拉伯的边界扎格罗斯山的霍尔湾。当他正要向巴格达前进时，他与哈里发发生了争吵。甚至连阿塞拜疆（大不里士，不属于他这次的出巡地）的阿塔卑，也主动承认自己是花剌子模的纳贡臣。在此时（1217年），花剌子模突厥帝国版图达到了极盛，北以锡尔河为界，东以帕米尔和瓦济里斯坦山区为界，西以阿塞拜疆、卢里斯坦和胡齐斯坦山区为界，它囊括了河中、大半个阿富汗和几乎整个波斯。

就在同年，摩诃末终于向巴格达的哈里发发动了战争，军队到达阿萨达巴德，兵马冻死多半，被迫班师。摩诃末的母亲图尔汗哈屯是康里人，乘摩诃末远征之机，依仗康里人将领，别居玉龙杰赤（今土克曼斯坦乌尔根奇）另立朝廷，干预国政，遂造成母子不和。所以，花剌子模国虽拥兵四十万，但由于国家体制尚未成型，矛盾突出，离心力较强的原因，使得战斗力大打折扣。

元太祖十年（1215年），成吉思汗派使节到花剌子模王国，缔结通商贸易协定。成吉思汗按协定派出使臣与商队450人，500头骆驼，携带大批金银珠宝与商品前往通商。至讹答剌（一作兀都刺儿，在今哈萨克斯坦奇姆肯特西北），总督亦难出见财起意，诬指商队为蒙古间谍，上报皇帝全部屠杀之，并侵吞商品与骆驼。成吉思汗为集全力攻金，避免中断贸易，争取和平解决，派出使臣，致书摩诃末责其背信弃义，要求交出凶手。摩诃末拒绝要求并杀死正使，剃光两位副使的胡须，驱逐出境。

成吉思汗遂以攻金战事交付木华黎，而自谋征讨花剌子模之事。十三年（1218年），灭西辽后，蒙古西境遂与西域接壤。十四年（1221年蒙古大军攻占玉龙杰赤城，7天屠杀该城120万人），成吉思汗亲统大军西侵，历时五年。消灭收编40万军队，夺取了花剌子模大片土地。

在1219年至1221年，蒙古集结重兵侵略花剌子模，它标示着蒙古与中古大波斯外交和贸易双重失败的结果，也是“蒙古西侵”的开始。当时雄踞中亚的花剌子模国境面积相当于印度次大陆的大小。蒙古第一次西侵带给了伊斯兰世界太多的毁灭与屠杀，残存无几而惊恐的花剌子模人事后回忆，蒙古兵因血腥屠戮（集数十场作战）开始恶名昭彰。这场历时三年的国与国的战争，实际上不纯粹是一个中亚帝国的彻底毁灭，也将成吉思汗的残忍作战方式带到了西方：迂回攻击；彻底、全面且恐怖，军队以武器屠戮民众，遇城则屠。

扎兰丁即位后承袭花剌子模沙和苏丹称号。1221年初，扎兰丁离开里海返回旧都玉龙杰赤，花剌子模的突厥族将领素骄模惧扎兰丁夺其军权，密谋害之。扎兰丁得报后，率亲信逃出，辗转到达加兹尼后，在周边地区募集兵士，并结集约10万军队，进驻八鲁湾川，出击蒙古军获胜，杀失吉忽秃忽所率蒙古军三万人。成吉思汗当时称赞扎兰丁之武勇，并说过希望自己的儿子有这样的才能。

扎兰丁反击后，霍拉桑许多城市起而响应，反抗蒙古人的压迫。但扎兰丁两部将不和，军队分裂，力量削弱，不敢迎战成吉思汗亲自统率的蒙古大军，乃退至印度河畔。11月，扎兰丁被哲别和速不台的蒙古军包围，激战後，扎兰丁跃马渡河，逃入印度，仅4000名追随者跟随过河逃亡。

1224年蒙古军退后，扎兰丁由印度回波斯，向阿拉伯阿巴斯王朝借兵，先后据有克尔曼、伊斯法汗等地区，阿姆河以西诸川尽为所有，势力复振。不久，因宿怨与哈里发纳斯尔发生争战；又出征阿塞拜疆和谷儿只吞并其国土，引起伊斯兰诸国不满，扎兰丁陷于孤立。

1228年，察合台率蒙古军进至伊斯法汗，扎兰丁战败，单骑突围。蒙古军退后，他仍不重视防范强敌，继续进行对穆斯林同盟国家的抢掠和扩张战争，并出兵攻占起拉特，侵犯罗姆苏丹国（位于小亚细亚）。1230年，被罗姆苏丹领导的各国联军击败于额尔占章，被迫议和而还。这时，蒙古大将拔都奉窝阔台汗之命统兵征讨扎兰丁，直取大不里士，扎兰丁仓惶出逃。

