持续旅行的小智与皮卡丘一行人遇到了以表演水中宝可梦秀而闻名的小码头马戏团的“广美”。从能够与水属性宝可梦心灵相通的“水之民”的后裔广美口中，小智得知了在水之民建造的“海之神殿亚克夏”里藏有被称为“海之王冠”的秘宝的传说。然而，人类的眼睛却貌似无法看到神殿。就在此时，“幻影”为了抢走广美持有的蛋而前来袭击了。在激烈的争夺之中，蛋突然发出了强烈的光芒，被称为“玛纳霏”的幻之宝可梦诞生在了小遥手中。这只玛纳霏，掌握着传说的神殿所隐藏的秘密的关键。

宝可梦巡护员“阿杰”的任务是确保玛纳霏平安返回神殿。小智一行人与阿杰一同航行跟在玛纳霏后面。途中，玛纳霏为了找回小遥被风吹落海里的头巾而消失在了海中。为了寻找消失的玛纳霏，小智一行人终于来到了神殿，而出现于他们面前的居然是幻影，他的目的是神殿内的水之民的秘宝。然而，在幻影拿走秘宝的瞬间，天花板却突然大量进水，亚克夏开始冒泡沉没。