1792年2月10日，17名医生联合签署了一份文件，宣布女王的病情没有好转的前景，她无法治理王国。不愿意掌权的若昂拒绝正式摄政。这为贵族通过议会建立事实上的政府开辟了道路。有传言称，若昂表现出了和女王一样精神错乱的症状，并且可能因此被阻止掌权。

与此同时，法国大革命使欧洲的统治阶级感到困惑和恐惧。

1793年1月21日，法国前国王路易十六被革命者处决，引发了国际社会的强烈反应。

1793年7月15日，葡萄牙与西班牙签署条约，9月26日与英国结盟。两项条约的签署双方都许诺相互帮助共同对抗大革命中法国，并且葡萄牙还派了六千名士兵参与比利牛斯战役，这场战争最终以法国征服西班牙东北部而告终。由于涉及多个海外利益，葡萄牙无法在不损害与英语联盟的情况下与法国讲和。因此，葡萄牙试图保持中立。西班牙战败后放弃了与葡萄牙的联盟，并且根据《巴塞尔合约》与法国结盟。由于英国太过强大，法国无法直接进攻，法国便将目光投向了葡萄牙。

1799年，若昂作为摄政王正式以其寡母的名义管理政府。同年，拿破仑·波拿巴在法国发动了雾月政变，并强迫西班牙发出最后通牒，迫使葡萄牙与英国决裂并让葡萄牙屈服于拿破仑。此事遭到了若昂的拒绝，葡萄牙奉行的中立政策无以为继。

1801年，西班牙和法国入侵葡萄牙。葡萄牙战败后先后签署了《巴达霍斯条约》和《马德里条约》，将包括奥利文萨在内的部分领土割让给西班牙，并在某些殖民地向法国作出让步。与此同时，若昂的妻子，忠于西班牙利益的卡洛塔·华金纳企图推翻丈夫自己掌权，但她的阴谋于1805年败露。阴谋失败后，卡洛塔·华金纳被驱逐出宫，她被安置在克卢什宫内，而若昂则待在马夫拉宫。

为了拖延时间，若昂尽其所能与法国进行了一场孤注一掷的较量。他假意向法国屈服，并向英国国王乔治三世暗示英葡两国的战争状态只是假象，若昂也没有遵从拿破仑对英国的大陆封锁令。若昂与英国签署了一项新的秘密协议，以保证他能在葡萄牙王室最终逃亡时获得英国的帮助。该协议让英国能继续在与葡萄牙洲际帝国的贸易中获得巨大利润，这不仅极大地惠及了英国，而且使英国保持了自身的影响力。

1807年10月，有消息称一支法国军队正在逼近，11月16日，一支7000人的英国部队抵达里斯本港，奉命护送王室前往巴西，并且准备在葡萄牙政府向法国投降后进攻并占领葡萄牙首都。若昂受到了来自葡萄牙宫廷中亲法派和亲英派的双重压力，在经过极其痛苦的斟酌后，若昂最终决定接受英国的保护，前往巴西。由让-安多歇·朱诺率领的入侵军队艰难地前进，直到1807年11月30日才抵达里斯本。这时，若昂已经在整个王室家庭以及一大批贵族、国家官员和仆人的陪同下乘船前往巴西，他建议留下的政府不要派军与侵略者交战。若昂一行人在一场暴雨中仓促离去，这给里斯本造成了巨大的混乱，民众对此大吃一惊，他们无法相信他们的王子已经抛弃了他们。为了向人民解释自己的行为，若昂下令沿街张贴海报，他说尽管他已近用尽全力保障王国的完整和和平，但自己的离去无可避免。海报建议大家保持冷静和秩序，不要抵抗侵略者，以免白白流血。

女王和儿子都跑了，国内还抵抗个什么劲儿。朱诺兵不血刃的占领了里斯本，随即以皇帝的葡萄牙总督的身份开始了统治。葡萄牙人本以为倡导“自由民主博爱”的法国人应该人品都不错，但是法国人自己做人不厚道，在葡萄牙境内烧杀抢掠无恶不作。老百姓终于坐不住了，开始发动起义。法国人对此进行了残酷的镇压。其中罗逊（Loison）将军镇压得特别卖力，杀的人特别多。这个人只有一条完整的手臂，人送绰号“独臂人”（o Maneta）。由于他在镇压过程中的残忍的表现，至今在葡萄牙语中还留有一句“见独臂人去”（ir para o Maneta）的俗语，意思就是“你去死吧”。法国人的残暴可见一斑。这时候英国人仗义了一把，派了一支军队在波尔图登陆，与地方民兵联合起来向法国人发动了进攻。朱诺打了两仗，败下阵来，于是席卷着抢来的金银财宝撤回了法国。