在中亚迅速崛起的花剌子模遭遇到蒙古军团，武力即迅速被铲除殆尽。札兰丁王子未来得及继承花剌子模摩诃末的王位，即在故国西境重整残兵。窝阔台大汗闻讯，派遣哲别、术赤等火速追击。1231年春，战败的扎兰丁往更西方的高加索地区卢里斯坦山区逃逸，被杀，其死亡原因有多种版本，一是被自己将领所杀，另一版本则是被追击的蒙古军所杀。花剌子模灭亡。

1388年又被突厥人的帖木儿帝国征服，后又归波斯统治。

16世纪初，花剌子模南部地区出现了独立的布哈拉汗国。

1512年，花剌子模绿洲居民起义，摆脱波斯人的萨法维帝国土克曼。

花剌子模位于被东部的克孜勒库姆沙漠及南部的卡拉库姆沙漠包围的干燥地带。古代阿姆河丰富的水资源为其提供了灌溉的便利，花剌子模成为农业生产高度发达的地区。

12世纪末至13世纪初叶其领土广阔时期包括今日伊朗、阿富汗、乌兹别克斯坦、土克曼斯坦、塔吉克斯坦、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、伊拉克东部及以色列等地。中心城市为乌尔根奇（旧译玉龙杰赤）。

花剌子模的古代居民很早就掌握了灌溉技术，农业因此十分发达。考古发掘出的灌溉渠网遗迹纵横交错，有的长达几十甚至几百公里，多为公元前8世纪-公元7世纪间修建的。灌溉工程的修建成为当时经济水平的一个标志。

除了灌溉以外，花剌子模还曾在东西方贸易当中扮演过重要角色。先是与叙利亚、埃及及黑海北岸的城市有贸易往来，后来又与波斯、印度交往密切。

7世纪初，花剌子模成为贸易很发达的地区，手工业发展较快，曾遣使者朝贡中国，与中国建立了通商关系。

花剌子模的文化艺术海纳百川，独树一帜。波斯的史诗中收录了不少花剌子模的作品。

公元前3世纪时，花剌子模居民使用阿拉米字母书写自己的语言，后来发明了花剌子模文，写在羊皮或木片上，铸造的钱币上也刻有花剌子模文。可惜的是至今没有人能释读这种古老的文字。

花剌子模文明的另外一个象征是城市建筑。特别是从公元前6世纪-公元6世纪的建筑，考古都有发掘发现。很多当时的建筑巧夺天工，匪夷所思，后来被沙漠吞没，得以保存到了今天，仅发现的城堡遗迹就有几十座。因此，有的历史学家把花剌子模古国称之为“中亚细亚的埃及”。这些城堡的基座是河沙，可以防潮，遇到地震还有减震的作用。墙是用大块砖坯砌的，每块砖坯上还能看到一种特殊记号。砖坯之间用粘土粘牢，砖与砖之间还用天然石头加楔。与以中国为代表的古代东方建筑不同，花剌子模的古建筑基本上不用木料，因为绿洲上很少有树木。

在许多世纪以前，一些不知名的工匠在花剌子模古国地域建起了众多难以攻克的要塞，这些宏大的建筑物仍让一些科学家和旅行者惊叹不已。

花剌子模绿洲四周的克孜勒库姆沙漠是一片神奇的沙漠。在一个个新月形沙丘中间，在苏尔塔努伊兹山支脉的荒丘上，到处都可以看到一些人工活动的遗迹，有呈虚线向几十公里开外延伸开去的古代沟渠残痕，有不少大村落和城市的废墟。今天这里已经荒无人迹。一些乌鸦、蜥蜴和蛇如今成了昔日花剌子模废墟的主人。人们一来到这里，便有一种置身于妖魔鬼怪王国和物质化的海市蜃楼世界之中。

有人常把花剌子模古国地域称之为“中亚细亚的埃及”，应该说这个比喻还算恰当。因为在世界上还很难找到这么一个相对地域不大却集中了如此众多古建遗址的地方，这里仅古代要塞就不下几十座。它们像古埃及的金字塔，给第一次造访这里的人一种深深的震撼，他们不由得一下子产生好些问题：在缺乏应有建筑机械的情况下，古代工匠们是怎样建起如此高大的建筑物呢？它们又何以能保存至今？因为这些建筑绝大部分都已经有了两千年的历史。而据乌兹别克斯坦共和国科学院历史、考古和民族学研究所对一度曾经非常强大的花剌子模古国防御工事有过一番研究的有关专家介绍，花剌子模在新世元初期曾经相当繁荣，多处都在大兴土木。

