该寺坐北朝南，四合院布局。原由山门和前、中、后殿以及厢房组成，总占地面积2405.32平方米。现仅存大雄殿，建筑面积180平方米,素面台基高2.35米，垂带式踏道8级,正殿面阔三间，明间宽7.4米,左右次间各宽2.2米,进深12米，通高8.2米。抬梁式梁架，单檐歇山式顶，上覆小青瓦。檐下存五铺斗拱8朵。梁上书有“大明万历”等字迹。

该建筑设计风格是现存世较少的斗拱式古建筑，对川西北古代寺庙建筑艺术的研究有很大的重要意义。

花林寺大雄殿斗拱建筑的发现不但丰富了我县明代建筑内容，而且为进一步研究明朝中晚期区域性建筑的分布、地方特点和建筑历史提供了新的文物资料。

1986年12月，盐亭县人民政府将花林寺公布为县级文物保护单位。

2012年7月，四川省人民政府将花林寺公布为省级文物保护单位。