更新时间：2023-11-17 22:16
埃雷波尼亚帝国：位于塞姆利亚大陆西部的巨大军事国家，在《闪之轨迹Ⅱ》中得知，传统的保守势力“贵族派”和新兴势力的“革新派”发生了冲突。战争由“革新派”获得了胜利，现在在吉利亚斯·奥斯本的主导下，开始对周边地区进行侵略，急速地扩大领土中。
克洛斯贝尔自治州：夹在埃雷波尼亚和卡尔瓦德两大国之间发展起来的贸易都市。在一年前被并入帝国，由帝国贵族卢法斯 阿尔巴尼亚所统治。但是并入后的事情仍未解决，还开始流传着出现了打算解放克洛斯贝尔的反叛军的流言。
“只管一直向前进……“
听了这番话后，他们下定了决心。七曜历1206年春，那场内战一年半后。大陆最大的贸易都市克洛斯贝尔被吞并，数月后又吞并了诺桑普利亚自治州，领土大幅超过了敌国卡尔瓦德共和国，名副其实成为了大陆最大的国家。
另一方面，帝国政府加速执行中央集权化，税制也被统一标准了，过去由贵族统治的地区出现了混乱和弱化等一系列新的问题。
其中过去在内战偷偷行动的噬身之蛇，以及大量的猎兵团和共和国的动向开始打破沉默开始行动……
与此同时，一名青年来到了帝都西郊的利布斯小镇。他的名字是灰色骑士里恩舒华泽。以学生的身份作为灰之骑神的操作者在内战中做出了卓越贡献，并活跃于克罗斯贝尔战线和北方战役的年轻英雄。
2月，从名校托尔兹士官学校毕业的他，选择了作为教官前进的道路，在新的分校工作。
托尔兹士官学院·利布斯第二分校。与完全变成了军事学校的总校不一样，这间学校是被称为“吊车尾”的分校。接收的都是一些有缘由的贵族子女和问题少年，还有外国人的学生。分校长是由原贵族联合军总司令的“某位人物”担任。
在三个班当中，七班“特务班”是由黎恩带领的特科班。
游戏中包含多名角色，玩家一开始只能操作主角，其它角色根据剧情发展陆续加入队伍。
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游戏中包含多名NPC角色，它们与玩家展开互动，推进剧情发展。
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游戏中的装备沿用了系列游戏之前设定，游戏中装备分为武器、防具、饰品，更换装备能够加强战斗中对敌人的伤害，各类装备除了在商店中购买之外，还能通过战斗和区域地图中探索获得。
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回路系统
回路装置是永磊放置核心回路和魔法回路。它们的功效其实如同装备，用来提升角色的属性，玩家可以根据游戏的实际情况挑选回路。
核心回路分为魔法和基本属性，魔法属性包括战斗时提升所有基础属性、垂危时提升所有属性以及获得固定HP、经验增益。而基本属性跟防具一样，直接提升角色的HP、EP、力量、防御、战技、速度等。
要注意，核心回路有属性之分，游戏中分为地、水、风、火、时、空、幻五大属性。核心回路可以通过购买、在迷宫的宝箱内拾取等多种方式获得。
魔法回路所提升角色的效果与核心回路相同，但每个魔法回路只有一项效果。魔法回路不分属性，但分级别N表示普通、S表示稀有、SR表示罕有。极罕有的魔法回路，效果越好。魔法回路可以通过购买、在迷宫的宝箱内拾取等多种方式获得。
在战斗时，玩家可以打开战斗轮盘选择“制作”，在战斗期间即时制作道具使用。制作的材料可以透过击杀怪物、摧毁箱子、打开宝箱获取。另外透过前往指定地点进行钓鱼可以获得食材以及晶体道具。有了食材就可以制作出料理。游戏中制作料理必须由特定角色完成。
游戏中的道具沿用了之前设定，各类道具可以通过购买、探索等多种方式获得。