花剌子模所有要塞的建筑原理几千年来都保持不变。基座一定得用河沙，因为有防潮作用，而且碰到地震有减震的作用。墙是用大块砖坯砌的，这样的砖多少年来仍坚硬无比，就是现在也还可以用来盖房子。而且在每块砖坯上还能看到一种特殊记号。它们到底工匠留下的记号，还是皇族姓氏的标记，到今天也没有人能说清楚。砖坯之间的粘合剂用的是粘土，就是要塞内用梯形砖坯砌起来的拱式楼板也能把得牢牢实实。砖与砖之间用天然石头加楔。木料实际上不用，因为这一带地方不长树木，但古代的工匠看来是没木头也行。还有意思的是，新纪元初期的建筑师就已经考虑到用水管将邻近水渠里的水引进要塞。水管是用陶土烧制，直径有50-60公分粗，这样的水管可以用上很多年。

古代工匠的盖房速度还相当快，两三个月即能盖起一座要塞。建筑师还相当懂行，对各种建材的质量都很了解，反正是经他们盖的要塞已经经受了时间的考验。无论是风雨和摄氏零上50度的酷暑，还是公元712年曾率兵攻下花剌子模的阿拉伯统帅库捷伊巴和后来蒙古大军的进袭，不少要塞如今看上去仍像其主人刚刚扔下似的。可奇怪的是，尽管这些要塞如此高大雄伟，又保持得如此完好无损，可知道的仅限少数一些专家。也许是它们都盖在远离通衢要道很远的地方，没有当地历史学家当向导一般人还真去不了。

要塞的选址问题也是古代中亚地理学史上的一个奥秘之一，对此说法不一。按说人们都是千方百计尽量择泽而居，可这里的要塞所在地离水源都很远，阿姆河畔就找不到一处大型的防御工事。这可能是花剌子模的古代居民都想把要塞建在自然高地上，可阿姆河两岸很难找到这样的高地。于是花剌子模居民决定挖几十甚至几百公里的沟渠来解决供水问题。这可是非常浩大的工程，很可能有成千上万的民工在白天黑夜不停地挖。

另外，选址还兴这样的迷信：从相中的地块附近捉一只野兽来杀，如果医生发现该野兽有某种疾病的症状，就不能在这里盖房子，因为这种病有可能传染给人。

除此之外，建要塞需要大批如河沙和粘土这样的建材。至今也还弄不明白，那些古代工人是怎样解决建材供应问题的。反正是河沙和粘土被源源不断地从几十公里开外的地方运来，肯定当时沙漠里有不少驮运队起到了运输大队的作用。

其结果是花剌子模留下了令世人无不震惊和叹服的工程。就举建于公元1世纪的托普拉克·卡拉（土城）为例，该城的城墙总长就有1公里还多，是一座完整的城市，历史学家在城内发现有不下10个街区。就因为城市是建在平原上，所以一定得筑高墙以防敌人来犯。墙高10米，在最高处还建了一座城堡。

另一座卡孜勒·卡拉要塞（红城）的宏伟程度也丝毫不比前者逊色，它曾于1-7世纪起到镇守边关的作用。尽管其规模不算太大（65х65米），但曾经是一块使敌人感到难啃的骨头。城墙是双层的，宽8米，高15米。要塞本身2层，第一层有4米高的柱脚，好让敌人的攻城炮发挥不了作用。

要说选址得当，阿雅斯·卡拉（风城）可谓最理想。就是轻装爬上这块建有要塞的自然高地也很吃力。据历史学家推算，该要塞建于公元前4-3世纪，可奇怪的是像是没人用来抵御过敌人。还有一种意见，认为要塞不知何故没有竣工。考古学家没在里面发现有住过人的迹象，而且还找到不少已经备好却没用过的建材。更让人不得其解的是，这座已经风雨剥蚀了1千多年的古建筑就像是刚刚被人遗弃似的，其冷峻的红土墙和高耸的塔楼至今仍令人望而生畏。

这些规模不小的古要塞遗址有着不少传说和故事。民间还传说许多要塞下面都挖有由恶魔看守的地道，谁要想进去找宝，准得把命送掉。可考古学家们多年来在这里爬上爬下，也没一个送命的。至于说下面是否有宝，科学家并不排除这种可能。问题是古代花剌子模的许多类似建筑至少还有一半没有很好研究，比如卡孜勒-卡拉要塞就干脆没人光顾过。

总之，人们对古代花剌子模还知之甚少。这个古国的诸多古城都还处在沉睡之中，其编年史尚存在不少急需填补的空白。随着时间的推移，花剌子模古国迟早总会揭开自己神秘的面纱。