1660年，查理二世在多佛登陆，回到伦敦。

1661年4月，即位为不列颠国王；在首席大臣海德的斡旋下，只处死了九名签署其父王查理一世死刑命令的圆颅党人。

1678年，借“天主教阴谋案”将议会中的天主教徒清除出去。

1679年，签署“人权保护法”。

查理在1660年4月4日发表的《布雷达宣言》中说，他登基后所有的基督徒将享有“良心的自由”，除了追究处死其父的凶手之外他将不念旧恶赦免一切。保障宗教自由并保持在革命期间所获得的财产的所有权。答应同议会共同管理国家。国王不设常备军，只有王宫卫队和驻扎在苏格兰、爱尔兰各据点的人数较少的部队。王室土地在革命时期已被拍卖，在财政方面完全依靠议会，议会在所谓王室费项目下规定一定的款项来维持国王及宫廷的开支。这让他赢得很多人的支持。他和他骄傲的父亲不同，是个脾气随和的人，对不同的宗教信仰持很宽容态度，极力在旧英格兰教会的热心支持者与帮助他复辟的长老派之间求得一致。但是由国教徒控制的议会抵制了国王的宽容。谈判破裂，新的祈祷书出来了，另有两千多名教士离开了自己的教区。

查理在1661年4月加冕，一年后与葡萄牙国王若昂四世之女卡塔里娜结婚。得到了80万英镑的陪嫁和丹吉尔和孟买。但他1662年将战略意义更大的港口敦刻尔克以40万英镑卖给了法国太阳王路易十四。他的大臣主要是跟他长年流亡的老王党人，还有负责复辟一事的乔治·蒙克将军，后来被封为阿尔比马尔公爵。当时荷兰已经从对克伦威尔的失败中恢复过来，还把船只开到了印度。1665年出于海军和商业的竞争议会向国王施加压力要他对荷兰开战（第二次英荷战争），但是国王却没有多大的兴趣。虽然克伦威尔时期的海军强大，但是由于英国的瘟疫、伦敦大火以及议会的吝啬，战争最后还是荷兰胜利，这让英国民众对国王感到失望。

经过几年的外交斡旋，查理决心报复荷兰，他开始与法国结盟，根据1670年与法国签订的密约，查理与法国一起对荷兰发动战争，并在合适的时候宣布自己为罗马天主教徒，而法国要承担财政方面的补助，并在胜利后将荷兰的港口送给英国人。由于议会还是拒绝拨款，查理不通知议会就开始了战争（第三次英荷战争）。法国陆军长驱直入荷兰，但是查理的海军却很难有进展。而议会却日益的反对法国、反对天主教，议会进而要求查理撤回发布的信教自由宣言，要求国王同意审查条例（第一审查条例）以排除罗马天主教徒担任任何政府职务。国王虽然按照议会的要求作了但是还是没有获得拨款。查理无奈之下只能与荷兰议和。而议会却要求国王对法国开战，而查理则在试图调解法国和荷兰的关系，但是迫于议会的压力，他只能同意荷兰的奥兰治亲王威廉（后来的威廉三世国王）与他的侄女玛丽（玛丽二世）结婚，这样对法国形成战争威胁。

查理设法建立一支小规模的常备军，但是议会担心他因此而进行独裁统治，尽管他在位时这一阶段还没有这种打算。当时国内的反天主教形势正在高涨，这让他处理国内事务非常困难。查理的弟弟约克公爵詹姆士就因为前述的第一个审查条例通过之后辞去所有政府职务而公开皈依罗马天主教，接着又娶了罗马天主教徒的玛丽亚·贝亚特丽切·德斯特续弦；王后凯瑟琳是天主教徒，查理的主要情妇法国的朴次茅斯女公爵路易丝·德·凯鲁瓦耶也是天主教徒。人们因而怀疑国王对法国有所许诺。

1674年的时候财政大臣丹比伯爵也受到被检举的威胁，因为下院认为丹比应该为国王的亲法政策负责，虽然他跟此没有什么关系。

1678年夏天发假誓的报信人透露了一桩“天主教阴谋案”，虽然查理坚持说这这是个阴谋，但还是导致约克公爵夫人的秘书科尔曼以及其他很多天主教耶稣会会士被处死。

1679年查理第一次解散了任职18年的原先的查理一世的保皇党议会。但是议会解散前通过了将罗马天主教徒从上、下议院中驱逐出去的第二个审查条例。

1679年春天新的议会开始了，但是他们提出一项排斥约克公爵继位权的法案，但是查理决定抵制这项法案，在支持国王的托利党与肆无忌惮的沙夫茨伯里领导的辉格党之间进行了长达两年的斗争。查理通过对上院施加影响，阻止了这项排斥法案的通过1680年查理在位期间的第四次议会开会时，下院再次表决通过排斥法案，查理解散议会。

1681年查理召集第五次议会，对辉格党施加军事压力，虽然担心内战，但是查理与法国国王达成秘密协议，一旦发生叛乱，法王将给与支持。由于辉格党被指控为策划暗杀国王，托利党的影响慢慢恢复，辉格党的阴谋被称为“拉伊豪斯阴谋”。国王利用自己的影响并把与自己友好的官员安插在中央和地方的主要职务上，国王粉碎了辉格党，辉格党的主要领袖沙夫茨伯里伯爵死于荷兰。

查理的最后的四年统治时期平安无事，因为他从关税和执照税中增加了岁入，财政问题不再有；维持了一支赖以生存的常备军；弟弟约克公爵实际上也恢复了海军大臣的职务。

1685年2月6日54岁时死在怀特霍尔宫。死前被接纳进罗马天主教会。他的弟弟詹姆斯二世继位。

查理被证明为一个极其机警的政治家，也是一个说谎能手，尽管比起父亲和祖父，他明显天性懒惰，但是遇到危机后就全力以赴去解决。除了两个审查条例，他对议会很少作出让步。他不放弃对王国武装力量的控制，他还竭力拯救其大臣塞缪尔·佩皮斯免予因叛逆罪被处决。查理很有魅力、十分风趣受到普通人民的爱戴。他被称为“快活王”，虽然吃喝有节制，但是好色，情妇无数（主要的三个有：芭芭拉·维利尔斯（克利夫兰女公爵）、朴次茅斯女公爵路易丝·德·凯鲁瓦耶、内尔·格温）。至少和情妇有14个私生子。（参见罗切斯特伯爵词条）虽然王后不育，他也不与王后离异。查理还爱好赛马，很多的赛马规则就是他制定的，也喜欢钓鱼。

（参考资料）

虽然查理二世与凯瑟琳王后没有子女，但是他与许多王室情妇都生育有后代。

与露西·沃尔特：

与伊丽莎白·基利格鲁，罗伯特·基利格鲁爵士的女儿，1660年嫁给第一代香农子爵弗朗西斯·博伊尔。

与凯瑟琳·佩格：

与芭芭拉·维利尔斯，第一代卡斯尔梅恩伯爵罗杰·帕尔默的妻子，因是查理二世的官方首席情妇被封为克利夫兰女公爵。

与内尔·格温：

与路易丝·德·凯鲁瓦耶，因成官方首席情妇被授予朴次茅斯女公爵。

与莫尔·戴维斯，名妓和女演员：

其他可能的情妇包括如下：