这个时候，同样是由于法国军队的拙劣表现，西班牙的民愤也被激了起来。后者宣布解除与法国的同盟关系。拿破仑恼羞成怒，率部亲征西班牙。同时派尼古拉·苏尔特（Soult）将军率部取道加里西亚，由北向南的入侵葡萄牙。1809年，苏尔特包围了波尔图。英国人又伸了把手，解了波尔图之围。

第二年，不甘心的拿破仑组织了第三次远征葡萄牙的军队，指挥官是安德烈·马塞纳（Massena）将军。这一回再次取道西班牙，由上贝拉地区进入葡萄牙，打算像第一次一样，直捣黄龙，一举拿下里斯本。但是这回英葡联军在威灵顿公爵指挥下半道上就把法国人截了下来。截下来还不算完，英国人下令，宜将剩勇追穷寇，追之！一口气把法国人赶回了西班牙。西班牙人一看英葡联军过来了，非常高兴，大家都是想打法国人的，何不一起打呢？于是，几百年来西班牙和葡萄牙第一次联合起来共同对付法国。

1814年拿破仑被迫退位，伊比利亚半岛实现了和平。

王室到了巴西之后，迅速在里约热内卢建立起了完善的行政系统。由于这次的逃亡行动实属匆忙，巴西没有现成的建好的各项配套设施，但是国王大臣们要有落脚的地方啊，咋办？征用。看上了哪套房子，就在哪套房子门板上写上P.R.，表示摄政王子（Príncipe Regente）征用，房主要限期搬离。但是勤劳智慧的巴西人民将P.R.解读为“你滚到大街上去吧”（Põe-te na Rua）。凑合了一阵子之后，若昂便开始着手改造里约热内卢。除了修建了一批亭台楼阁之外，还建立了相关的机构，如银行（巴西银行）、学校、图书馆（皇家新闻图书馆Biblioteca Imprensa Real）、歌剧院等等，将里约热内卢变成了一个实实在在的首都。

除此之外，若昂还采取措施，开放了巴西市场——此前巴西只能与宗主国葡萄牙做生意。这项举措一来是回应了讲义气的盟友英国人的要求，另一方面也大大方便了巴西商人。英国人在对巴西的贸易方面赚了不少钱，巴西也迅速的富有了起来。但是若昂王子发现，怎么偏偏他自己没钱呢？奇怪了。估计是搞了太多的建设吧。但是即便是这样，他也还是在1815年联合英国对乌拉圭发动了进攻，并于两年后攻占了蒙得维的亚，将乌拉圭并入了巴西的版图。

1816年，女王玛丽亚一世去世。若昂正式继位，称若昂六世，并将国王的称号改为“葡萄牙与巴西联合王国之国王”。

由于宗主国葡萄牙陷入了对拿破仑的战争，工业和农业遭到了极大的破坏；而得益于开放市场的政策，巴西又迅速的富有了起来，并且摆脱了对宗主国的依赖，独立的思潮开始在巴西人中间蔓延。同时，由于若昂六世对乌拉圭用兵，加征了许多新的赋税，更加加剧了当地民众对这个流亡政府的不满情绪。在乌拉圭被吞并的同一年，北方的伯南布哥（就是那个在发现黄金之前曾经是最富庶的省份）爆发了反对若昂六世、争取巴西独立的起义，并在雷西弗（Recife）市成立了第一个真正意义上的巴西政府。两个月以后，在政府军的围困下，断粮断水的起义军被迫缴械投降。但是，巴西独立已经成为大势所趋。

宗主国方面，拿破仑失败之后，英国人还是赖在葡萄牙不走，不但保持十万人的常备军不复员，而且处处干预葡萄牙内政。面对着政治和经济危机，葡萄牙民众在忍无可忍的情况下在1820年8月24日发动了波尔图起义（葡萄牙一八二〇年革命），推翻了英国人的傀儡、葡萄牙督政府，并随后在里斯本举行了选举，召开了制宪会议。这是自佩德罗二世以来第一次召开议会，而且一召开就是以制定宪法为目的的国民议会。这可以说是法国的侵略的另一个结果。虽然法国人将伊比利亚半岛搞得满目疮痍、民不聊生，但是自由主义的思想却被他们带到了这片天主教根深蒂固的土地，改变了当地人民的思想。

制宪会议成立之后，立即向里约热内卢请愿，要求国王若昂六世即刻回国。本来国王还打算在巴西长期呆下去，谁不愿意呆在更富饶的地方啊；但是这种情况下王室一家人再也赖不下去了。

