《苏州科技大学学报》的前身是《铁道师院学报》（分为社会科学版（季刊）和自然科学版（季刊），均创刊于1984年）、《苏州城建环保学院学报》（自然科学版（季刊），创刊于1988年）和《苏州城市建设环境保护学院学报》（社会科学版（季刊），创刊于1999年）。

2003年，《铁道师院学报》（社会科学版）与《苏州城市建设环境保护学院学报》（社会科学版）合并更名为《苏州科技学院学报》（社会科学版）（季刊）；《铁道师院学报》（自然科学版）更名为《苏州科技学院学报》（自然科学版）（季刊）；《苏州城建环保学院学报》（自然科学版）更名为《苏州科技学院学报》（工程技术版）（季刊）。2010年，《苏州科技学院学报》（社会科学版）由季刊改为双月刊。

2017年，《苏州科技学院学报（自然科学版）》（CN32-1701/N）更名为《苏州科技大学学报（自然科学版）》，新编国内统一连续出版物号为CN32-1871/N；《苏州科技学院学报（社会科学版）》（CN32-1689/C）更名为《苏州科技大学学报（社会科学版）》，新编国内统一连续出版物号为CN32-1872/C；《苏州科技学院学报（工程技术版）》（CN32-1693/N）更名为《苏州科技大学学报（工程技术版）》，新编国内统一连续出版物号为CN32-1873/N。