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游戏由多个区域地图组成，部分区域地图中包含多个城市、迷宫。各区域地图按照游戏剧情解锁，大部分时间玩家只能前往特固定的区域地图。
城市
区域地图由许多不同的城市、村庄组成，如帝都、罗勒、诺尔德村落、雷格拉姆、凯尔迪克等，游戏中大部分剧情都在城市中触发。各城市又包含许多不同的商店，所贩卖的物品视商店种类而定。
道具店：贩卖各类通常物品与战斗用物品道具。
武器店：贩卖各类武器。
防具店：贩卖各类装备。
旅馆：回复角色HP、MP。
野外
游戏中由广大的野外地图组成，玩家需要在野外地图中移动才能到达各城市、村庄、迷宫地图。
迷宫
区域地图由许多不同的迷宫组成，如旧学校宿舍、地下洞穴、诺尔德高原等，各迷宫中层数、怪物种类和等级都不同，部分迷宫中有特殊地形伤害，角色经过时就会损失生命值，需要特别注意，这类特殊地形和普通地形有明显差异。玩家想要快速练级，除了在城外打怪，还能前往各迷宫探险。
游戏的战斗系统基本沿袭于前作，属于轨迹系列传统的AT战斗模式。画面左方会显示角色的行动顺序，敌我双方都按照顺序行动。
而角色头像旁边还会随机产生AT奖励，当轮到该角色行动时就会发动，AT奖励包含会心一击、恢复HP、即死等多种效果。
勇猛指令： 视情况随机应变切换指令，藉此来掌控战况。
切换战斗模式：使用附有枪械架构的特殊警棍“旋棍枪”的优娜，在战斗中每回合都能任意切换两种战斗模式。
战技：藉由消耗战斗中累积的 CP(战技点数)发动角色固有的战技。不同战技需消耗的 CP 也会有所差异 ，此外还存在着强力范围攻击、附加特殊效果、或是为同伴进行回复的战技等，各种符合角色个性的战技。
崩坏系统：玩家必须要学会利用的一个新系统，闪之轨迹3所有的怪物，在拥有血量的同时也会有一个独立的破防条。这个破防承受力就是他的耐久度。一般来说这个数值比他的血量要高很多很多，一旦玩家对怪物构成了伤害，会施加同等或者加成更大的破防数值。对怪物构成破防伤害，由于技能不同，破防加成也不一样。一般基本都是伤害越高，破防越高。不管是技能还是魔法，只要能怪物构成巨大伤害，就会有更高破防效果。
阵法系统和BP点数：这个系统基本可以理解是一个团队攻防转换的新系统，每个角色都有特殊会的阵法。每个效果都不一样，而且释放阵法会获得各种团体增益效果。加成幅度非常巨大，基本可以理解为是一种直接消耗BP点数瞬间获得增益的手段，而阵法消耗的BP点数，只有通过link连击可以获得。BP点数最高为5和前两代相同，而阵法消耗的BP从1-4不等。
游戏中包含多个任务，各类任务都需要玩家前往固定地点领取、提交。任务按期限分为短期、中期，短期任务一般在剧情发展到第二天就会过期，需要玩家尽快完成。中期任务一般在该章节完成前过期。
不管是何种任务，完成后均能获得各项奖励，如经验值、金钱、道具、装备等。
游戏中只要达成特定条件就能够获得奖杯与成就。
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游戏在宣传阶段，很多玩家都对游戏的“第2分校”的设计表示出了强烈的不满，认为游戏又要重新走一遍老路，让玩家们重新体验一次闪1那样的学生生活。而开会、找人聊天、自由行动日、小要塞、机甲兵演习、实地演习这样模式化的流程，同时也意味着编剧能力太低，只能用这种套路来把整个剧本撑起来。这样的设计在一定程度上破坏了游戏体验，每章都要走一个差不多的迷宫，打几个流程中必须打的BOSS，对于关心主线发展的玩家显然会积累一些不满，浪费玩家时间。（游侠网评）
该作是《闪之轨迹》系列的第三部续作。除了继承之前作品的一些RPG元素和故事剧情之外，还加入了一些新内容，从画面、音乐、操控再到适用性，游戏明显都有全方位的进化。（游民星空评）