1821年6月，若昂六世启程回国，将庞大的巴西交给了他的长子佩德罗管理。

1822年9月23日，制宪会议颁布了宪法，宣布葡萄牙为君主立宪制国家。而国王若昂六世大度的批准了这个限制他权利的宪法，并宣誓尊重宪法的地位。因此他得到了“宽容者”（o Clemente）的绰号。把国王稳住之后，制宪会议便发出函件要求佩德罗王子也回国，妄图将与葡萄牙同等地位的巴西（都是王国，因为之前若昂六世用的是“联合王国之国王”的称号）再次降格为海外省，也就是殖民地的地位。正是这一纸公文激起了巴西人民争取独立的呼声。

在巴西摄政的佩德罗王子对这片土地有很深的感情。王室逃亡到巴西的时候他仅仅八岁，所以他就是在这片土地上长大的；说他是巴西人民的儿子一点儿也不过分。长大以后他更是整天混迹于里约热内卢的大街小巷，一点儿也没有王子的样子。母亲若昂金娜王后一点也不喜欢他；为了将他拴住，特意为他挑选了哈布斯堡家族的一位公主与他成亲。结婚了以后王子总算有了点儿正形。但是他与人民之间的联系并未因此而日渐疏远。

制宪会议发函要求若昂六世回国的前夕，里约市民也发动了一场暴乱，要求国王回国；在这场规模不大的暴乱过程中，佩德罗王子充当了市民和国王之间的联系人。凭借着他个人在市民中的威望，暴乱很快就平息了下来。也正是通过这起事件，国王看出来了王子的能力，于是决定将他留下来管理巴西。当制宪会议要求王子回国并试图重新将巴西殖民化的时候，佩德罗王子本人也十分气愤，怒道：“应该是四流国家和穷国葡萄牙并入一流国家巴西，而不是相反！”巴西当地的精英阶层闻讯后立刻聚集到佩德罗王子周围，极力要求他拒绝制宪会议，留在巴西。

1822年1月9日，佩德罗王子正式发表声明：“为了所有人的利益，以及为了整个民族的福祉，我决定了：对大家说我要留下来。”这一天在巴西历史上被称为“留下的一天”。制宪会议闻讯后十分恼怒，立即照会佩德罗，宣布他的巴西政府为非法，并威胁派遣军队对巴西开战。消息送到佩德罗手中的时候是1822年9月7日，他和一队骑兵刚刚结束训练，正在伊皮兰卡河畔饮马休憩。看完信后他就将其丢到地上，翻身上马，抽出宝剑，对他的士兵们喊道：“是时候了！不独立毋宁死！我们和葡萄牙决裂了！”这句话史称“伊皮兰卡的呼声”，9月7日后来也被定为巴西独立纪念日。

制宪会议闻讯立即向巴西派遣了军队。就在葡萄牙人到达之前（我们可以分着说“葡萄牙人”和“巴西人”了）的10月12日，佩德罗一世在里约热内卢宣布登基，号称为“巴西皇帝及永久的保护者”。加冕式于12月1日举行。这个新生国家与前宗主国之间的战争也随即打响。但是战斗的规模都不大，巴西这方面本来就没有多少常备军，葡萄牙那边厢也是刚和法国打完仗，元气尚未恢复。两边就这样你来我往得耗了几年。最后还是若昂六世爱惜儿子，心说儿子混得不错啊，我这边堕落成君主立宪制的君主了，你那边竟然当上了皇帝。好。承认了算了。

1825年11月15日，葡萄牙正式承认了巴西的独立地位。巴西三百多年的殖民历史就此终结。

其实老国王是有苦难言。大海那边大儿子闹独立，家门口小儿子又起兵造反。刚才提到王后若昂金娜不喜欢大儿子，因为小儿子米格尔一世（D.Miguel）特别讨人爱。小伙子长得帅气，人也懂事，而且特有王子的派头，不像他大哥整天跟老百姓混在一起。颁布宪法之后，许多大贵族反对君主立宪制，于是这些人便聚集在王后和米格尔王子周围，形成了一股意图复兴专制制度的政治力量。看到哥哥在巴西开始闹独立，弟弟也坐不住了。

1823年5月27日，专制主义者们在米格尔王子的带领下于弗兰卡镇发难，组织军队进攻里斯本，要求解散议会，废除宪法。国王对反叛者们做出了让步，将全国武装力量总司令的头衔封给了米格尔王子。但是，专制主义者们的目标还没有完全达到，就是完全复辟君主专制制度。

第二年四月王子再次发难，但是这次他们遭到了可耻的失败。老国王宣布米格尔王子为不受欢迎的人，并下令将王子驱逐出境。米格尔灰溜溜的跑到了奥地利。

1826年，窝窝囊囊的若昂六世去世了。传说他是吃东西的时候噎死的。