财产和行为税科

主要职责：承担组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；承担相关税种具体业务问题的解释和处理。

社会保险费和非税收入科

主要职责：承担组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和有关非税收入征收管理工作；参与有关社会保险费及非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。

收入核算科

主要职责：承担本单位税收、社会保险费和有关非税收入预算目标任务并依法组织实施；承担统筹协调组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；承担本单位税收经济分析工作。

纳税服务科

主要职责：承担组织开展纳税服务（含缴费服务，下同）工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。

征收管理科

主要职责：承担组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织实施信息化建设工作。

国际税收管理科

主要职责：承担组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担跨境税收管理工作；组织实施反避税工作；负责外事管理。

税收经济分析科

主要职责：承担组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作。

财务管理科

主要职责：承担组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。

组织人事科

主要职责：承担负责组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；承担教育培训工作。

考核考评科

主要职责：承担组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。

党建工作科

主要职责：承担统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导系统巡察工作。

机关党委

主要职责：承担机关和派出机构党群工作。

老干部科

主要职责：承担机关老干部的服务和管理工作，指导本系统老干部工作。

根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局苏州市税务局委员会纪律检查组”。承担机关和派出机构党的纪律检查工作，指导系统党的纪律检查工作。

党委书记、局长：李鹏

党委委员、副局长：孙建平

党委委员、副局长：张锋

党委委员、副局长：刘超

党委委员、副局长：陆明

党委委员、纪检组组长：游雪蕾

党委委员、总经济师：岳涛

党委委员、总会计师：高澍

2021年8月，国家税务总局苏州市税务局第三税务分局四股 (12366 纳税服务热线)被命名为“第20届全国青年文明号“。

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。

2022年4月6日，国家税务总局苏州市税务局信息中心入选“2022年江苏省工人先锋号”拟表彰对象公示名单。

2022年4月，国家税务总局苏州市税务局团支部被授予江苏省五四红旗团支部（团总支）称号。