12岁，随兄元春投张高友部。张败亡后，同治三年(1864)赴江西投楚军席宝田部。次年，升百夫长。光绪二年(1876)，随楚军入贵州镇压苗民起义，由于“战功”卓著，先后升任镇标中军游击、凯里营都司等职，并由湖南巡抚启奏，奉朝旨以副将补用，赏戴花翎。后多次奉抚檄统兵赴湖南镇压洪江哥老会起义、江华瑶民起义。光绪七年（1881）夏，奉调返广西，代统田阳防军。光绪八年（1882）冬，又奉檄赴湖南酃县镇压农民起义。光绪十年(1884)，随广西提督苏元春统带毅新军数营，御法军于镇南关外的观音桥。七月，率军出关扼守马坪。收复越南陆岸县后，又在船头等处与法军血战五昼夜，十月二、三日，法军败退。十月二十八日，苏元瑞率毅新军六营，与友军配合，在纸作社三面夹击法军，阵斩法将4名， 兵13名，夺获枪械甚多。光绪十一年(1885)二月二十三日，法兵大至，陷镇南关，犯关前隘，苏元瑞又协助主客各军在谷松一带和法军激战，终将法军击退，乘胜出关，收复谅山省城。由于抗敌有功，奉朝旨补授贵州威宁镇总兵，以提督记名，遇缺尽先任用，并赏勇号。光绪二十年（1894），慈禧太后六旬大庆，赏戴双眼花翎。光绪二十一年（1895）回籍奉调赴边防统兵5营，并任广西对汛督办，驻守水口关兼办中越对汛事务，前后7年。光绪二十八年（1902）离职归里。宣统二年(1910) ，起用为贵州镇远镇总兵。苏元瑞平时雅好吟诗，民国元年(1912年)12月，诗作《鹤荔堂诗草》由贵阳文通书局印行。年老返乡后，捐资修长寿桥、新圩街街道。