1985—1986年任中共山东省委副秘书长、省委宣传部副部长。

1986—1992年3月任中共山东省委常委、宣传部部长、兼省社科联主席。

1991年加入中国作家协会。

1992年3月—1992年8月任山东省人大常委会副主任、党组成员、省社科联主席。

1992年8月—1993年4月，任山东省第七届人大常委会副主任、党组成员，第五届省委委员，中共十三大代表。

1993年4月25日在山东省第八届人民代表大会第一次会议上，当选山东省人民代表大会常务委员会副主任。

2003年12月，离职休养。

2013年1月12日，中国共产党优秀党员、忠诚的共产主义战士，山东省第七届人民代表大会常务委员会副主任、党组成员，第八届人民代表大会常务委员会副主任、党组副书记，山东省委原常委苗枫林同志，因病医治无效，在北京逝世，享年81岁。

2013年1月15日下午，苗枫林同志遗体告别仪式在济南殡仪馆举行。苗枫林同志的遗体于同日火化，骨灰安放在济南英雄山烈士陵园。

苗枫林同志逝世后，习近平同志对苗枫林同志的逝世表示沉痛哀悼，对其亲属表示亲切慰问。刘云山、张高丽、朱镕基、赵乐际等同志通过各种形式，对苗枫林同志的逝世表示沉痛哀悼，对其亲属表示亲切慰问。中共中央组织部、全国人大常委会办公厅送了花圈。中央部门和老同志宋法棠、陈建国、韩寓群、张全景等，省里的老同志苏毅然、梁步庭、赵志浩、李振、陆懋曾、李春亭、韩喜凯等，通过不同的方式对苗枫林同志的逝世表示哀悼，对其亲属表示慰问。

苗枫林是中国作家协会、书法家协会会员，山东大学兼职教授。1988年发表专著《中国公文学》，随后主编《当代公文写作》《国家公务员写作辞典》，并被推举为中国公文写作研究会会长。长期从事儒墨“显学”和齐文化的发掘弘扬工作，出任曲阜孔子学术会堂主持，中国墨子学会名誉会长，著有《步履集》，主编大型文献丛书《孔子文化大全》，主编《世界改革史》《科学世界观一一新时期简明哲学读本》，主持编写物态文化百科全书《中国古代名物大典》，另有历史电视剧剧本《墨子》。先后担任山东考古学会、山东诗词学会、山东老年学会会长。2007年参与军队医药卫生“十五”指令课题研究，著《中国古代心战》。退居二线后，担任山东省老年学会会长、山东诗词学会会长等。

2013年1月15日，人民网在刊载《苗枫林同志逝世》的讣告中将苗枫林同志高度赞扬为“中国共产党优秀党员、忠诚的共产主义战士”，并且指出“苗枫林同志参加革命六十多年来，始终保持坚定的共产主义理想信念。在中央组织部、中央纪律检查委员会工作期间，参加了平反冤假错案、党的生活准则等重要文件起草工作，并发表出版多部专著及理论文章，有很高的政策水平和理论水平。在省委宣传部工作期间，他坚持理论联系实际，积极宣传党的路线方针政策，大力加强社会主义精神文明建设，为推动全省各项事业发展作出了很大贡献。在省人大常委会工作期间，牢固树立全局意识、法制意识、群众意识和责任意识，依法履行职责，为促进全省社会主义民主法制建设和经济社会发展贡献了自己的力量。”“苗枫林同志忠诚于党和人民的事业，工作上认真负责、办事公道正派，生活上艰苦朴素、廉洁奉公，坚决反对各种不正之风和腐败现象，充分体现了一名优秀共产党员和领导干部的政治本色。苗枫林同志的一生，是革命的一生，是全心全意为人民服务的一生，是为共产主义事业奋斗的一生。”

原中国秦汉史研究会副会长、山东历史学会副会长安作璋和李戎在国内知名刊物《文史哲》1988年第3期刊文指出：“苗枫林同志撰写的《中国公文学》一书，填补了中国公文学研究的空白，是一部具有开拓性的学术专著。”

山东省地方史志办公室学者薛宁东评价说：“《中国古代心战》是苗枫林同志编著的又一集大成力作。作者以高度的历史责任感和严谨的治学态度，全面系统地梳理了我国心战史这笔丰厚的人文遗产，耗费五年心血，博览各类史料，开创性地构建了具有中国人文传统的心理战学术体系，为我们奉献出一部极有教益的军事理论教科书。”