四川花萼山国家级自然保护区主要保护对象以珍稀动植物及其北亚热带常绿阔叶林生态系统为主。

截至2014年，四川花萼山国家级自然保护区有维管束植物179科、876属、2261种，其中，国家一级保护植物有红豆杉、南方红豆杉、珙桐、光叶珙桐；国家二级保护植物有金钱松、秦岭冷杉、巴山榧、台湾水青冈、鹅掌楸、厚朴、连香树、领春木、金钱槭、杜仲、香果树、银鹊树、山白树、桢楠、八角莲、红豆树、青檀、建兰、春兰、惠兰、天麻等。此外，分布于该区域的特有种和模式种较多，如巴山冷杉、巴山榧、台湾水青冈、巴山木竹、城口樟、城口猕猴桃等。

在野生资源植物中，湖北贝母（俗称萼山尖贝）、腊梅、多种兰花、野大豆、城口猕猴桃等都是具有很高利用价值且急需受到保护的种类。截至2014年，保护区已查明野生脊椎动物374种和亚种，其中兽类64种、鸟类196种，两栖类23种、爬行类27种、鱼类64种。其中国家一级重点保护野生动物有豹、云豹、林麝、金雕种；国家二级重点保护野生动物有黄喉貂、水鹿、鬣羚、斑羚、金猫、大灵猫、豺、黑熊、猕猴、水獭、苍鹰、鸢、赤腹鹰、普通鵟、红隼、勺鸡、白冠长尾雉、红腹角雉、红腹锦鸡、领角鸮、雕鸮、黄脚鱼鸮、大鲵等27种。

四川花萼山国家级自然保护区地处秦岭—大巴山腹心地带，生物物种丰富多样、生态系统原始，其自然综合体具有重大的科学意义和保护价值。世界自然基金会“Ecoregion．200”、《中国生物多样性保护行动计划》、《中国生物多样性国情研究报告》等重要文献都已将该地区列入中国生物多样性保护的关键地区和优先、重点保护区域。四川花萼山自保护区主要保护对象为具有代表性的北亚热带森林生态系统、具有北亚热带地区的生物物种多样性和自然景观。

花萼山景区以自然景观为主，此外还有人文历史景观。 自然景观有山景、峰景、谷景、洞景、气景、生景等。落水洞遍布峰岭之间的宽肩部，洞口大小不一，形状各异。 在主峰“南天门”原有一座寺庙，名叫“祖师庙”，庙内供有徐庶全身塑像，也称“花萼老祖”。相传三国名士徐庶，南归蜀汉，路经花萼山，隐身于此修练成仙。清嘉庆年间，云贵提督罗思举又重建庙宇和神像台。

其他景观还有飞龙峡、秀顶山、曹家峡、印巴寨、笋子梁、六面朝、西扇门、鸡冠寨、燕子洞、九面阡、悬天观、关门溶洞、南天门、九龙池、长洞湖、鱼泉山、羊跳岩、项王坪、龙望塘、月亮坪、笔架山、观王顶、萼山烟雨、萼山晨（霞）光等。

交通

达州是四川通江达海的东通道和川渝鄂陕结合部的交通枢纽。国道210、318线纵横全境。达渝高速公路直达重庆，达陕高速公路列入交通部“十五”规划。达州市河市机场直达成都、广州、武汉、西安、深圳、北京等地。达州是四川通江达海的东通道和川渝鄂陕结合部的交通枢纽。渠江航运直通重庆。共有通航河流31条，分别是渠江、洲河、巴河、前河、后河、中河、铁溪河、清溪河、林岗溪，基本形成以渠江、洲河、巴河这主干流的水路运输网络，流域覆盖全市四个县（市）。

花萼山自然保护区从1994年由民间组织发起至1996年7月被政府认可，到1999年1月被批准为省级保护区，直至2007年成功创建为国家级生态自然保护区。管理局以保护区内自然环境和自然资源为对象，贯彻“全面规划、积极保护、科学管理、永续利用”的自然保护工作方针，坚持以保护北亚热带自然生态系统为中心，严格核心区的保护，最大限度地减少人为活动对野生动物的干扰和生态环境的破坏；充分利用保护区的生物多样性和生态完整性，大力开展科学研究、科普教育；在保护、恢复、发展生物资源和不降低环境质量的前提下，适当开展经营利用和生态旅游，达到社会、经济、环境协调发展，实现人与自然和谐共存。

四川花萼山国家级自然保护区是长江中上游两大支流（汉江、嘉陵江）的发源地和分水岭，其自然生态系统的稳定性对嘉陵江和江汉流域乃至长江流域中下游地区的生态安全都产生着关键性影响。四川花萼山自然保护区物种多样性丰富，具有中国南方与北方、华东区与西南区动植物区系交汇的显著特征，特别是许多受国家重点保护的古老、孑遗、特有、珍稀、濒危动植物种类残存在保护区内，堪称“物种避难所”。

从保护具有代表性的北亚热带森林生态系统、具有北亚热带地区的生物物种多样性和自然景观的角度，四川花萼山自然保护区从省级升为国家级具有极其重要的意义。保护区所在的万源市是典型的”老、少、边、穷”地区，国家级自然保护区的建立将达到以科学带动致富，充分发挥以保护促进发展的作用。